У 1980-х роках на захід від Клоппенгайма були знайдені неолітичні сміттєві ями та черепки. Розкопки 1990-х років виявили фрагменти глиняних посудин і численні відходи м'ясної промисловості. Знахідки римських черепків і залишків стін у районі Зееля, які інтерпретуються як реліквії римської садиби, свідчать про те, що римляни також були присутні в Клоппенгаймі. У 3 столітті нашої ери тут жили германські племена, а пізніше аламани, доки наприкінці 5 століття їх не витіснили франки. Неподалік від місця розкопок у 1999 році були виявлені франкські поховання, які, ймовірно, датуються 6 століттям.

У 1980-х роках на захід від Клоппенгайма були знайдені неолітичні сміттєві ями і відповідні гончарні горщики. Розкопки 1990-х років виявили фрагменти гончарних посудин і численні шматки відходів м'ясної промисловості. Знахідки римських черепків і залишків стін у районі Зееля, які інтерпретуються як реліквії римської садиби, свідчать про те, що римляни також були присутні в Клоппенгаймі. У 3 столітті нашої ери тут жили германські племена, а пізніше аламани, доки наприкінці 5 століття їх не витіснили франки. Неподалік від місця розкопок у 1999 році були виявлені франкські поховання, які, ймовірно, датуються 6 століттям.

У 1355 році Клоппенгайм був частиною поселення графа Рупрехта цу Нассау, який проживав у замку Зонненберг; відтоді він належав до домініону або офісу Зонненберг. У 1488 році граф Філіпп цу Нассау-Саарбрюкен передав свою частку Зонненберга з Клоппенгаймом лицареві Філіпу фон Бікену. У 1605 році Клоппенгайм увійшов до складу Вісбаденського графства, у 1787 році - до складу Оберамту, у 1816 році - до складу Амту, а у 1866 році - до складу округу Вісбаден. У 1355 році Клоппенгайм згадується у Вейстумі Вісбаденського графства. До Клоппенгайму належали лісові райони Хакен, Ауслаг і Хокенберг, а також Трокенборн, Заусульг і Тейс-ам-Келлерскопф.

Близько 1200 року вищий суд у Клоппенгаймі належав панам Еппштейнам, а в 1441 році остаточно перейшов до Нассау. Існують свідчення про те, що в 1381 році тут існував суд олдерменів. Він засідав у церкві і був зобов'язаний з'являтися до вісбаденського суду в певні дати близько 1500 року. У 1500 році графи Адольф III Нассау-Вісбаденський та Йоганн Людвіг I Нассау-Саарбрюкенський мали намір побудувати шибеницю на горі Хокенберг між лісами Клоппенгайм та Іґштадт, але це не вдалося через заперечення влади Еппштайна, Усінгена та Вісбадена. Клоппенгайм був укріплений ровом і живоплотом, до якого вели ворота на Вордерштрассе, Пфахльтор і Штіхльтор. У 1462 році Клоппенгайм був спалений під час суперечки за архієпископство Майнца між архієпископом Дітером фон Ізенбургом і графом Нассау.

У 1543 році за графа Філіпа ІІІ була запроваджена Реформація. Першим протестантським пастором у Клоппенгаймі був Герлах Біденкап, який залишався на цій посаді до 1575 року. До парафії також входили села ➞ Аурінген, Гесслох і Наурод.

У Клоппенгаймі вже у 1344 році існував млин. У 1564 році граф Філіп цу Нассау дав дозвіл на будівництво ще одного млина, Оленмюле. В кінці вулиці Гесслохерштрассе був ще млин Пфланценмюле, а в напрямку Аурінгена - млин Хокенбергер. Остання походить від Хокенгаузу, згаданого в документі 1467 року; на малюнку 1580 року будівля нагадує сторожову вежу. Хокенбергер Мюле припинив свою діяльність близько 1955 року, і зараз на його місці знаходиться однойменний заїжджий двір.

Найстаріша школа в Клоппенгаймі датується 1578 роком і фінансувалася за рахунок колишнього вівтаря та його приладдя. Вчитель відповідав за дзвіницю, а також навчав дітей з Гесслоха та Аурінгена. Шкільна територія складалася з близько чотирьох гектарів сільськогосподарських угідь, двох лугів, городу з травами і невеликого саду для кухонних трав біля шкільного будинку. У 1749 році було збудовано нову школу, в якій згодом розмістилася ратуша. У 1899/1900 навчальному році було збудовано нове приміщення і створено третю вчительську посаду. Стара будівля стала домівкою для дитячого садка.

Клоппенгайм також постраждав під час Тридцятилітньої війни та подальших пошестей чуми. У 1644 році село пограбували баварці. Після 1672 року пограбування і четвертування повторилися; у 1674 році близько 8 000 воїнів отаборилися в цій місцевості. Вони спустошили поля, почався голод і спалах дизентерії, яка забрала життя 40 осіб. Три дзвони церкви були розбиті солдатами, а мешканці втекли до Вісбадена. Мешканці Клоппенгайма також втекли до курортного міста восени 1688 року.

Приблизно через 100 років Клоппенгайм постраждав від боїв за фортецю Майнц з 1792 по 1799 рік; 13 прусських солдатів були поховані на місцевому цвинтарі. Клоппенгайм був послідовно окупований французькими, прусськими, а потім німецькими військами. Під час штурму школи та ратуші у 1797 році було спалено шкільну та парафіяльну документацію, яка там зберігалася. Відступ французьких військ і козаків, які йшли за ними, приніс нові труднощі і терор у 1813 році.

Витоки парафіяльного маєтку Блайденштадт у Клоппенгаймі сягають 1076 року. Каплиця, присвячена святому Феррутію, існувала тут щонайпізніше з 1321 року. Вік парафіяльної церкви невідомий; її вежа, оборонна вежа, ймовірно, датується 11-12 століттям. До 1705 року Клоппенгаймом опікувалося абатство Бляйденштадт, а наприкінці 17 століття тут було збудовано новий пасторський будинок. У 1705 році право призначати парафію та обов'язок утримувати церкву і парафію перейшли до Нассау. У 1706-1708 роках костел було розширено, а городяни повинні були надавати робочу силу для будівельних робіт. У 1711 році було придбано орган.

Парафія жила за рахунок вирощування фруктів, зернових і молочного тваринництва; виноробство не було поширене з ранньомодерного періоду. У 1819 році в Клоппенгаймі було 49 фермерів, 27 поденників, три винокури, три бакалійники, один пекар, один коваль, один ткач, один кравець, один бондар, два мірошники, один олійник, два теслі, два шевці, два лимарі, два шинкарі, два трактирники і один столяр. До 1870 року ця структура торгівлі значно змінилася: тепер Клоппенгаймери все частіше шукали роботу і заробіток у Вісбадені, Майнці, Гьохсті або на залізниці Рейхсбан. Наприкінці 19 століття близько 50% з них працювали в сільському господар стві, по 25% - у ремеслі, чорноробочими або поденниками. У 1930 році близько третини все ще працювали в сільському господарстві, трохи менше половини були робітниками, а решта - самозайнятими та державними службовцями. Перший трактор з'явився в Клоппенгаймі в 1951 році, а з 1960 року кожна ферма мала принаймні один трактор, тоді як сільськогосподарські коні зникли. У 2009 році в Клоппенгаймі налічувалося 154 комерційних підприємства, з яких близько 11 були фермерськими господарствами.

У 1817 році в Клоппенгаймі налічувалися такі муніципальні будівлі: ратуша на церковному подвір'ї, будинок пастуха, пекарня, сторожка, водокачка і сім колодязів. Будинок пастуха був знесений у 1819 році. З 1825 року на північ від села було збудовано новий цвинтар. У 1830 році збудовано нову пожежну станцію. З 1836 року муніципалітет проклав у селі стежки і дороги, а також розширив транспортне сполучення з сусідніми громадами Аурінген, Бірштадт та Іґштадт. Також було покращено каналізаційну систему. У 1846 році муніципальними службовцями були бургомістр, муніципальний службовець, польовий охоронець і нічний сторож.

"Революційні" події 1848 року зачепили і Клоппенгайм. Через чотири тижні після бурхливих березневих подій мешканці заснували народну дружину. Велика повінь сталася 8 липня 1875 року.

У 1630 році в Клоппенгаймі було 66 будинків або вогнищ. У 1684 році кількість мешканців становила 237 осіб. 1820 року у 135 домогосподарствах проживав 481 житель. У 1927 році - 907 осіб. У 1947 році в Клоппенгаймі проживало 1 223 мешканці. У Першій світовій війні загинуло 19 осіб, у Другій світовій війні - близько 75 мешканців, а також троє російських примусових робітників, вбитих гестапо. Після 1945 року Клоппенгайм значно виріс, особливо за рахунок переміщених осіб, переважно з Чехії. У 2015 році тут налічувалося 2 303 мешканці, які проживали у 1 066 домогосподарствах. Великі цегляні будинки на вулиці Гесслохер Штрассе були побудовані після Першої світової війни. Через рік після приєднання до Вісбадена, 1 квітня 1928 року, Клоппенгайм був підключений до водо-, газо- та електропостачання Вісбадена.

Під час бомбардування Вісбадена 2 лютого 1945 року село сильно постраждало, загинуло семеро мешканців. 16 будинків було повністю зруйновано або сильно пошкоджено. Після 1945 року будівельна діяльність спочатку обмежувалася заповненням проміжків між будинками. У 1956 році Рожеву ратушу, яка сильно постраждала під час війни, відремонтували і перетворили на "муніципальну гімназію". "Стара ратуша" на Оберштрассе, 11, де до 1951 року містився дитячий садок, а до 1971 року - місцева адміністрація та поліцейський відділок, стала місцем зустрічей клубів. У 1960 році на Гесслохерштрассе навпроти школи Ернста Ґебеля, у 1970 році на Шніттервеґ і, нарешті, близько 1990 року на Пфортенштрассе з'явилися муніципальні квартири. У 1972 році на Пфаррштрассе з'явився дитячий садок, у 1974 році на місці колишнього цегельного заводу Клоппенгайм побудували нову пожежну частину, а через два роки річку Вешбах перевели в підземні труби. У той же час вздовж каналізованого водотоку були побудовані вулиця Бахштрассе і "Променаденвег". Було прокладено нові каналізаційні, газові та водопровідні труби, а також модернізовано всі дороги в старій частині міста. Ці масштабні будівельні заходи, які стали можливими завдяки державній програмі відродження села, тривали до 1990 року.

У 1980-х роках було збудовано спортивний майданчик з клубом (1982-84), критий манеж для верхової їзди під вулицею Пфортенштрассе (1987) та протестантську парафіяльну залу (1989). У 2002 році колишній громадський корівник поруч зі "Старою ратушею" було переобладнано на домашній корівник гайматферайну. Найстарішим об'єднанням у Клоппенгаймі є чоловіче хорове товариство, засноване у 1859 році. У 2009 році в Клоппенгаймі налічувалося 18 клубів, а останнім великим клубом, заснованим на сьогоднішній день, є гайматферайн, який був заснований у 1998 році зі своїм гайматшоне.