Тридесетгодишната война също оставя дълбоки белези и опустошения във Висбаден. Въпреки че първоначално протестантският суверен се опитва да запази неутралитет, градът многократно и трайно е въвлечен в размириците на войната.

Още през август 1620 г. испанските войски преминават през региона. Жителите на Висбаден се сдобиват със "Salva guardia" - защитно писмо, за което вражеските войски плащат скъпо с природни запаси. През следващите години през града преминават имперски, испански, шведски (1631/32 г.) и други войски, които налагат плащания в натура или ограбват града. Тъй като граф Йоханес цу Насау-Идщайн и Висбаден се присъединяват към първоначално победоносната шведска страна, той трябва да избяга, когато имперските войски се връщат след шведското поражение и си отмъщават. През 1637 г. Висбаден става част от Майнц за десет години, но се твърди, че архиепископът не е застрашил сериозно религиозната свобода във Висбаден.

1644 г. се смята за абсолютното "дъно" в историята на Висбаден, когато баварските войски отново издават на града "защитно писмо", но все още системно го ограбват и малтретират останалите жители; твърди се, че всички оцелели жители са напуснали града. Някои от тях се завърнали с неохота. През 1646 г. градът отново трябвало да направи вноска, която била наложена от капитан Енгелхаймер.

Когато граф Йоханес Насауски се завръща малко преди края на войната през 1647 г., остават само 51 граждани, които му отдават почит на пазарния площад. Възможно е градът все още да е имал няколкостотин жители. Твърди се, че в живия плет и храстите на пазарния площад са гнездили зайци и кокошки. Баните са били в лошо състояние, много къщи са се срутили, а градските укрепления са били напълно опустошени. На Висбаден, както и на много други германски градове, са били необходими десетилетия, за да се възстанови до известна степен от катастрофата на войната.

През втората половина на XVII в. принцовете на Насау постигат известен успех в ухажването на "нови граждани" от чужбина, например като предлагат нов дом на френските религиозни бежанци (хугенотите), особено на запад от Франкфурт и в днешен Северен Хесен. Тази политика била доста успешна.

Не е известно до каква степен Висбаден също е бил засегнат от тези "мерки за заселване" и дали опитите за привличане на нови заселници във Висбаден с щедри данъчни облекчения и други подобни са били наистина успешни. Във всеки случай населението на Висбаден не се увеличава значително в края на XVII и XVIII век. До началото на XIX в. Висбаден остава по-скоро незначителен земеделски град. Това се променя едва когато става столица на херцогство Насау.