Des fosses à déchets néolithiques et des tessons correspondants ont été découverts à l'ouest de Kloppenheim dans les années 1980. Des fouilles menées dans les années 1990 ont mis au jour des fragments de récipients en céramique ainsi que de nombreux déchets de boucherie. Des tessons de l'époque romaine et des restes de murs dans le district de Seel, interprétés comme les vestiges d'une ferme romaine, montrent que les Romains étaient également présents à Kloppenheim. Au 3e siècle après J.-C., des Germains puis des Alamans vivaient ici avant d'être chassés par les Francs vers la fin du 5e siècle. Non loin du site de fouilles de 1999, des tombes franques ont été découvertes, datant probablement du 6e siècle.

A l'ouest de Kloppenheim, des fosses à déchets néolithiques et des tessons correspondants ont été découverts dans les années 1980. Des fouilles menées dans les années 1990 ont mis au jour des fragments de récipients en céramique ainsi que de nombreux déchets de boucherie. Des tessons de l'époque romaine et des restes de murs dans le district de Seel, interprétés comme les vestiges d'une ferme romaine, montrent que les Romains étaient également présents à Kloppenheim. Au 3e siècle après J.-C., des Germains puis des Alamans vivaient ici avant d'être chassés par les Francs vers la fin du 5e siècle. Non loin du site de fouilles de 1999, on a découvert des tombes franques datant probablement du 6e siècle.

En 1355, Kloppenheim faisait partie d'une indemnité versée au comte Ruprecht zu Nassau, qui résidait au château de Sonnenberg; dès lors, il faisait partie de la seigneurie ou de l'office de Sonnenberg. En 1488, le comte Philipp zu Nassau-Saarbrücken transféra sa part de Sonnenberg avec Kloppenheim au chevalier Philipp von Bicken. En 1605, Kloppenheim fut rattaché à la seigneurie de Wiesbaden, en 1787 à la préfecture ou, depuis 1816, à l'office et depuis 1866 à l'arrondissement de Wiesbaden. En 1355, Kloppenheim est mentionné dans le Weistum de la seigneurie de Wiesbaden. Les districts forestiers de Hacken, Auslag et Hockenberg ainsi que Trockenborn, Sausulg et Theiß au Kellerskopf appartenaient à Kloppenheim.

Vers 1200, la haute cour de Kloppenheim était la propriété des seigneurs d'Eppstein et passa définitivement à Nassau en 1441. Un tribunal échevinal est attesté en 1381. Il se réunissait près de l'église et vers 1500, il était tenu de se présenter à certaines dates au tribunal de Wiesbaden. La construction d'une potence, envisagée en 1500 par les comtes Adolf III de Nassau-Wiesbaden et Johann Ludwig I. de Nassau-Saarbrücken au Hockenberg entre les forêts de Kloppenheim et d'Igstadt, échoua en raison des oppositions de l'office d'Eppstein, d'Usingen et de Wiesbaden. Kloppenheim était fortifié par un fossé de rempart et une haie, dans lesquels donnaient la porte de la rue Vorderstrasse, la porte Pfahltor et la porte Stiehltor. En 1462, Kloppenheim fut incendié lors du conflit qui l'opposait à l'archevêché de Mayence sous l'archevêque Diether von Isenburg au comte de Nassau.

En 1543, la Réforme a fait son entrée sous le comte Philipp III. Le premier pasteur protestant de Kloppenheim fut Gerlach Bidencap, qui resta en fonction jusqu'en 1575. Les localités ➞ Auringen, Heßloch et Naurod faisaient également partie de la paroisse.

Un moulin existait déjà en 1344 à Kloppenheim. En 1564, le comte Philipp zu Nassau autorisa la construction d'un autre moulin, le Ohlenmühle. Il y avait également le moulin Pflanzen au bout de la rue Heßlocher et le moulin Hockenberger en direction d'Auringen. Ce dernier remonte à la maison Hocken mentionnée dans un document de 1467 ; sur un dessin de 1580, le bâtiment ressemble à une tour de guet. L'exploitation du moulin Hockenberger Mühle a cessé vers 1955 et l'auberge du même nom se trouve aujourd'hui à sa place.

La plus ancienne école de Kloppenheim date de 1578. Elle était financée par un ancien bien d'autel et ses accessoires. L'instituteur assurait le service des cloches et enseignait également aux enfants de Heßloch et d'Auringen. Le domaine scolaire se composait d'environ quatre acres de terre arable, de deux prés, d'un jardin d'herbes et d'un petit jardin pour les herbes de cuisine près du logement de l'école. En 1749, une nouvelle école fut construite, qui abrita plus tard la mairie. En 1899/1900, une nouvelle école a été construite et un troisième poste d'enseignant a été créé. L'ancien bâtiment devint le domicile d'un jardin d'enfants.

Kloppenheim a également souffert de la guerre de Trente Ans et des épidémies de peste qui ont suivi. En 1644, la localité fut pillée par les Bavarois. Après 1672, les pillages et les cantonnements se sont répétés ; en 1674, environ 8.000 guerriers campaient dans la région. Ils dévastèrent les champs ; il y eut une famine et une épidémie de dysenterie qui fit 40 victimes. Les trois cloches de l'église furent brisées par les soldats et les habitants s'enfuirent à Wiesbaden. À l'automne 1688, les habitants de Kloppenheim se réfugièrent également dans la ville thermale.

Une centaine d'années plus tard, Kloppenheim fut touchée par les combats autour de la forteresse de Mayence de 1792 à 1799, 13 soldats prussiens furent enterrés dans le cimetière de l'église locale. Kloppenheim fut successivement occupé par des troupes françaises, prussiennes et à nouveau françaises. Lors de la prise d'assaut de l'école et de la mairie en 1797, les dossiers scolaires et communaux qui y étaient conservés furent brûlés. Le retrait des troupes françaises ainsi que les cosaques qui les suivaient en 1813 apportèrent encore plus de détresse et de terreur.

Les débuts du domaine paroissial de Bleidenstadt à Kloppenheim remontent à 1076. Une chapelle dédiée à saint Ferrutius y existait au plus tard depuis 1321. L'âge de l'église paroissiale est inconnu ; sa tour, une tour de défense, date probablement des 11e et 12e siècles. Le couvent de Bleidenstadt eut la collégialité à Kloppenheim jusqu'en 1705 et fit construire un nouveau presbytère vers la fin du 17ème siècle. En 1705, le droit d'occupation de la paroisse et l'obligation d'entretenir l'église et la paroisse passèrent à Nassau. De 1706 à 1708, l'église fut agrandie et les citoyens durent fournir des services manuels et d'attelage lors de la construction. En 1711, un orgue fut acheté.

La commune vivait de l'arboriculture, de la culture céréalière et de l'industrie laitière ; la culture de la vigne n'était plus d'usage depuis le début des temps modernes. En 1819, Kloppenheim comptait 49 cultivateurs, 27 journaliers, trois distillateurs et trois épiciers, un boulanger, un gros forgeron, un tisserand de lin, un tailleur et un tonnelier, deux meuniers, un moulin à huile, deux menuisiers, deux cordonniers, un charpentier et un aubergiste, un charpentier. Cette structure artisanale changea considérablement jusqu'en 1870 : les habitants de Kloppenheim cherchaient désormais davantage de travail et de revenus à Wiesbaden, Mayence, Höchst ou auprès de la Reichsbahn. Jusqu'à la fin du 19ème siècle, environ 50 % des habitants travaillaient dans l'agriculture, 25 % dans l'artisanat et 25 % comme ouvriers ou journaliers. En 1930, environ un tiers travaillait encore dans l'agriculture, près de la moitié étaient des ouvriers, le reste étant des indépendants et des fonctionnaires. En 1951, le premier tracteur est arrivé à Kloppenheim, à partir de 1960, chaque exploitation avait au moins un tracteur agricole, les chevaux de labour ont disparu. En 2009, Kloppenheim comptait 154 entreprises artisanales, dont environ 11 agriculteurs à plein temps.

En 1817, on comptait à Kloppenheim les bâtiments communaux suivants : la mairie au Kirchhof, la maison du berger, le fournil, la maison du fort, la maison de la pompe à incendie ainsi que sept fontaines. En 1819, la maison du berger fut démolie. A partir de 1825, une nouvelle cour des morts fut aménagée au nord du village. En 1830, un nouveau poste d'incendie fut construit. A partir de 1836, la commune fit aménager les chemins et les rues du village ainsi que les liaisons avec les communes voisines d'Auringen, Bierstadt et Igstadt. La canalisation fut également améliorée. En 1846, les employés communaux étaient le maire, l'huissier, le garde-champêtre et le veilleur de nuit.

Les événements "révolutionnaires" de l'année 1848 touchèrent également Kloppenheim. Quatre semaines après les événements tumultueux de mars, les habitants fondèrent une milice citoyenne. Une grande inondation est signalée le 08/07/1875.

En 1630, il y avait 66 maisons ou foyers à Kloppenheim. En 1684, le nombre d'habitants était de 237. En 1820, 481 habitants vivaient dans 135 foyers. En 1927, il y avait 907 personnes. En 1947, Kloppenheim comptait 1.223 citoyens. Pendant la Première Guerre mondiale, on déplora 19 morts, et pendant la Seconde Guerre mondiale, environ 75 habitants décédèrent ainsi que trois travailleurs forcés russes assassinés par la Gestapo. Après 1945, Kloppenheim a connu une forte croissance, notamment grâce aux personnes déplacées, principalement en provenance de Tchéquie. En 2015, 2.303 habitants vivaient dans 1.066 ménages. Après la Première Guerre mondiale, les grandes maisons en briques de la Heßlocher Straße ont été construites. Un an après son rattachement à Wiesbaden le 01.04.1928, Kloppenheim a été raccordé aux réseaux d'eau, de gaz et d'électricité de Wiesbaden.

Lors du bombardement de Wiesbaden le 02.02.1945, le village a été gravement touché, sept habitants sont morts. Seize bâtiments ont été totalement détruits ou fortement endommagés. Après 1945, l'activité de construction s'est d'abord limitée à combler les espaces vides. En 1956, la salle Rose, fortement endommagée pendant la guerre, a été rénovée et transformée en "gymnase municipal". L'"ancienne mairie", située au numéro 11 de la rue Oberstraße, qui abritait le jardin d'enfants jusqu'en 1951, puis l'administration locale et le poste de police jusqu'en 1971, devint un lieu de réunion pour les associations. Dans la Heßlocher Straße, des logements sociaux ont été construits en 1960 en face de l'école Ernst-Göbel, en 1970 au Schnitterweg et enfin vers 1990 à la Pfortenstraße. En 1972, un jardin d'enfants fut construit dans la Pfarrstraße et en 1974, la nouvelle caserne des pompiers fut construite sur l'ancien terrain de la briqueterie de Kloppenheim et deux ans plus tard, le Wäschbach fut dévié dans des tuyaux souterrains. Parallèlement, la Bachstraße et la "Promenadenweg" ont été créées le long du cours d'eau canalisé. De nouvelles canalisations, conduites de gaz et d'eau ont été posées et toutes les rues de l'ancien quartier ont été aménagées. Ces vastes mesures de construction, rendues possibles par le programme de rénovation des villages du Land, ont duré jusqu'en 1990.

Dans les années 1980, le terrain de sport avec une maison pour les associations (1982-84), le manège en contrebas de la Pfortenstrasse (1987), la maison paroissiale protestante (1989) ont été construits. En 2002, l'ancienne grange communale située à côté de l'"ancienne mairie" a été transformée en grange d'origine de l'association locale. La plus ancienne association de Kloppenheim est l'association de chant masculin, fondée en 1859. En 2009, Kloppenheim comptait 18 associations, l'association "Heimatverein" fondée en 1998 avec sa "Heimatscheune" étant la dernière grande association créée jusqu'à présent.