Cuando los nacionalsocialistas llegaron al poder, Wiesbaden volvió a convertirse en un centro militar: En octubre de 1936, la Comandancia General del XII. Cuerpo de Ejército y el tercer batallón del Regimiento de Infantería 38 se trasladaron a Wiesbaden. En diciembre de 1937 se inauguró el "Cuartel Ochamps" en el antiguo patio de armas de la Schiersteiner Straße. Otros cuarteles, como el Reduit, también fueron reactivados y ampliados para alojar a nuevas unidades. En 1936, la Luftwaffe amplió el aeropuerto de Erbenheim para convertirlo en base aérea. Poco después de llegar al poder en 1933, el régimen inició los preparativos para una futura guerra aérea.

En la Dotzheimer Straße 24 se creó una oficina central de organización para la protección aérea civil. Poco después de la invasión de Polonia, además de un búnker profundo, se construyó un búnker alto en los muelles de la Kaiser-Friedrich-Platz y se transformó el sistema de túneles en un búnker en la Coulinstraße, en la actual Friedrich-Ebert-Allee 8, en el emplazamiento de un campo de deportes. En mayo de 1940 se construyó en las inmediaciones de la Kurhaus otro refugio antiaéreo provisional con espacio para 1.400 personas. En el curso de la movilización, la mayoría de los edificios escolares fueron confiscados y los pabellones deportivos se convirtieron en almacenes de alimentos; entre 1941-44, las clases regulares sólo fueron posibles con gran esfuerzo.

Las instalaciones hospitalarias y asistenciales municipales se convirtieron en hospitales militares o para el cuidado de los heridos de guerra. Al principio de la guerra se creó la Oficina de Daños de Guerra, que en 1942 se convirtió en la Oficina de Daños de Guerra y de la Wehrmacht. En ocasiones, los grandes hoteles eran utilizados en su totalidad por los militares y su administración. Las campañas de recaudación de fondos para la Wehrmacht y organizaciones sociales como la Cruz Roja tenían como objetivo ayudar a financiar la guerra y los gastos asociados. La semana laboral de 60 horas no se introdujo hasta septiembre de 1944.

Para garantizar el abastecimiento de los residentes y evitar la escasez como en la Primera Guerra Mundial, la administración expidió cartillas de racionamiento y reorganizó la adquisición de combustible ya el 28 de agosto de 1939. El 24 de septiembre comenzó el segundo periodo de asignación, en el que se regularon más bienes de consumo con tarjetas de pan y jabón. En noviembre se introdujeron tarjetas de ropa y se interrumpió la producción de salchichas de larga duración, jamón y carne en conserva para asegurar el suministro de carne. La ración se mantuvo constantemente alta, por encima de las 2.000 kilocalorías por habitante y día, hasta 1944. También se mantuvieron las actividades culturales en el teatro estatal y en la orquesta del balneario hasta finales de 1944. Desde 1944, sin embargo, sólo se permitía cultivar patatas en los huertos. En septiembre, la ración semanal de pan se redujo en 200 g.

Durante los dos primeros años de la guerra apenas hubo escasez en el suministro de combustible, ya que la demanda podía cubrirse con las reservas propias y la explotación de los territorios ocupados. La escasez de carbón provocada por el racionamiento hasta 1944 se compensó con amplias medidas de ahorro, en las que los vecinos fueron formados por la administración municipal. No fue hasta el otoño de 1944 cuando la administración de la ciudad decidió empezar a talar árboles. Carretera a carretera, los silvicultores asignaron árboles a los ciudadanos para suplir la falta de carbón con madera.

El transporte en autobús se hizo más difícil de año en año. Entre otras cosas, los autobuses funcionaban con gas ciudad, que se almacenaba en recipientes en el techo del vehículo; se empleó a mujeres como conductoras para mantener el servicio en funcionamiento. A partir de 1944, el aumento de los bombardeos hizo que el transporte público local regular dejara de ser una opción como lo había sido en tiempos de paz. Las primeras restricciones al transporte de larga distancia llegaron con la cancelación de los trenes D y expresos a partir de junio de 1944.

Las hostilidades de la guerra no dejaron indemne a Wiesbaden; entre agosto de 1940 y marzo de 1945, la ciudad fue atacada por bombarderos aliados 66 días. El 29 de noviembre de 1940 se registraron los primeros ataques aéreos sobre las orillas del Rin, la Erbenheimer Strasse y la Oficina de Producción del Ejército en Kastel. Las primeras víctimas mortales se produjeron tras un ataque aéreo el 6 de mayo de 1941 en la Fritz-Kalle-Straße. Las bombas que cayeron el 12 de agosto de 1942 alcanzaron varias instalaciones de la Wehrmacht, así como la planta de producción Glyco-Metallwerke. El primer gran ataque contra Wiesbaden tuvo lugar el 17 de septiembre de 1942 y alcanzó, entre otras, la fábrica de cemento Dyckerhoff und Söhne. No fue hasta el 4 de octubre de 1943 cuando unidades estadounidenses participaron en los ataques aéreos. De enero a agosto de 1944 se produjeron ataques más frecuentes tanto en zonas industriales como residenciales.

El periodo comprendido entre septiembre de 1944 y la liberación de la ciudad se considera la verdadera guerra de bombardeos en la que perdieron la vida numerosos ciudadanos. El 13 de septiembre de 1944 se produjo un ataque masivo contra las vías del tren, que restringió considerablemente el tráfico ferroviario. Seis días más tarde, la fábrica química Kalle, la fábrica química Albert y la fábrica de cemento Dyckerhoff, entre otras, fueron devastadas. 50 personas fueron víctimas de este ataque. Como consecuencia de la destrucción material, la producción de cemento se redujo en un 50%. El 4 de diciembre de 1944, el emplazamiento de la estación de ferrocarril de Wiesbaden-Ost quedó tan destruido que hubo que suspender las operaciones ferroviarias durante una semana. En el periodo que siguió, los altos mandos de las SS y de la policía trasladaron sus oficinas de la ciudad a cuarteles alternativos seguros en la linde del bosque, que habían sido habilitados por prisioneros del campo especial de las SS de Hinzert. En total se registraron 1.479 víctimas de los ataques aéreos del 8 de febrero y el 28 de julio de 1944.

Alrededor del 18% de las viviendas de Wiesbaden, Kastel, Amöneburg y Kostheim quedaron destruidas. El bombardeo más intenso, la noche del 2 al 3 de febrero de 1945, se cobró 570 vidas y 28.000 habitantes perdieron sus casas. El barrio del balneario fue especialmente castigado. Las Paulinenschlösschen, el Kurpark, el Kurhaus y el teatro, el Hotel Vier Jahreszeiten, la Marktkirche, el palacio municipal, el ayuntamiento y la jefatura de policía se vieron gravemente afectados. En octubre de 1945 aún no se habían reparado completamente las líneas de agua, gas y electricidad. El impacto directo de una mina antiaérea en el liceo situado junto a la iglesia del mercado en la Schlossplatz y el posterior derrumbamiento resultaron ser una trampa mortal para muchos habitantes de Wiesbaden que habían estado utilizando el enorme edificio como refugio antiaéreo. El palacio de Biebrich también sufrió graves daños poco antes del final de la guerra. En febrero de 1945 fue destruido deliberadamente por una posición de defensa antiaérea. Además de estos impactos aliados, también hubo aviones alemanes aislados derribados por la aviación atacante. El 8 de noviembre de 1944, un cazabombardero estadounidense fue derribado por las defensas aéreas de Wiesbaden. El piloto pudo salvarse en paracaídas y finalmente fue detenido. El 30 de diciembre de 1944, otro piloto de las fuerzas aéreas estadounidenses que había sido derribado fue víctima de la justicia de una multitud enfurecida en Delkenheim. Al final de la guerra, alrededor del 30% de los edificios de Wiesbaden habían sido destruidos.

El 28 de marzo de 1945, la Segunda Guerra Mundial terminó para Wiesbaden con la invasión de las tropas estadounidenses. El último comandante de la ciudad, el coronel Wilhelm Karl Zierenberg, y los restantes funcionarios administrativos, Fritz Reeg, Christian Bücher y el Dr. Carl Stempelmann, desafiaron la llamada Orden de Nerón emitida por el Gauleiter Jacob Sprenger y el alcalde Felix Piékarski, que habían pedido la evacuación de la ciudad y la destrucción de sus infraestructuras poco antes de huir de Wiesbaden el 25 de marzo. De este modo se evitó una mayor destrucción y desmantelamiento. El primer concejal y tesorero municipal, Dr. Gustav Heß, entregó la ciudad a los estadounidenses en contra de las órdenes del ejército y del partido. Como señal municipales se convirtieron en hospitales militares o para el cuidado de los heridos de guerra. Al principio de la guerra se creó la Oficina de Daños de Guerra, que en 1942 se convirtió en la Oficina de Daños de Guerra y de la Wehrmacht. En ocasiones, los grandes hoteles eran utilizados en su totalidad por los militares y su administración. Las campañas de recaudación de fondos para la Wehrmacht y organizaciones sociales como la Cruz Roja tenían como objetivo ayudar a financiar la guerra y los gastos asociados. La semana laboral de 60 horas no se introdujo hasta septiembre de 1944.

Para garantizar el abastecimiento de los residentes y evitar la escasez como en la Primera Guerra Mundial, la administración expidió cartillas de racionamiento y reorganizó la adquisición de combustible ya el 28 de agosto de 1939. El 24 de septiembre comenzó el segundo periodo de asignación, en el que se regularon más bienes de consumo con tarjetas de pan y jabón. En noviembre se introdujeron tarjetas de ropa y se interrumpió la producción de salchichas de larga duración, jamón y carne en conserva para asegurar el suministro de carne. La ración se mantuvo constantemente alta, por encima de las 2.000 kilocalorías por habitante y día, hasta 1944. También se mantuvieron las actividades culturales en el teatro estatal y en la orquesta del balneario hasta finales de 1944. Desde 1944, sin embargo, sólo se permitía cultivar patatas en los huertos. En septiembre, la ración semanal de pan se redujo en 200 g.

Durante los dos primeros años de la guerra apenas hubo escasez en el suministro de combustible, ya que la demanda podía cubrirse con las reservas propias y la explotación de los territorios ocupados. La escasez de carbón provocada por el racionamiento hasta 1944 se compensó con amplias medidas de ahorro, en las que los vecinos fueron formados por la administración municipal. No fue hasta el otoño de 1944 cuando la administración de la ciudad decidió empezar a talar árboles. Carretera a carretera, los silvicultores asignaron árboles a los ciudadanos para suplir la falta de carbón con madera.

El transporte en autobús se hizo más difícil de año en año. Entre otras cosas, los autobuses funcionaban con gas ciudad, que se almacenaba en recipientes en el techo del vehículo; se empleó a mujeres como conductoras para mantener el servicio en funcionamiento. A partir de 1944, el aumento de los bombardeos hizo que el transporte público local regular dejara de ser una opción como lo había sido en tiempos de paz. Las primeras restricciones al transporte de larga distancia llegaron con la cancelación de los trenes D y expresos a partir de junio de 1944.

Las hostilidades de la guerra no dejaron indemne a Wiesbaden; entre agosto de 1940 y marzo de 1945, la ciudad fue atacada por bombarderos aliados 66 días. El 29 de noviembre de 1940 se registraron los primeros ataques aéreos sobre las orillas del Rin, la Erbenheimer Strasse y la Oficina de Producción del Ejército en Kastel. Las primeras víctimas mortales se produjeron tras un ataque aéreo el 6 de mayo de 1941 en la Fritz-Kalle-Straße. Las bombas que cayeron el 12 de agosto de 1942 alcanzaron varias instalaciones de la Wehrmacht, así como la planta de producción Glyco-Metallwerke. El primer gran ataque contra Wiesbaden tuvo lugar el 17 de septiembre de 1942 y alcanzó, entre otras, la fábrica de cemento Dyckerhoff und Söhne. No fue hasta el 4 de octubre de 1943 cuando unidades estadounidenses participaron en los ataques aéreos. De enero a agosto de 1944 se produjeron ataques más frecuentes tanto en zonas industriales como residenciales.

El periodo comprendido entre septiembre de 1944 y la liberación de la ciudad se considera la verdadera guerra de bombardeos en la que perdieron la vida numerosos ciudadanos. El 13 de septiembre de 1944 se produjo un ataque masivo contra las vías del tren, que restringió considerablemente el tráfico ferroviario. Seis días más tarde, la fábrica química Kalle, la fábrica química Albert y la fábrica de cemento Dyckerhoff, entre otras, fueron devastadas. 50 personas fueron víctimas de este ataque. Como consecuencia de la destrucción material, la producción de cemento se redujo en un 50%. El 4 de diciembre de 1944, el emplazamiento de la estación de ferrocarril de Wiesbaden-Ost quedó tan destruido que hubo que suspender las operaciones ferroviarias durante una semana. En el periodo que siguió, los altos mandos de las SS y de la policía trasladaron sus oficinas de la ciudad a cuarteles alternativos seguros en la linde del bosque, que habían sido habilitados por prisioneros del campo especial de las SS de Hinzert. En total se registraron 1.479 víctimas de los ataques aéreos del 8 de febrero y el 28 de julio de 1944.

Alrededor del 18% de las viviendas de Wiesbaden, Kastel, Amöneburg y Kostheim quedaron destruidas. El bombardeo más intenso, la noche del 2 al 3 de febrero de 1945, se cobró 570 vidas y 28.000 habitantes perdieron sus casas. El barrio del balneario fue especialmente castigado. Las Paulinenschlösschen, el Kurpark, el Kurhaus y el teatro, el Hotel Vier Jahreszeiten, la Marktkirche, el palacio municipal, el ayuntamiento y la jefatura de policía se vieron gravemente afectados. En octubre de 1945 aún no se habían reparado completamente las líneas de agua, gas y electricidad. El impacto directo de una mina antiaérea en el liceo situado junto a la iglesia del mercado en la Schlossplatz y el posterior derrumbamiento resultaron ser una trampa mortal para muchos habitantes de Wiesbaden que habían estado utilizando el enorme edificio como refugio antiaéreo. El palacio de Biebrich también sufrió graves daños poco antes del final de la guerra. En febrero de 1945 fue destruido deliberadamente por una posición de defensa antiaérea. Además de estos impactos aliados, también hubo aviones alemanes aislados derribados por la aviación atacante. El 8 de noviembre de 1944, un cazabombardero estadounidense fue derribado por las defensas aéreas de Wiesbaden. El piloto pudo salvarse en paracaídas y finalmente fue detenido. El 30 de diciembre de 1944, otro piloto de las fuerzas aéreas estadounidenses que había sido derribado fue víctima de la justicia de una multitud enfurecida en Delkenheim. Al final de la guerra, alrededor del 30% de los edificios de Wiesbaden habían sido destruidos.

El 28 de marzo de 1945, la Segunda Guerra Mundial terminó para Wiesbaden con la invasión de las tropas estadounidenses. El último comandante de la ciudad, el coronel Wilhelm Karl Zierenberg, y los restantes funcionarios administrativos, Fritz Reeg, Christian Bücher y el Dr. Carl Stempelmann, desafiaron la llamada Orden de Nerón emitida por el Gauleiter Jacob Sprenger y el alcalde Felix Piékarski, que habían pedido la evacuación de la ciudad y la destrucción de sus infraestructuras poco antes de huir de Wiesbaden el 25 de marzo. De este modo se evitó una mayor destrucción y desmantelamiento. El primer concejal y tesorero municipal, Dr. Gustav Heß, entregó la ciudad a los estadounidenses en contra de las órdenes del ejército y del partido. Como señal de rendición pacífica, la bandera blanca fue izada en el búnker del museo el 28 de marzo de 1945 a las 5:45 de la mañana.