К западу от Клоппенхайма в 1980-х годах были найдены неолитические мусорные ямы и черепки. В ходе раскопок 1990-х годов были обнаружены фрагменты гончарных сосудов и многочисленные отходы мясного производства. Находки римских черепков и остатки стен в районе Зееля, которые интерпретируются как реликвии римской усадьбы, показывают, что римляне также присутствовали в Клоппенхайме. В III веке нашей эры здесь жили германские племена, а затем аламанны, но в конце V века они были вытеснены франками. В 1999 году недалеко от места раскопок были обнаружены франконские могилы, которые, вероятно, относятся к VI веку.

В 1980-х годах к западу от Клоппенхайма были найдены неолитические мусорные ямы и соответствующие горшки. При раскопках 1990-х годов были обнаружены фрагменты гончарных сосудов и многочисленные куски отходов мясной промышленности. Находки римских черепков и остатки стен в районе Зееля, которые интерпретируются как реликвии римской усадьбы, показывают, что римляне также присутствовали в Клоппенхайме. В III веке нашей эры здесь жили германские племена, а затем аламанны, но в конце V века они были вытеснены франками. В 1999 году недалеко от места раскопок были обнаружены франконские могилы, которые, вероятно, относятся к VI веку.

В 1355 году Клоппенхайм стал частью поселения графа Рупрехта цу Нассау, проживавшего в замке Зонненберг; с тех пор он принадлежал к доминиону или управлению Зонненберг. В 1488 году граф Филипп цу Нассау-Заарбрюккен передал свою долю Зонненберга вместе с Клоппенхаймом рыцарю Филиппу фон Бикену. В 1605 году Клоппенхайм стал частью Висбаденского владения, в 1787 году - частью Оберамта, в 1816 году - частью Амта, а в 1866 году - частью округа Висбаден. В 1355 году Клоппенхайм упоминается в Вейстуме Висбаденского владения. К Клоппенхайму относились лесные районы Хакен, Ауслаг и Хокенберг, а также Трокенборн, Заусульг и Тайс-ам-Келлерскопф.

Около 1200 года верховный суд в Клоппенхайме принадлежал лордам Эппштайна и окончательно перешел к Нассау в 1441 году. Есть свидетельства о существовании суда олдерменов в 1381 году. Он собирался в церкви и был обязан являться в суд Висбадена в определенные даты около 1500 года. В 1500 году графы Адольф III Нассау-Висбаденский и Иоганн Людвиг I Нассау-Заарбрюкенский намеревались построить виселицу на Хокенберге между лесами Клоппенхайм и Игштадт, но это не удалось из-за возражений властей Эппштайна, Усингена и Висбадена. Клоппенхайм был укреплен рвом и изгородью, в которую вели ворота на Вордерштрассе, Пфальтор и Штихльтор. В 1462 году Клоппенхайм был сожжен в ходе спора за архиепископство Майнцское при архиепископе Дитере фон Изенбурге с графом Нассау.

В 1543 году при графе Филиппе III была введена Реформация. Первым протестантским пастором в Клоппенхайме стал Герлах Биденкап, который оставался на своем посту до 1575 года. В приход также входили деревни Ауринген, Хеслох и Наурод.

Уже в 1344 году в Клоппенхайме была мельница. В 1564 году граф Филипп цу Нассау разрешил построить еще одну мельницу - Охленмюле. Кроме того, в конце улицы Хеслохерштрассе находилась мельница Пфланценмюле, а в направлении Аурингена - Хокенбергермюле. Последняя восходит к Хокенхаусу, упомянутому в документе 1467 года; на рисунке 1580 года здание напоминает сторожевую башню. Хокенбергер Мюле прекратил свою деятельность около 1955 года, и теперь его место занимает одноименный трактир.

Старейшая школа в Клоппенхайме датируется 1578 годом и финансировалась за счет бывшего алтарного имущества и его принадлежностей. Учитель отвечал за колокольную службу, а также обучал детей из Хеслоха и Аурингена. Территория школы состояла из четырех акров земли, двух лугов, травяного сада и небольшого огорода для кухонных трав рядом со школьным домом. В 1749 году была построена новая школа, в которой позже разместилась ратуша. В 1899/1900 годах была построена новая школа и создана третья должность учителя. В старом здании разместился детский сад.

Клоппенхайм также пострадал во время Тридцатилетней войны и последовавших за ней эпидемий чумы. В 1644 году деревня была разграблена баварцами. После 1672 года грабежи и четвертования повторялись; в 1674 году около 8 000 воинов расположились лагерем. Они опустошили поля, начался голод и вспышка дизентерии, которая унесла жизни 40 человек. Три колокола церкви были разбиты солдатами, а жители бежали в Висбаден. Жители Клоппенхайма также бежали в курортный город осенью 1688 года.

Около 100 лет спустя Клоппенхайм пострадал в боях за крепость Майнц в 1792-1799 годах; 13 прусских солдат были похоронены на местном церковном дворе. Клоппенхайм последовательно занимали французские, прусские, а затем французские войска. При штурме школы и ратуши в 1797 году сгорели хранившиеся там школьные и приходские записи. Отступление французских войск и преследовавших их казаков принесло новые лишения и ужас в 1813 году.

Истоки приходского поместья Блейденштадт в Клоппенхайме восходят к 1076 году. Часовня, посвященная святому Феррутиусу, существует здесь не позднее 1321 года. Возраст приходской церкви неизвестен; ее башня, являющаяся оборонительной, вероятно, относится к 11/12 веку. Аббатство Блейденштадт управляло Клоппенхаймом до 1705 года, а в конце XVII века здесь был построен новый ректорский дом. В 1705 году право назначать приход и обязанность содержать церковь и приход были переданы Нассау. Церковь была расширена в 1706-1708 годах, и горожане должны были предоставить рабочую силу для строительных работ. В 1711 году был приобретен орган.

Приход жил за счет выращивания фруктов и зерна, а также молочного животноводства; виноделие не было распространено с раннего нового времени. В 1819 году в Клоппенхайме насчитывалось 49 фермеров, 27 поденщиков, три винокура и три бакалейщика, один пекарь, один грубый кузнец, один ткач льна, один портной и один бондарь, два мельника, один маслобойщик, два плотника, два сапожника, два мастера, два трактирщика и один столяр. К 1870 году эта структура торговли значительно изменилась: теперь жители Клоппенхайма все чаще искали работу и заработок в Висбадене, Майнце, Хёхсте или на железной дороге Рейхсбан. К концу XIX века около 50 % из них работали в сельском хозяйстве, по 25 % - в торговле и в качестве рабочих или поденщиков. В 1930 году около трети по-прежнему работали в сельском хозяйстве, чуть меньше половины были рабочими, а остальные - самозанятыми и государственными служащими. Первый трактор появился в Клоппенхайме в 1951 году, а с 1960 года на каждой ферме был хотя бы один трактор, в то время как фермерские лошади исчезли. В 2009 году в Клоппенхайме насчитывалось 154 коммерческих предприятия, из которых около 11 были фермерами с полной занятостью.

В 1817 году в Клоппенхайме насчитывались следующие муниципальные здания: ратуша на церковном дворе, дом пастуха, пекарня, сторожка, насосная станция и семь колодцев. Дом пастуха был снесен в 1819 году. С 1825 года к северу от деревни было построено новое кладбище. В 1830 году была построена новая пожарная часть. С 1836 года муниципалитет расширил тропинки и дороги в деревне, а также транспортное сообщение с соседними общинами Ауринген, Бирштадт и Игштадт. Также была усовершенствована система канализации. В 1846 году в штат муниципалитета входили бургомистр, муниципальный служащий, полевой и ночной сторожа.

Революционные события 1848 года затронули и Клоппенхайм. Через четыре недели после мартовских бурь жители основали отряд гражданской обороны. О крупном наводнении сообщается 8 июля 1875 года.

В 1630 году в Клоппенхайме насчитывалось 66 домов или очагов. В 1684 году число жителей составляло 237 человек. В 1820 году в 135 домохозяйствах проживал 481 человек. В 1927 году здесь проживало 907 человек. В 1947 году в Клоппенхайме проживало 1 223 человека. В Первую мировую войну погибло 19 человек, во Вторую - около 75 жителей, а также трое русских подневольных рабочих, убитых гестапо. После 1945 года Клоппенхайм значительно вырос, в частности, за счет перемещенных лиц, в основном из Чехии. В 2015 году здесь проживало 2 303 жителя в 1 066 домохозяйствах. Большие кирпичные дома на Хеслохерштрассе были построены после Первой мировой войны. Через год после включения в состав Висбадена, 1 апреля 1928 года, Клоппенхайм был подключен к водо-, газо- и электроснабжению Висбадена.

Во время бомбардировки Висбадена 2 февраля 1945 года деревня сильно пострадала, погибли семь жителей. 16 зданий были полностью разрушены или сильно повреждены. После 1945 года строительная деятельность вначале ограничивалась заполнением промежутков между зданиями. В 1956 году сильно поврежденный во время войны Розовый зал был отремонтирован и превращен в "муниципальный спортивный зал". Старая ратуша" на Оберштрассе, 11, в которой до 1951 года располагался детский сад, а до 1971 года - местная администрация и полицейский участок, стала местом встреч клубов. В 1960 году были построены муниципальные квартиры на Хеслохер-штрассе напротив Эрнст-Гёбель-Шуле, в 1970 году - на Шниттервег и, наконец, около 1990 года - на Пфортенштрассе. В 1972 году на Пфаррштрассе был построен детский сад, в 1974 году на месте бывшего кирпичного завода в Клоппенхайме была построена новая пожарная станция, а двумя годами позже Вешбах был переведен в подземные трубы. В то же время вдоль канала были проложены Бахштрассе и "Променаденвег". Были проложены новые канализационные, газовые и водопроводные трубы, а также обновлены все дороги в районе старого города. Эти масштабные строительные мероприятия, ставшие возможными благодаря государственной программе обновления деревень, продолжались до 1990 года.

В 1980-х годах были построены спортивная площадка с клубом (1982-84 гг.), крытый манеж для верховой езды под Пфортенштрассе (1987 г.) и протестантский приходской зал (1989 г.). В 2002 году бывший общественный амбар рядом со "Старой ратушей" был переоборудован в домашний амбар Heimatverein. Старейшим объединением в Клоппенхайме является мужское хоровое общество, основанное в 1859 году. В 2009 году в Клоппенхайме насчитывалось 18 клубов, последним крупным клубом на сегодняшний день является основанный в 1998 году "Хайматферайн" с его "Хайматшёне".