W latach 80. na zachód od Kloppenheim znaleziono neolityczne doły na śmieci i odłamki. Wykopaliska w latach 90-tych odkryły fragmenty naczyń garncarskich i liczne odpady rzeźnicze. Znaleziska rzymskich odłamków i pozostałości murów w dzielnicy Seel, które są interpretowane jako relikty rzymskiej farmy, pokazują, że Rzymianie byli również obecni w Kloppenheim. W III wieku naszej ery żyły tu plemiona germańskie, a później Alamanni, zanim zostały wyparte przez Franków pod koniec V wieku. Niedaleko miejsca wykopalisk w 1999 roku odkryto groby frankońskie, które prawdopodobnie pochodzą z VI wieku.

W latach 80. na zachód od Kloppenheim znaleziono neolityczne doły na śmieci i odpowiadające im naczynia. Wykopaliska w latach 90-tych odkryły fragmenty naczyń garncarskich i liczne odpady rzeźnicze. Znaleziska rzymskich odłamków i pozostałości murów w dzielnicy Seel, które są interpretowane jako relikty rzymskiej farmy, pokazują, że Rzymianie byli również obecni w Kloppenheim. W III wieku naszej ery żyły tu plemiona germańskie, a później Alamanni, zanim zostały wyparte przez Franków pod koniec V wieku. Niedaleko miejsca wykopalisk w 1999 roku odkryto frankońskie groby, które prawdopodobnie pochodzą z VI wieku.

W 1355 r. Kloppenheim było częścią osady hrabiego Ruprechta zu Nassau, który rezydował na zamku Sonnenberg; od tego czasu należało do dominium lub urzędu Sonnenberg. W 1488 r. hrabia Philipp zu Nassau-Saarbrücken przekazał swoją część Sonnenberg wraz z Kloppenheim rycerzowi Philippowi von Bicken. W 1605 r. Kloppenheim stał się częścią lordostwa Wiesbaden, w 1787 r. stał się częścią Oberamt, w 1816 r. stał się częścią Amt, a w 1866 r. stał się częścią powiatu Wiesbaden. W 1355 r. Kloppenheim jest wymieniony w Weistum księstwa Wiesbaden. Do Kloppenheim należały nadleśnictwa Hacken, Auslag i Hockenberg, a także Trockenborn, Sausulg i Theiß am Kellerskopf.

Około 1200 roku wysoki sąd w Kloppenheim był własnością panów Eppstein i ostatecznie przeszedł do Nassau w 1441 roku. Istnieją dowody na istnienie sądu wójtowskiego w 1381 roku. Spotykał się on w kościele i był zobowiązany do stawienia się w sądzie w Wiesbaden w określonych terminach około 1500 roku. W 1500 r. hrabiowie Adolf III z Nassau-Wiesbaden i Johann Ludwig I z Nassau-Saarbrücken zamierzali zbudować szubienicę na Hockenberg między lasami Kloppenheim i Igstadt, ale nie udało się to z powodu sprzeciwu władz Eppstein, Usingen i Wiesbaden. Kloppenheim zostało ufortyfikowane fosą i żywopłotem, do którego prowadziła brama na Vorderstraße, Pfahltor i Stiehltor. W 1462 r. Kloppenheim zostało spalone w wyniku sporu o arcybiskupstwo Moguncji pod rządami arcybiskupa Diethera von Isenburg z hrabią Nassau.

W 1543 r. wprowadzono reformację pod rządami hrabiego Filipa III. Pierwszym protestanckim pastorem w Kloppenheim był Gerlach Bidencap, który pozostał na stanowisku do 1575 roku. Do parafii należały również wioski ➞ Auringen, Heßloch i Naurod.

Młyn w Kloppenheim istniał już w 1344 roku. W 1564 r. hrabia Philipp zu Nassau zezwolił na budowę kolejnego młyna, Ohlenmühle. Istniały również Pflanzenmühle na końcu Heßlocher Straße i Hockenberger Mühle w kierunku Auringen. Ta ostatnia pochodzi z Hockenhaus wspomnianego w dokumencie z 1467 r.; na rysunku z 1580 r. budynek przypomina wieżę strażniczą. Hockenberger Mühle przestał działać około 1955 roku i jest obecnie zastąpiony przez gospodę o tej samej nazwie.

Najstarsza szkoła w Kloppenheim pochodzi z 1578 roku i była finansowana z dawnego ołtarza i jego akcesoriów. Nauczyciel był odpowiedzialny za dzwonnicę i uczył również dzieci z Heßloch i Auringen. Posiadłość szkolna składała się z około czterech akrów ziemi uprawnej, dwóch łąk, ogrodu ziołowego i małego ogrodu na zioła kuchenne w pobliżu budynku szkolnego. W 1749 r. wybudowano nową szkołę, w której później mieścił się ratusz. W latach 1899/1900 wybudowano nową szkołę i utworzono trzeci etat nauczycielski. Stary budynek stał się siedzibą przedszkola.

Kloppenheim ucierpiało również podczas wojny trzydziestoletniej i późniejszych epidemii dżumy. W 1644 r. wieś została splądrowana przez Bawarczyków. Po 1672 r. plądrowanie i ćwiartowanie zostało powtórzone; w 1674 r. w okolicy obozowało około 8 000 wojowników. Spustoszyli oni pola, nastąpił głód i wybuch czerwonki, która pochłonęła życie 40 osób. Trzy dzwony kościoła zostały rozbite przez żołnierzy, a mieszkańcy uciekli do Wiesbaden. Mieszkańcy Kloppenheim również uciekli do uzdrowiska jesienią 1688 roku.

Około 100 lat później Kloppenheim ucierpiało w wyniku walk o twierdzę Moguncja w latach 1792-1799; na miejscowym cmentarzu kościelnym pochowano 13 pruskich żołnierzy. Kloppenheim było kolejno okupowane przez wojska francuskie, pruskie, a następnie francuskie. Podczas szturmu na szkołę i ratusz w 1797 r. spłonęły przechowywane tam akta szkolne i parafialne. Odwrót wojsk francuskich i podążających za nimi Kozaków przyniósł dalsze trudności i terror w 1813 roku.

Początki parafii Bleidenstadt w Kloppenheim sięgają 1076 roku. Najpóźniej od 1321 roku istniała tu kaplica pod wezwaniem świętego Ferrutiusa. Wiek kościoła parafialnego jest nieznany; jego wieża, wieża obronna, pochodzi prawdopodobnie z XI/XII wieku. Opactwo Bleidenstadt było odpowiedzialne za Kloppenheim do 1705 roku i miało nową plebanię zbudowaną pod koniec XVII wieku. W 1705 roku prawo do powoływania parafii i obowiązek utrzymania kościoła i parafii zostały przeniesione do Nassau. Kościół został rozbudowany w latach 1706-1708, a mieszczanie musieli zapewnić siłę roboczą do prac budowlanych. W 1711 r. zakupiono organy.

Parafia żyła z uprawy owoców i zbóż oraz hodowli bydła mlecznego; uprawa winorośli nie była powszechna od wczesnego okresu nowożytnego. W 1819 r. w Kloppenheim było 49 rolników, 27 robotników dniówkowych, trzech gorzelników i trzech spożywców, jeden piekarz, jeden gruby kowal, jeden tkacz lnu, jeden krawiec i jeden bednarz, dwóch młynarzy, jeden olejarz, dwóch stolarzy, dwóch szewców, dwóch kowali, dwóch szynkarzy i jeden cieśla. Do 1870 r. struktura handlu znacznie się zmieniła: mieszkańcy Kloppenheim coraz częściej szukali pracy i dochodów w Wiesbaden, Moguncji, Höchst lub na kolei Reichsbahn. Pod koniec XIX wieku około 50% z nich pracowało w rolnictwie, a po 25% w rzemiośle i jako robotnicy lub robotnicy dniówkowi. W 1930 r. około jedna trzecia nadal pracowała w rolnictwie, prawie połowa była robotnikami, a pozostali pracowali na własny rachunek i byli urzędnikami państwowymi. Pierwszy traktor pojawił się w Kloppenheim w 1951 r., a od 1960 r. każde gospodarstwo miało co najmniej jeden traktor, podczas gdy konie gospodarskie zniknęły. W 2009 r. w Kloppenheim istniały 154 przedsiębiorstwa handlowe, z których około 11 było pełnoetatowymi rolnikami.

W 1817 r. w Kloppenheim znajdowały się następujące budynki komunalne: ratusz na dziedzińcu kościelnym, dom pasterza, piekarnia, budynek bramny, pompownia i siedem studni. Dom pasterza został zburzony w 1819 roku. Od 1825 r. na północ od wsi budowano nowy cmentarz. W 1830 r. wybudowano nową remizę strażacką. Od 1836 r. gmina rozbudowała ścieżki i drogi we wsi, a także połączenia komunikacyjne z sąsiednimi gminami Auringen, Bierstadt i Igstadt. Ulepszono również system kanalizacyjny. W 1846 r. pracownikami gminy byli burmistrz, sługa miejski, strażnik polowy i stróż nocny.

Wydarzenia "rewolucyjne" z 1848 r. dotknęły również Kloppenheim. Cztery tygodnie po burzliwych wydarzeniach marcowych mieszkańcy założyli obywatelskie siły obronne. W dniu 8 lipca 1875 r. odnotowano poważną powódź.

W 1630 r. w Kloppenheim było 66 domów lub palenisk. W 1684 r. liczba mieszkańców wynosiła 237. W 1820 r. było 481 mieszkańców w 135 gospodarstwach domowych. W 1927 r. mieszkało tu 907 osób. W 1947 r. Kloppenheim liczyło 1 223 mieszkańców. Podczas I wojny światowej zginęło 19 osób, a podczas II wojny światowej około 75 mieszkańców, a także trzech rosyjskich robotników przymusowych, którzy zostali zamordowani przez gestapo. Po 1945 r. Kloppenheim znacznie się rozrosło, szczególnie za sprawą przesiedleńców, głównie z Czech. W 2015 r. w 1 066 gospodarstwach domowych mieszkało 2 303 mieszkańców. Duże ceglane domy przy Heßlocher Straße zostały zbudowane po I wojnie światowej. Rok po włączeniu do Wiesbaden, 1 kwietnia 1928 r., Kloppenheim zostało podłączone do sieci wodociągowej, gazowej i elektrycznej Wiesbaden.

Podczas nalotu bombowego na Wiesbaden 2 lutego 1945 r. wioska została poważnie uszkodzona, a siedmiu mieszkańców zginęło. 16 budynków zostało całkowicie zniszczonych lub poważnie uszkodzonych. Po 1945 r. działalność budowlana początkowo ograniczała się do wypełniania luk między budynkami. W 1956 r. Sala Różana, która została poważnie uszkodzona podczas wojny, została odnowiona i przekształcona w "miejską salę gimnastyczną". "Stary Ratusz" przy Oberstraße 11, w którym do 1951 r. mieściło się przedszkole, a następnie do 1971 r. lokalna administracja i posterunek policji, stał się miejscem spotkań klubów. W 1960 r. wybudowano mieszkania komunalne przy Heßlocher Straße naprzeciwko Ernst-Göbel-Schule, w 1970 r. przy Schnitterweg, a około 1990 r. przy Pfortenstraße. W 1972 r. wybudowano przedszkole przy Pfarrstraße, a w 1974 r. nową remizę strażacką na dawnym terenie cegielni Kloppenheim, a dwa lata później Wäschbach została skierowana do podziemnych rur. W tym samym czasie Bachstraße i "Promenadenweg" zostały zbudowane wzdłuż skanalizowanego cieku wodnego. Położono nowe rury kanalizacyjne, gazowe i wodociągowe oraz zmodernizowano wszystkie drogi na obszarze starego miasta. Te szeroko zakrojone działania budowlane, które były możliwe dzięki państwowemu programowi odnowy wsi, trwały do 1990 roku.

W latach 80-tych zbudowano boisko sportowe z budynkiem klubowym (1982-84), krytą ujeżdżalnię pod Pfortenstraße (1987) i protestancką salę parafialną (1989). W 2002 r. dawna stodoła gminna obok "Starego Ratusza" została przekształcona w stodołę domową Heimatverein. Najstarszym stowarzyszeniem w Kloppenheim jest męski chór założony w 1859 roku. W 2009 r. w Kloppenheim istniało 18 klubów, a Heimatverein, który został założony w 1998 r. wraz z Heimatscheune, był ostatnim dużym klubem, który został założony do tej pory.