През 80-те години на миналия век западно от Клопенхайм са открити неолитни ями за отпадъци и стъкленици. При разкопките през 90-те години на ХХ в. са открити фрагменти от керамични съдове и многобройни отпадъци от касапница. Находки от римски осколки и останки от стени в района на Зеел, които се интерпретират като останки от римско стопанство, показват, че римляните също са присъствали в Клопенхайм. През III в. от н.е. тук живеят германски племена, а по-късно и аламани, преди да бъдат прогонени от франките към края на V в. През 1999 г. недалеч от мястото на разкопките са открити франкски гробове, които вероятно датират от VI в.

През 80-те години на ХХ в. западно от Клопенхайм са открити неолитни ями за отпадъци и съответните керамични съдове. При разкопките през 90-те години на ХХ в. са открити фрагменти от керамични съдове и многобройни парчета от месарски отпадъци. Находки от римски осколки и останки от стени в района на Зеел, които се интерпретират като останки от римско стопанство, показват, че римляните също са присъствали в Клопенхайм. През III в. от н.е. тук живеят германски племена, а по-късно и аламани, преди да бъдат прогонени от франките към края на V в. През 1999 г. недалеч от мястото на разкопките са открити франкски гробове, които вероятно датират от VI в.

През 1355 г. Клопенхайм е част от селище за граф Рупрехт цу Насау, който резидира в замъка Зоненберг; оттогава нататък той принадлежи към господството или службата Зоненберг. През 1488 г. граф Филип цу Насау-Саарбрюкен прехвърля своя дял от Зоненберг с Клопенхайм на рицаря Филип фон Бикен. През 1605 г. Клопенхайм става част от господарството на Висбаден, през 1787 г. става част от Оберамт, през 1816 г. - от Амт, а през 1866 г. - от окръг Висбаден. През 1355 г. Клопенхайм е споменат в списъка на господарството на Висбаден (Weistum). Към Клопенхайм са принадлежали горските квартали Хакен, Ауслаг и Хокенберг, както и Трокенборн, Заусулг и Тайс ам Келерскопф.

Около 1200 г. върховният съд в Клопенхайм е бил собственост на господарите на Епщайн, а през 1441 г. окончателно преминава към Насау. Има данни за съществуването на съд на старейшините през 1381 г. Той се е събирал в църквата и е бил задължен да се явява в съда във Висбаден на определени дати около 1500 г. През 1500 г. графовете Адолф III от Насау-Висбаден и Йохан Лудвиг I от Насау-Саарбрюкен възнамеряват да построят бесилка на река Хокенберг между горите Клопенхайм и Игщадт, но това се проваля поради възраженията на властите на Епщайн, Усинген и Висбаден. Клопенхайм е укрепен с ров и жив плет, в който водят портата на Vorderstraße, Pfahltor и Stiehltor. През 1462 г. Клопенхайм е опожарен при спор за архиепископството на Майнц под ръководството на архиепископ Дитер фон Изенбург с графа на Насау.

През 1543 г. е въведена Реформацията при граф Филип III. Първият протестантски пастор в Клопенхайм е Герлах Биденкап, който остава на този пост до 1575 г. Енорията включва и селата ➞ Ауринген, Хеслох и Наурод.

Още през 1344 г. в Клопенхайм има мелница. През 1564 г. граф Филип цу Насау разрешава построяването на още една мелница - Ohlenmühle. Имало е също така Pflanzenmühle в края на Heßlocher Straße и Hockenberger Mühle в посока Auringen. Последното води началото си от Hockenhaus, споменат в документ от 1467 г.; на рисунка от 1580 г. сградата прилича на наблюдателна кула. Hockenberger Mühle престава да функционира около 1955 г. и на нейно място се намира едноименната гостилница.

Най-старото училище в Клопенхайм датира от 1578 г. и е финансирано от бивш олтарен имот и неговите принадлежности. Учителят е отговарял за камбанарията и е обучавал и децата от Хеслох и Ауринген. Училищният имот се е състоял от около четири акра земеделска земя, две ливади, билкова градина и малка градина за кухненски билки в близост до училищното жилище. През 1749 г. е построено ново училище, в което по-късно се помещава кметството. През 1899/1900 г. е построено ново училище и е създадена трета учителска длъжност. В старата сграда се настанява детска градина.

Клопенхайм пострадва и по време на Тридесетгодишната война и последвалите я чумни шествия. През 1644 г. селото е разграбено от баварците. След 1672 г. грабежите и разквартируването се повтарят; през 1674 г. в района лагеруват около 8000 войници. Те опустошават полетата; настъпва глад и епидемия от дизентерия, която отнема живота на 40 души. Трите камбани на църквата са разбити от войниците, а жителите бягат във Висбаден. През есента на 1688 г. жителите на Клопенхайм също бягат в курортния град.

Около 100 години по-късно Клопенхайм е засегнат от битките за крепостта Майнц от 1792 до 1799 г.; 13 пруски войници са погребани в местния църковен двор. Клопенхайм е окупиран последователно от френски, пруски и след това от френски войски. Когато през 1797 г. училището и кметството са щурмувани, съхраняваните там училищни и енорийски документи са изгорени. През 1813 г. отстъплението на френските войски и последвалите ги казаци донасят нови трудности и терор.

Началото на енорийското имение Блайденщат в Клопенхайм датира от 1076 г. Най-късно от 1321 г. тук съществува параклис, посветен на свети Феруций. Възрастта на енорийската църква не е известна; нейната кула - отбранителна кула - вероятно датира от 11/12 век. До 1705 г. абатство Блайденщат отговаря за Клопенхайм, а към края на XVII в. е построено ново настоятелство. През 1705 г. правото за назначаване на енория и задължението за поддържане на църквата и енорията са прехвърлени на Насау. Църквата е разширена между 1706 и 1708 г., като жителите на града трябва да осигурят работна ръка за строителните работи. През 1711 г. е закупен орган.

Енорията се издържа от отглеждането на плодове и зърнени култури, както и от млекопроизводството; отглеждането на вино не е било разпространено от ранния модерен период. През 1819 г. в Клопенхайм има 49 земеделски стопани, 27 дневни работници, трима дестилатори и трима бакалии, един хлебар, един груб ковач, един тъкач на платно, един шивач и един медникар, двама мелничари, един мелничар на масло, двама дърводелци, двама обущари, двама ваятели, двама гостилничари и един дърводелец. Тази търговска структура се променя значително до 1870 г.: жителите на Клопенхайм вече все по-често търсят работа и доходи във Висбаден, Майнц, Хохст или по железопътната линия на Райхсбан. Към края на XIX в. около 50 % от тях работят в селското стопанство, а по 25 % - в занаятите и като работници или надничари. През 1930 г. около една трета от тях все още работят в селското стопанство, малко под половината са работници, а останалите са самостоятелно заети лица и държавни служители. Първият трактор идва в Клопенхайм през 1951 г., а от 1960 г. нататък всяко стопанство има поне един трактор, докато селскостопанските коне изчезват. През 2009 г. в Клопенхайм има 154 търговски предприятия, от които около 11 са земеделски производители на пълен работен ден.

През 1817 г. в Клопенхайм са преброени следните общински сгради: кметството в двора на църквата, овчарникът, пекарната, портата, помпената станция и седем кладенеца. Пастирската къща е разрушена през 1819 г. От 1825 г. на север от селото е построено ново гробище. През 1830 г. е построена нова пожарна станция. От 1836 г. общината разполага с пътеки и пътища в селото, както и с разширени транспортни връзки със съседните общини Ауринген, Биерщат и Игщат. Подобрена е и канализационната система. През 1846 г. общинските служители са кметът, общинският служител, полският пазач и нощният пазач.

"Революционните" събития от 1848 г. засягат и Клопенхайм. Четири седмици след бурните мартенски събития жителите основават гражданска отбранителна сила. На 8 юли 1875 г. е регистрирано голямо наводнение.

През 1630 г. в Клопенхайм има 66 къщи или огнища. През 1684 г. броят на жителите е 237. През 1820 г. има 481 жители в 135 домакинства. През 1927 г. там живеят 907 души. През 1947 г. в Клопенхайм живеят 1223 души. През Първата световна война загиват 19 души, а през Втората светов на война - около 75 жители, както и трима руски принудителни работници, убити от Гестапо. След 1945 г. Клопенхайм се разраства значително, особено поради изселените лица, главно от Чешката република. През 2015 г. тук живеят 2 303 жители в 1 066 домакинства. Големите тухлени къщи на улица Хеслохер Щрасе са построени след Първата световна война. Една година след присъединяването към Висбаден на 1 април 1928 г. Клопенхайм е свързан с водоснабдяването, газоснабдяването и електроснабдяването на Висбаден.

По време на бомбардировките над Висбаден на 2 февруари 1945 г. селото е тежко засегнато и седем жители загиват. Напълно разрушени или сериозно повредени са 16 сгради. След 1945 г. строителната дейност първоначално се ограничава до запълване на пролуки между сградите. През 1956 г. Розовата зала, която е силно повредена по време на войната, е ремонтирана и превърната в "общинска спортна зала". "Старото кметство" на Оберщрасе 11, в което до 1951 г. се помещава детската градина, а след това до 1971 г. - местната администрация и полицейският участък, става място за срещи на клубовете. През 1960 г. са построени общински жилища на Хеслохерщрасе срещу училището "Ернст-Гьобел", през 1970 г. на Шнитервег и накрая около 1990 г. на Пфортенщрасе. През 1972 г. на Пфарщрасе е построена детска градина, а през 1974 г. на мястото на бившата тухларна в Клопенхайм е построена новата пожарна, а две години по-късно река Вашбах е отклонена в подземни тръби. По същото време по протежение на канализираното водно течение са изградени Бахщрасе и "Променаденвег". Положени са нови канализационни, газови и водопроводни тръби, а всички пътища в района на стария град са модернизирани. Тези мащабни строителни мерки, които са станали възможни благодарение на държавната програма за обновяване на селата, продължават до 1990 г.

През 80-те години на ХХ в. са построени спортното игрище с клуб (1982-84 г.), закритият манеж под Пфортенщрасе (1987 г.) и протестантското енорийско здание (1989 г.). През 2002 г. бившият обществен хамбар до "Старото кметство" е превърнат в домашен хамбар на Хайматферайн. Най-старото сдружение в Клопенхайм е мъжкото хорово дружество, основано през 1859 г. През 2009 г. в Клопенхайм има 18 клуба, като Heimatverein, основан през 1998 г. със своя Heimatscheune, е последният голям клуб, основан до момента.