Когато на власт идват националсоциалистите, Висбаден отново се превръща във военен център: През октомври 1936 г. Главното командване на XII. Армията и третият батальон на 38-и пехотен полк се преместват във Висбаден. През декември 1937 г. на бившия параден терен на улица Schiersteiner Straße са открити казармите "Окампс". Други казарми, като " Редуит", също са реактивирани и разширени, за да приемат нови части. През 1936 г. Луфтвафе разширява летище Ербенхайм в авиобаза. Малко след идването си на власт през 1933 г. режимът започва подготовка за бъдеща въздушна война.

На улица Dotzheimer Straße 24 е създадено централно организационно бюро за гражданска въздушна защита. Малко след нахлуването в Полша освен дълбок бункер е построен и висок бункер при изворите на Кайзер-Фридрих-Плац, а тунелната система е преустроена в бункер на Кулинщрасе в днешната Фридрих-Еберт-Алее 8 на мястото на спортна площадка. През май 1940 г. в непосредствена близост до Курхаус е изградено още едно временно убежище за въздушно нападение с място за 1400 души. В хода на мобилизацията повечето от училищните сгради са конфискувани, а спортните зали са превърнати в складове за храна; в периода 1941-44 г. редовните учебни занятия са възможни само с големи усилия.

Общинските болнични и социални заведения са превърнати във военни болници или за обгрижване на ранените във войната. В началото на войната е създадена Служба за военни щети, която през 1942 г. се превръща в Служба за военни щети и щети на Вермахта. Понякога големите хотели се използват изцяло от военните и тяхната администрация. Кампаниите за набиране на средства за Вермахта и социални организации като Червения кръст са имали за цел да подпомогнат финансирането на войната и свързаните с нея разходи. 60-часовата работна седмица е въведена едва през септември 1944 г.

За да се осигури снабдяването на жителите и да се предотврати недостигът, както по време на Първата световна война, администрацията издава продоволствени карти и реорганизира снабдяването с гориво още на 28 август 1939 г. На 24 септември започва вторият период на разпределение, в който с картите за хляб и сапун се регламентират допълнителни потребителски стоки. През ноември са въведени карти за облекло и е спряно производството на трайни колбаси, шунка и месни консерви, за да се осигурят доставките на месо. До 1944 г. дажбата остава постоянно висока - над 2000 килокалории на жител на ден. Културните мероприятия в държавния театър и в курортния оркестър също се поддържат до края на 1944 г. От 1944 г. обаче в градините е разрешено да се отглеждат само картофи. През септември седмичната дажба хляб е намалена с 200 г.

През първите две години на войната почти няма недостиг на гориво, тъй като търсенето може да се покрие от собствените резерви на компанията и от експлоатацията на окупираните територии. Недостигът на въглища, причинен от дажбите до 1944 г., е компенсиран с мащабни мерки за икономии, в които жителите са обучени от градската администрация. Едва през есента на 1944 г. градската администрация решава да започне добив на дървесина. Път по път лесничеите разпределяли дървета на гражданите, за да заменят липсата на въглища с дърва.

Автобусният транспорт от година на година ставал все по-труден. Наред с другото, автобусите се движели с градски газ, който се съхранявал в контейнери на покрива на превозното средство; жените били наети като кондуктори, за да поддържат услугата. От 1944 г. нататък засилващите се бомбардировки означават, че редовният местен обществен транспорт вече не е възможен, както е било в мирно време. Първите ограничения в транспорта на дълги разстояния настъпват с отмяната на влаковете D и експресите от юни 1944 г.

Бойните действия по време на войната не оставят Висбаден незасегнат; между август 1940 г. и март 1945 г. градът е атакуван от съюзнически бомбардировачи в 66 дни. На 29 ноември 1940 г. са отчетени първите въздушни удари по брега на Рейн, Ербенхаймерщрасе и Армейското производствено бюро в Кастел. Първите смъртни случаи са след въздушно нападение на Фриц-Кале-щрасе на 6 май 1941 г. Бомбите, паднали на 12 август 1942 г., поразяват различни обекти на Вермахта, както и производствения завод Glyco-Metallwerke. Първото голямо нападение срещу Висбаден е извършено на 17 септември 1942 г., като наред с други обекти е засегнат и циментовият завод Dyckerhoff und Söhne. Едва на 4 октомври 1943 г. американски части участват във въздушните нападения. От януари до август 1944 г. зачестяват нападенията както срещу промишлени, така и срещу жилищни райони.

Периодът от септември 1944 г. до освобождението на града се счита за същинската бомбардировъчна война, в която много граждани губят живота си. На 13 септември 1944 г. е извършено масирано нападение срещу железопътните линии, което значително ограничава железопътния трафик. Шест дни по-късно са нанесени опустошителни удари по химическия завод "Кале", химическата фабрика "Алберт" и циментовия завод "Дайкерхоф" и др. Жертва на това нападение стават 50 души. В резултат на материалните разрушения производството на цимент спада с 50 %. На 4 декември 1944 г. мястото на железопътната гара Висбаден-Ост е толкова силно разрушено, че се налага железопътните превози да бъдат преустановени за една седмица. В последвалия период висшето ръководство на СС и полицията премества офисите си извън града в безопасни алтернативни помещения в покрайнините на гората, които са създадени от затворници от специалния лагер на СС в Хинцерт. Общо 1479 жертви на авиацията са регистрирани по време на тежките набези от 8 февруари и 28 юли 1944 г.

Около 18% от жилищата във Висбаден, Кастел, Аменебург и Костхайм са разрушени. Най-тежката бомбардировка през нощта от 2 срещу 3 февруари 1945 г. отнема живота на 570 души, а 28 000 жители губят домовете си. Особено тежко е засегнат курортният район. Силно пострадали са Паулиненшльошен, Курпарк, Курхаус и театърът, хотел Vier Jahreszeiten, Маркткирхе, градският дворец, кметството и полицейското управление. Към октомври 1945 г. водопроводите, газопроводите и електропроводите все още не са напълно възстановени. Директното попадение на въздушна мина в лицея до пазарната църква на Шлосплац и последвалото срутване се оказват смъртоносен капан за много жители на Висбаден, които са използвали масивната сграда като убежище за въздушни нападения. Дворецът Бибрих също претърпява сериозни щети малко преди края на войната. През февруари 1945 г. ловната хижа "Плате" е умишлено разрушена, тъй като там е била разположена позиция за противовъздушна отбрана. В допълнение към тези съюзнически попадения има и отделни германски самолети, свалени от атакуващи самолети. На 8 ноември 1944 г. американски изтребител-бомбардировач е свален от противовъздушната отбрана на Висбаден. Пилотът успява да се спаси с парашут и в крайна сметка е арестуван. Друг свален пилот от ВВС на САЩ става жертва на отмъстителното правосъдие на разгневена тълпа в Делкенхайм на 30 декември 1944 г. До края на войната около 30 % от сградите във Висбаден са разрушени.

На 28 март 1945 г. Втората световна война приключва за Висбаден с нахлуването на американските войски. Последният командир на града полковник Вилхелм Карл Циренберг и останалите административни служители Фриц Риг, Кристиан Бюхер и д-р Карл Щемпелман се противопоставят на т.нар. заповед на Нерон, издадена от гаулайтера Якоб Шпренгер и кмета Феликс Пиекарски, които призовават за евакуация на града и унищожаване на инфраструктурата му малко преди да избягат от Висбаден на 25 март. Това предотврати по-нататъшното разрушаване и демонтиране. Първият съветник и градски ковчежник д-р Густав Хес предава града на американците против заповедта на военните и партията. В знак на мирна капитулация на 28 март 1945 г. в 5:45 ч. на бункера в музея е издигнат белият флаг.