Тридцятилітня війна також залишила глибокі шрами та спустошення у Вісбадені. Хоча протестантський суверен спочатку намагався зберігати нейтралітет, місто неодноразово і надовго було втягнуте у воєнне лихоліття.

Іспанські війська пройшли через цей регіон вже у серпні 1620 року. Мешканці Вісбадена отримали "Salva guardia" - охоронну грамоту, за яку ворожі війська дорого заплатили натуральною контрибуцією. У наступні роки імперські, іспанські, шведські (1631/32) та інші війська проходили через Вісбаден і змушували платити натурою або грабували місто. Оскільки граф Йоганнес цу Нассау-Ідштайн і Вісбаден приєднався до переможної шведської сторони, він був змушений тікати, коли імперські війська повернулися після поразки шведів і взяли реванш. У 1637 році Вісбаден на десять років став частиною Майнца, але кажуть, що архієпископ не створив серйозної загрози релігійній свободі у Вісбадені.

1644 рік вважається абсолютною "найнижчою точкою" в історії Вісбадена, коли баварські війська знову видали місту "охоронну грамоту", але все одно систематично грабували його і знущалися над рештою мешканців; кажуть, що всі вцілілі жителі залишили місто. Деякі повернулися неохоче. У 1646 році місто знову було змушене сплатити контрибуцію, яку вимагав капітан Енгельгаймер.

Коли граф Йоганнес Нассауський повернувся незадовго до закінчення війни у 1647 році, на ринковій площі залишився лише 51 житель, щоб віддати йому шану. Можливо, місто все ще налічувало кілька сотень мешканців. Кажуть, що в живоплотах і кущах на ринковій площі гніздилися кролики і кури. Лазні були в поганому стані, багато будинків розвалилися, а міські укріплення були повністю занедбані. Вісбадену, як і багатьом іншим німецьким містам, знадобилися десятиліття, щоб до певної міри оговтатися від воєнної катастрофи.

У другій половині 17 століття князі Нассау досягли певного успіху в залученні "нових співвітчизників" з-за кордону, наприклад, пропонуючи новий дім французьким релігійним біженцям (гугенотам), особливо на захід від Франкфурта і на території нинішнього північного Гессену. Ця політика мала великий успіх.

Невідомо, якою мірою Вісбаден також постраждав від цих "заходів із заселення" і чи були спроби привабити нових поселенців до Вісбадена щедрими податковими пільгами тощо справді успішними. У будь-якому випадку, населення Вісбадена наприкінці 17-го та 18-го століть суттєво не збільшилося. Вісбаден залишався досить незначним фермерським містечком до початку 19 століття. Ситуація змінилася лише тоді, коли він став столицею герцогства Нассау.

Крістіан Шпільманн. Нариси з історії міста Вісбаден у 17-19 століттях. За редакцією: Нізе, Бернд-Міхаель, Вісбаден 2007 [с. 84 і далі].