Ο τριακονταετής πόλεμος άφησε επίσης βαθιά σημάδια και καταστροφές στο Βισμπάντεν. Παρόλο που ο προτεστάντης ηγεμόνας προσπάθησε αρχικά να παραμείνει ουδέτερος, η πόλη ενεπλάκη επανειλημμένα και μόνιμα στην αναταραχή του πολέμου.

Ήδη από τον Αύγουστο του 1620, ισπανικά στρατεύματα διέσχισαν την περιοχή. Οι κάτοικοι του Βισμπάντεν είχαν αποκτήσει μια "Salva guardia", μια επιστολή προστασίας, την οποία τα εχθρικά στρατεύματα πλήρωσαν ακριβά με φυσικά εφόδια. Τα επόμενα χρόνια, αυτοκρατορικά, ισπανικά, σουηδικά (1631/32) και άλλα στρατεύματα εισέβαλαν και ανάγκασαν σε πληρωμές σε είδος ή λεηλάτησαν την πόλη. Καθώς ο κόμης Johannes zu Nassau-Idstein και Wiesbaden εντάχθηκε στην αρχικά νικήτρια σουηδική πλευρά, αναγκάστηκε να διαφύγει όταν τα αυτοκρατορικά στρατεύματα επέστρεψαν μετά τη σουηδική ήττα και πήραν εκδίκηση. Το 1637, το Βισμπάντεν έγινε μέρος του Μάιντς για δέκα χρόνια, αλλά ο αρχιεπίσκοπος λέγεται ότι δεν έθεσε σοβαρά σε κίνδυνο τη θρησκευτική ελευθερία στο Βισμπάντεν.

Το έτος 1644 θεωρείται ως το απόλυτο "χαμηλότερο σημείο" στην ιστορία της πόλης του Βισμπάντεν, όταν τα βαυαρικά στρατεύματα εξέδωσαν και πάλι στην πόλη "επιστολή προστασίας", αλλά εξακολουθούσαν να τη λεηλατούν συστηματικά και να κακοποιούν τους εναπομείναντες κατοίκους- όλοι οι επιζώντες κάτοικοι λέγεται ότι εγκατέλειψαν την πόλη. Ορισμένοι επέστρεψαν απρόθυμα. Το 1646, η πόλη έπρεπε και πάλι να καταβάλει εισφορά, την οποία επέβαλε ο λοχαγός Engelheimer.

Όταν ο κόμης Γιοχάνες του Νασσάου επέστρεψε λίγο πριν από το τέλος του πολέμου το 1647, είχαν απομείνει μόνο 51 πολίτες για να τον τιμήσουν στην πλατεία της αγοράς. Η πόλη μπορεί να είχε ακόμη μερικές εκατοντάδες κατοίκους. Λέγεται ότι κουνέλια και κότες φωλιάζουν στους φράχτες και τους θάμνους της πλατείας της αγοράς. Τα λουτρά ήταν σε κακή κατάσταση, πολλά σπίτια είχαν καταρρεύσει και οι οχυρώσεις της πόλης ήταν εντελώς ερημωμένες. Χρειάστηκαν δεκαετίες για να συνέλθει το Βισμπάντεν, όπως και πολλές άλλες γερμανικές πόλεις, σε κάποιο βαθμό από την καταστροφή του πολέμου.

Στο δεύτερο μισό του 17ου αιώνα, οι πρίγκιπες του Νασσάου είχαν κάποια επιτυχία στο να προσελκύσουν "νέους συμπατριώτες" από το εξωτερικό, προσφέροντας, για παράδειγμα, μια νέα πατρίδα στους Γάλλους θρησκευτικούς πρόσφυγες (τους Ουγενότους), ιδίως δυτικά της Φρανκφούρτης και στο σημερινό βόρειο τμήμα της Έσσης. Η πολιτική αυτή ήταν αρκετά επιτυχής.

Δεν είναι γνωστό σε ποιο βαθμό το Βισμπάντεν επηρεάστηκε επίσης από αυτά τα "μέτρα εποικισμού" και κατά πόσον οι προσπάθειες προσέλκυσης νέων εποίκων στο Βισμπάντεν με γενναιόδωρες φορολογικές ελαφρύνσεις και άλλα παρόμοια ήταν πραγματικά επιτυχείς. Σε κάθε περίπτωση, ο πληθυσμός του Βισμπάντεν δεν αυξήθηκε σημαντικά στα τέλη του 17ου και του 18ου αιώνα. Το Βισμπάντεν παρέμεινε μια μάλλον ασήμαντη αγροτική πόλη μέχρι τις αρχές του 19ου αιώνα. Αυτό άλλαξε μόνο όταν έγινε πρωτεύουσα του Δουκάτου του Νασσάου.