La guerre de Trente Ans a également laissé des traces profondes et des ravages à Wiesbaden. Le souverain protestant a certes tenté dans un premier temps de rester neutre, mais la ville a tout de même été impliquée à plusieurs reprises et durablement dans les troubles de la guerre.

Dès le mois d'août 1620, des troupes espagnoles traversèrent la région. Les habitants de Wiesbaden avaient acquis une "Salva guardia", une lettre de protection, que les troupes ennemies se faisaient payer cher par des livraisons en nature. Dans les années qui suivirent, des troupes impériales, espagnoles, suédoises (1631/32) et autres défilèrent et exigèrent des prestations en nature ou pillèrent la ville. Le comte Johannes zu Nassau-Idstein et Wiesbaden s'étant rangé du côté suédois, d'abord victorieux, il dut s'enfuir lorsque, après la défaite suédoise, les troupes impériales revinrent pour se venger. En 1637, Wiesbaden devint mainzienne pour dix ans, mais l'archevêque n'aurait pas sérieusement touché à la liberté religieuse à Wiesbaden.

L'année 1644 est considérée comme le "point le plus bas" absolu de l'histoire de la ville de Wiesbaden, lorsque les troupes bavaroises délivrèrent à nouveau une "lettre de protection" à la ville, mais la pillèrent néanmoins systématiquement et maltraitèrent les habitants restants ; tous les habitants encore en vie auraient quitté la ville. Certains revinrent avec hésitation. En 1646, la ville dut une nouvelle fois s'acquitter d'une contribution, imposée par un capitaine Engelheimer.

Lorsque le comte Johannes de Nassau revint peu avant la fin de la guerre, en 1647, il ne restait plus que 51 citoyens pour lui rendre hommage sur la place du marché. La ville ne comptait peut-être plus que quelques centaines d'habitants. Sur la place du marché, des lièvres et des coqs de bruyère auraient fait leur nid dans les haies et les buissons. Les maisons des bains étaient mal en point, de nombreuses maisons étaient effondrées, les fortifications de la ville étaient complètement désolées. Il fallut des décennies pour que Wiesbaden, comme de nombreuses autres villes allemandes, se remette quelque peu de la catastrophe de la guerre.

Dans la deuxième moitié du XVIIe siècle, les princes de Nassau courtisèrent avec un certain succès les "nouveaux enfants du pays" étrangers, en offrant par exemple une nouvelle patrie aux réfugiés religieux français (les Huguenots), surtout à l'ouest de Francfort et dans l'actuelle Hesse du Nord. Cette politique a été couronnée de succès.

On ne sait pas dans quelle mesure Wiesbaden fut également touchée par ces "mesures de peuplement" et si les tentatives de recrutement, qui faisaient la promotion de nouveaux colons à Wiesbaden par de généreuses réductions d'impôts et autres, furent réellement couronnées de succès. En tout cas, le nombre d'habitants de Wiesbaden n'a pas encore augmenté de manière significative à la fin du 17e et au 18e siècle. Jusqu'au début du 19e siècle, Wiesbaden est restée une ville agricole bourgeoise assez insignifiante. Cela ne changea que lorsqu'elle devint la capitale du duché de Nassau.