Otuz Yıl Savaşları da Wiesbaden'de derin yaralar ve yıkımlar bırakmıştır. Protestan hükümdar başlangıçta tarafsız kalmaya çalışsa da, şehir defalarca ve kalıcı olarak savaş kargaşasına dahil oldu.

İspanyol birlikleri Ağustos 1620 gibi erken bir tarihte bölgeden geçti. Wiesbaden halkı bir "Salva guardia", yani koruma mektubu elde etmişti ve düşman birlikleri bunun bedelini doğal malzeme olarak ödüyordu. Takip eden yıllarda imparatorluk, İspanyol, İsveç (1631/32) ve diğer birlikler şehre girdi ve ayni ödemeler yapmaya zorladı ya da şehri yağmaladı. Kont Johannes zu Nassau-Idstein ve Wiesbaden başlangıçta galip gelen İsveç tarafına katılırken, imparatorluk birlikleri İsveç yenilgisinden sonra geri dönüp intikam alınca kaçmak zorunda kaldı. 1637'de Wiesbaden on yıllığına Mainz'ın bir parçası oldu, ancak başpiskoposun Wiesbaden'deki dini özgürlüğü ciddi bir şekilde tehlikeye atmadığı söyleniyor.

1644 yılı Wiesbaden'in kasaba tarihinde mutlak bir "dip noktası" olarak kabul edilir; Bavyera birlikleri kasabaya yeniden bir "koruma mektubu" vermiş, ancak yine de sistematik olarak yağmalamış ve kalan sakinleri taciz etmiştir; hayatta kalan tüm sakinlerin kasabayı terk ettiği söylenir. Bazıları isteksizce geri döndü. 1646'da kasaba bir kez daha Yüzbaşı Engelheimer'in zorlamasıyla katkı payı ödemeye zorlandı.

Nassau Kontu Johannes 1647'de savaşın bitiminden kısa bir süre önce geri döndüğünde, pazar meydanında ona saygılarını sunmak için sadece 51 vatandaş kalmıştı. Kasabada hala birkaç yüz kişi yaşıyor olabilir. Tavşan ve tavukların pazar meydanındaki çitlere ve çalılara yuva yaptığı söylenmektedir. Hamamlar kötü durumdaydı, birçok ev yıkılmıştı ve kasaba surları tamamen terk edilmişti. Diğer pek çok Alman şehri gibi Wiesbaden'in de savaş felaketinden bir ölçüde kurtulması onlarca yıl aldı.

Nassau prensleri, 17. yüzyılın ikinci yarısında, özellikle Frankfurt'un batısında ve bugün kuzey Hessen'de bulunan Fransız din mültecilerine (Huguenotlar) yeni bir yuva sunarak, yurt dışından "yeni yurttaşlar" kazanma konusunda bir ölçüde başarılı oldular. Bu politika büyük bir başarıydı.

Wiesbaden'in de bu "nüfus artırma önlemlerinden" ne ölçüde etkilendiği ve cömert vergi indirimleri ve benzerleriyle yeni yerleşimcileri Wiesbaden'e çekme girişimlerinin gerçekten başarılı olup olmadığı bilinmemektedir. Her halükarda, Wiesbaden'in nüfusu 17. ve 18. yüzyılların sonunda önemli ölçüde artmamıştır. Wiesbaden 19. yüzyılın başlarına kadar oldukça önemsiz bir çiftçi kasabası olarak kaldı. Bu durum ancak Nassau Dükalığı'nın başkenti olduğunda değişti.

Christian Spielmann. 17-19. yüzyıllarda Wiesbaden şehrinin tarihi üzerine denemeler. Düzenleyen: Neese, Bernd-Michael, Wiesbaden 2007 [s. 84 vd.].