تركت حرب الثلاثين عامًا أيضًا ندوبًا عميقة ودمارًا في فيسبادن. على الرغم من أن الحاكم البروتستانتي حاول في البداية البقاء على الحياد، إلا أن المدينة انخرطت مراراً وتكراراً في اضطرابات الحرب.

وفي وقت مبكر من أغسطس 1620، زحفت القوات الإسبانية عبر المنطقة. وقد حصل سكان فيسبادن على "سالفا غارديا"، وهي عبارة عن رسالة حماية، وقد دفعت قوات العدو ثمناً باهظاً من الإمدادات الطبيعية. وفي السنوات التالية، زحفت القوات الإمبراطورية والإسبانية والسويدية (1631/1631/32) وغيرها من القوات الأخرى عبر المدينة وأجبرتهم على دفع مبالغ عينية أو نهبها. وانضم الكونت يوهانس زو ناساو-إدشتاين وفيسبادن إلى الجانب السويدي المنتصر في البداية، إلا أنه اضطر إلى الفرار عندما عادت القوات الإمبراطورية بعد هزيمة السويد وانتقمت منه. في عام 1637، أصبحت فيسبادن جزءاً من ماينز لمدة عشر سنوات، ولكن يُقال إن رئيس الأساقفة لم يعرض الحرية الدينية في فيسبادن للخطر بشكل جدي.

يُعتبر عام 1644 "نقطة الانحطاط" المطلقة في تاريخ مدينة فيسبادن، عندما منحت القوات البافارية المدينة مرة أخرى "خطاب حماية"، ولكنها استمرت في نهبها بشكل منهجي ونكلت بمن تبقى من السكان؛ ويقال إن جميع السكان الناجين غادروا المدينة. عاد بعضهم على مضض. وفي عام 1646، اضطرت المدينة مرة أخرى إلى تقديم مساهمة، والتي فرضها الكابتن إنغلهايمر.

عندما عاد الكونت يوهانس من ناسو قبل نهاية الحرب بفترة وجيزة في عام 1647، لم يتبق سوى 51 مواطناً فقط ليقدموا له التحية في ساحة السوق. ربما كان لا يزال في البلدة بضع مئات من السكان. ويقال إن الأرانب والدجاج كانت تعشش في الأسيجة والشجيرات في ساحة السوق. كانت الحمامات في حالة سيئة، وكانت العديد من المنازل قد انهارت، وكانت تحصينات المدينة مقفرة تمامًا. استغرق الأمر عقودًا حتى تعافت فيسبادن، مثل العديد من المدن الألمانية الأخرى، إلى حد ما من كارثة الحرب.

في النصف الثاني من القرن السابع عشر، نجح أمراء ناسو إلى حد ما في استقطاب "المواطنين الجدد" من الخارج، وذلك على سبيل المثال من خلال تقديم موطن جديد للاجئين الفرنسيين المتدينين (الهوغونوت)، خاصةً غرب فرانكفورت وفي ما يعرف الآن بشمال هيسن. كانت هذه السياسة ناجحة للغاية.

ومن غير المعروف إلى أي مدى تأثرت فيسبادن أيضًا بهذه "تدابير التوطين" وما إذا كانت محاولات جذب مستوطنين جدد إلى فيسبادن من خلال الإعفاءات الضريبية السخية وما شابه ذلك كانت ناجحة حقًا. على أي حال، لم يزد عدد سكان فيسبادن بشكل كبير في نهاية القرنين السابع عشر والثامن عشر. وظلت فيسبادن مدينة زراعية غير مهمة إلى حد ما حتى بداية القرن التاسع عشر. ولم يتغير هذا إلا عندما أصبحت عاصمة دوقية ناسو.