Тридцатилетняя война оставила глубокие шрамы и разрушения и в Висбадене. Хотя протестантский государь поначалу пытался сохранять нейтралитет, город неоднократно и надолго оказывался вовлеченным в военную суматоху.

Испанские войска прошли через этот регион уже в августе 1620 года. Жители Висбадена получили "Salva guardia", охранную грамоту, за которую вражеские войска дорого заплатили натуральными запасами. В последующие годы имперские, испанские, шведские (1631/32 гг.) и другие войска проходили через город и заставляли платить натурой или грабили его. Поскольку граф Иоганн цу Нассау-Идштейн и Висбаден присоединились к первоначально победоносной шведской стороне, ему пришлось бежать, когда имперские войска вернулись после шведского поражения и взяли реванш. В 1637 году Висбаден на десять лет вошел в состав Майнца, но архиепископ, как говорят, не подвергал серьезной опасности свободу вероисповедания в Висбадене.

Абсолютной "точкой падения" в истории Висбадена считается 1644 год, когда баварские войска вновь выдали городу "охранную грамоту", но при этом систематически грабили его и издевались над оставшимися жителями; считается, что все оставшиеся в живых жители покинули город. Некоторые вернулись неохотно. В 1646 году город снова был вынужден платить контрибуцию, которую ввел капитан Энгельхаймер.

Когда граф Иоганн Нассауский вернулся незадолго до окончания войны в 1647 году, на рыночной площади оставался всего 51 горожанин, чтобы отдать ему дань уважения. Возможно, в городе еще оставалось несколько сотен жителей. Говорят, что в живых изгородях и кустах на рыночной площади гнездились кролики и куры. Бани находились в плачевном состоянии, многие дома обрушились, а городские укрепления были в полном запустении. Висбадену, как и многим другим немецким городам, потребовались десятилетия, чтобы в какой-то мере оправиться от катастрофы войны.

Во второй половине XVII века князья Нассау добились определенного успеха в привлечении "новых соотечественников" из-за границы, например, предложив новый дом французским религиозным беженцам (гугенотам), особенно к западу от Франкфурта и на территории современного северного Гессена. Эта политика имела большой успех.

Неизвестно, в какой степени Висбаден также пострадал от этих "мер по заселению" и были ли попытки привлечь новых поселенцев в Висбаден щедрыми налоговыми льготами и т. п. действительно успешными. Как бы то ни было, население Висбадена в конце XVII и XVIII веков существенно не увеличилось. Висбаден оставался довольно незначительным фермерским городом вплоть до начала XIX века. Ситуация изменилась только после того, как он стал столицей герцогства Нассау.

Кристиан Шпильман. Очерки по истории города Висбадена в XVII-XIX веках. Под редакцией: Neese, Bernd-Michael, Wiesbaden 2007 [p. 84 ff.].