Negli anni '80, a ovest di Kloppenheim, sono state rinvenute fosse e frammenti di rifiuti neolitici. Gli scavi degli anni '90 hanno portato alla luce frammenti di vasi di ceramica e numerosi scarti di macellazione. Reperti di cocci romani e resti di muri nel distretto di Seel, interpretati come resti di una fattoria romana, dimostrano che i Romani erano presenti anche a Kloppenheim. Nel III secolo d.C., qui vivevano tribù germaniche e successivamente gli Alamanni, prima di essere cacciati dai Franchi verso la fine del V secolo. Nel 1999, non lontano dal sito di scavo, sono state scoperte tombe franche, che probabilmente risalgono al VI secolo.

Negli anni '80, a ovest di Kloppenheim sono state rinvenute fosse di scarico neolitiche e relativi cocci. Gli scavi degli anni '90 hanno portato alla luce frammenti di vasi di ceramica e numerosi scarti di macellazione. Reperti di cocci romani e resti di muri nel distretto di Seel, interpretati come resti di una fattoria romana, dimostrano che i Romani erano presenti anche a Kloppenheim. Nel III secolo d.C., qui vivevano tribù germaniche e successivamente gli Alamanni, prima di essere cacciati dai Franchi verso la fine del V secolo. Nel 1999, non lontano dal sito di scavo, sono state scoperte tombe franche, che probabilmente risalgono al VI secolo.

Nel 1355, Kloppenheim faceva parte di un insediamento per il conte Ruprecht zu Nassau, che risiedeva nel castello di Sonnenberg; da allora in poi, appartenne al dominio o ufficio di Sonnenberg. Nel 1488, il conte Philipp zu Nassau-Saarbrücken trasferì la sua quota di Sonnenberg con Kloppenheim al cavaliere Philipp von Bicken. Nel 1605, Kloppenheim divenne parte della Signoria di Wiesbaden, nel 1787 divenne parte dell'Oberamt, nel 1816 divenne parte dell'Amt e nel 1866 divenne parte del distretto di Wiesbaden. Nel 1355, Kloppenheim è menzionato nel Weistum della Signoria di Wiesbaden. I distretti forestali di Hacken, Auslag e Hockenberg, nonché Trockenborn, Sausulg e Theiß am Kellerskopf appartenevano a Kloppenheim.

Intorno al 1200, l'alta corte di Kloppenheim era di proprietà dei signori di Eppstein e passò infine a Nassau nel 1441. Nel 1381 è attestata l'esistenza di un tribunale degli assessori. Si riuniva nella chiesa ed era obbligato a presentarsi al tribunale di Wiesbaden in determinate date intorno al 1500. Nel 1500, i conti Adolfo III di Nassau-Wiesbaden e Johann Ludwig I di Nassau-Saarbrücken intendevano costruire un patibolo sull'Hockenberg, tra le foreste di Kloppenheim e Igstadt, ma il progetto fallì a causa delle obiezioni delle autorità di Eppstein, Usingen e Wiesbaden. Kloppenheim fu fortificata con un fossato e una siepe, in cui conducevano la porta sulla Vorderstraße, la Pfahltor e la Stiehltor. Nel 1462, Kloppenheim fu incendiata durante una disputa per l'arcivescovado di Magonza dell'arcivescovo Diether von Isenburg con il conte di Nassau.

Nel 1543, sotto il conte Philipp III, fu introdotta la Riforma. Il primo pastore protestante di Kloppenheim fu Gerlach Bidencap, che rimase in carica fino al 1575. La parrocchia comprendeva anche i villaggi di ➞ Auringen, Heßloch e Naurod.

A Kloppenheim esisteva un mulino già nel 1344. Nel 1564, il conte Philipp zu Nassau autorizzò la costruzione di un altro mulino, l'Ohlenmühle. C'erano anche il Pflanzenmühle alla fine di Heßlocher Straße e l'Hockenberger Mühle in direzione di Auringen. Quest'ultima risale alla Hockenhaus citata in un documento del 1467; in un disegno del 1580, l'edificio assomiglia a una torre di guardia. L'Hockenberger Mühle ha cessato l'attività intorno al 1955 ed è ora sostituito dall'omonima locanda.

La scuola più antica di Kloppenheim risale al 1578 ed era finanziata da un'antica proprietà dell'altare e dai suoi accessori. Il maestro era responsabile dell'ufficio campane e insegnava anche ai bambini di Heßloch e Auringen. La proprietà della scuola consisteva in circa quattro acri di terreno agricolo, due prati, un giardino di erbe aromatiche e un piccolo orto per le erbe da cucina vicino alla casa della scuola. Nel 1749 fu costruita una nuova scuola, che in seguito ospitò il municipio. Nel 1899/1900 fu costruita una nuova scuola e fu creata una terza cattedra. Il vecchio edificio divenne la sede di un asilo.

Kloppenheim soffrì anche durante la Guerra dei Trent'anni e le successive epidemie di peste. Nel 1644 il villaggio fu saccheggiato dai bavaresi. Dopo il 1672, il saccheggio e lo squartamento si ripeterono; nel 1674, circa 8.000 guerrieri erano accampati nella zona. Devastarono i campi, ci fu una carestia e un'epidemia di dissenteria che causò la morte di 40 persone. Le tre campane della chiesa furono distrutte dai soldati e gli abitanti fuggirono a Wiesbaden. Anche gli abitanti di Kloppenheim fuggirono nella città termale nell'autunno del 1688.

Circa 100 anni dopo, Kloppenheim fu interessata dalle battaglie per la fortezza di Magonza dal 1792 al 1799; 13 soldati prussiani furono sepolti nel cimitero locale. Kloppenheim fu occupata successivamente da truppe francesi, prussiane e poi francesi. Quando la scuola e il municipio furono presi d'assalto nel 1797, i registri scolastici e parrocchiali ivi conservati furono bruciati. La ritirata delle truppe francesi e dei cosacchi che le seguirono nel 1813 portò ulteriori difficoltà e terrore.

Le origini della tenuta parrocchiale di Bleidenstadt a Kloppenheim risalgono al 1076. Una cappella dedicata a San Ferruzio esiste qui al più tardi dal 1321. L'età della chiesa parrocchiale è sconosciuta; la sua torre, una torre di difesa, risale probabilmente all'XI-XII secolo. L'Abbazia di Bleidenstadt fu responsabile di Kloppenheim fino al 1705 e fece costruire una nuova canonica verso la fine del XVII secolo. Nel 1705, il diritto di nominare la parrocchia e il dovere di mantenere la chiesa e la parrocchia furono trasferiti a Nassau. La chiesa fu ampliata tra il 1706 e il 1708 e i cittadini dovettero fornire manodopera per i lavori di costruzione. Nel 1711 fu acquistato un organo.

La parrocchia viveva della coltivazione di frutta e cereali e dell'allevamento di animali da latte; la coltivazione del vino non era più diffusa dall'inizio dell'età moderna. Nel 1819, Kloppenheim contava 49 agricoltori, 27 lavoratori a giornata, tre distillatori e tre droghieri, un panettiere, un fabbro grossolano, un tessitore di biancheria, un sarto e un bottaio, due mugnai, un frantoio, due falegnami, due calzolai, due merciai, due locandieri e un falegname. Questa struttura commerciale cambiò notevolmente nel 1870: i Kloppenheimer cercavano sempre più spesso lavoro e reddito a Wiesbaden, Magonza, Höchst o sulla ferrovia della Reichsbahn. Alla fine del XIX secolo, circa il 50% di loro lavorava nell'agricoltura e il 25% nei mestieri e come operai o lavoratori a giornata. Nel 1930, circa un terzo lavorava ancora nell'agricoltura, poco meno della metà erano operai e il resto erano lavoratori autonomi e dipendenti pubblici. Il primo trattore arrivò a Kloppenheim nel 1951 e dal 1960 in poi ogni azienda agricola aveva almeno un trattore, mentre i cavalli agricoli scomparvero. Nel 2009, a Kloppenheim c'erano 154 imprese commerciali, di cui circa 11 erano agricoltori a tempo pieno.

Nel 1817, a Kloppenheim si contavano i seguenti edifici comunali: il municipio sul sagrato della chiesa, la casa del pastore, il forno, la portineria, la pompa e sette pozzi. La casa del pastore fu demolita nel 1819. Dal 1825 fu costruito un nuovo cimitero a nord del villaggio. Nel 1830 fu costruita una nuova stazione dei pompieri. Dal 1836 il comune fece ampliare i sentieri e le strade del villaggio e i collegamenti con le comunità vicine di Auringen, Bierstadt e Igstadt. Anche il sistema fognario fu migliorato. Nel 1846, i dipendenti comunali erano il sindaco, il funzionario comunale, la guardia campestre e il guardiano notturno.

Gli eventi "rivoluzionari" del 1848 colpirono anche Kloppenheim. Quattro settimane dopo gli eventi burrascosi di marzo, gli abitanti fondarono una forza di difesa popolare. L'8 luglio 1875 viene segnalata una grave alluvione.

Nel 1630 a Kloppenheim c'erano 66 case o focolari. Nel 1684, il numero di abitanti era di 237. Nel 1820, c'erano 481 abitanti in 135 famiglie. Nel 1927 c'erano 907 persone. Nel 1947, Kloppenheim contava 1.223 abitanti. Ci furono 19 morti nella Prima guerra mondiale e circa 75 abitanti morirono nella Seconda guerra mondiale, oltre a tre lavoratori forzati russi che furono uccisi dalla Gestapo. Dopo il 1945, Kloppenheim è cresciuta notevolmente, soprattutto a causa degli sfollati, provenienti principalmente dalla Repubblica Ceca. Nel 2015, c'erano 2.303 abitanti che vivevano in 1.066 famiglie. Le grandi case in mattoni di Heßlocher Straße furono costruite dopo la Prima Guerra Mondiale. Un anno dopo l'incorporazione a Wiesbaden, il 1° aprile 1928, Kloppenheim fu collegata alla rete idrica, del gas e dell'elettricità di Wiesbaden.

Durante il bombardamento su Wiesbaden del 2 febbraio 1945, il villaggio fu gravemente colpito e sette abitanti morirono. 16 edifici furono completamente distrutti o gravemente danneggiati. Dopo il 1945, l'attività edilizia si limitò inizialmente a colmare le lacune tra gli edifici. Nel 1956, la Sala delle Rose, gravemente danneggiata durante la guerra, fu ristrutturata e trasformata in "palestra comunale". Il "Vecchio Municipio" di Oberstraße 11, che ha ospitato l'asilo fino al 1951 e poi l'amministrazione locale e la stazione di polizia fino al 1971, divenne un luogo di incontro per i club. Nel 1960 furono costruite delle case popolari in Heßlocher Straße, di fronte alla Ernst-Göbel-Schule, nel 1970 in Schnitterweg e infine, intorno al 1990, in Pfortenstraße. Nel 1972 fu costruito un asilo in Pfarrstraße e nel 1974 fu costruita la nuova caserma dei vigili del fuoco sull'ex sito della fabbrica di mattoni di Kloppenheim e due anni dopo il Wäschbach fu deviato in tubi sotterranei. Allo stesso tempo, lungo il corso d'acqua canalizzato furono costruite la Bachstraße e la "Promenadenweg". Furono posate nuove fognature, condutture del gas e dell'acqua e tutte le strade del centro storico furono riqualificate. Questi ampi interventi edilizi, resi possibili dal programma statale di rinnovamento dei villaggi, durarono fino al 1990.

Negli anni '80 sono stati costruiti il campo sportivo con una clubhouse (1982-84), il maneggio coperto sotto Pfortenstraße (1987) e la sala parrocchiale protestante (1989). Nel 2002, l'ex fienile comunale accanto al "Vecchio Municipio" è stato trasformato nel fienile dell'Heimatverein. L'associazione più antica di Kloppenheim è la società corale maschile, fondata nel 1859. Nel 2009, a Kloppenheim c'erano 18 club; l'Heimatverein, fondato nel 1998 con la sua Heimatscheune, è stato l'ultimo club importante ad essere fondato fino ad oggi.