La tradition de la navigation à Wiesbaden et dans ses environs remonte à l'Antiquité. Le fleuve riche en poissons servait à l'approvisionnement alimentaire, des bacs circulaient entre les deux rives du Rhin. Jusqu'au 19e siècle, le trafic interrégional était rendu difficile par les conditions de courant, les nombreux postes de douane et les lieux d'empotage qui obligeaient à transborder. La navigation en amont dans le tronçon montagneux ne pouvait être assurée que par un attelage de chevaux avec l'aide des riverains du fleuve. L'occupation française a entraîné la suppression des droits de douane vers 1800 ; la Convention relative à la navigation du Rhin de 1831 a également supprimé les droits d'empilement, ce qui a permis un échange de marchandises largement fluide sur le Rhin avant même la création de l'Union douanière allemande.

Un grand bouleversement technico-économique s'est esquissé à partir de 1816, lorsque les premiers bateaux à vapeur en provenance d'Angleterre ont traversé le Rhin jusqu'à Cologne et Coblence. Les premières sociétés de transport régulier et de transport de passagers furent créées. En 1831, l'embarcadère de Biebrich fut déclaré port rhénan avec entrepôt libre de marchandises et resta le point de départ du transport de marchandises et de personnes. Dans le domaine du transport de marchandises, le développement moderne commença avec l'introduction du remorquage vers 1830 et les travaux d'aménagement autour du Binger Loch, qui améliorèrent le passage. A la fin de cette décennie, un transfert des flux de trafic vers la rive droite du Rhin se dessina.

Après la fondation de l'Empire allemand en 1871, d'autres restrictions tombèrent et les passagers et les transports de marchandises augmentèrent ainsi d'année en année. Dans le port rhénan de Biebrich, le nombre total de personnes transportées est passé de 137.258 (1874) à 161.762 (1881), selon les statistiques de la chambre de commerce de Wiesbaden. De même, le nombre de marchandises transportées a augmenté d'un quart au cours de la même période. En 1883, un total de 11.440 bateaux à vapeur et 1.540 bateaux à voile étaient enregistrés. Ces derniers ne sont toutefois plus utilisés depuis 1905. Parallèlement, le flottage de bois a perdu de son importance à la fin du 19e siècle, après un pic temporaire dans les années 1870. Le 01.05.1827, le transport régulier de personnes et de marchandises urgentes entre Mayence et Cologne fut lancé par la société prusso-rhénane de navigation à vapeur. Comme il n'y avait au départ que des débarcadères à Cologne, Bonn, Coblence et Mayence, les passagers devaient être amenés aux bateaux par des bateliers en barque dans les autres stations. Le premier embarcadère à Biebrich a été construit en 1832 par la compagnie de navigation à vapeur de Cologne. 1867 fut l'année de fondation de l'actuelle compagnie de navigation à vapeur Cologne-Düsseldorf. En 1927, le premier bateau à moteur pour passagers a été ajouté à la flotte. À partir de 1950, la concurrence néerlandaise proposa des trajets d'Amsterdam à Wiesbaden dans ses hôtels flottants. Aujourd'hui, la flotte compte douze grands bateaux qui naviguent toute l'année sur le Rhin, le Main et la Moselle.

Pour assurer la navigation sur le tronçon de Wiesbaden, qui voit tout de même passer 66 000 bateaux transportant environ 60 millions de tonnes de marchandises par an, l'office de la navigation et des eaux de Bingen exploite une antenne. En octobre 2009, l'office a emménagé dans un nouveau bâtiment de service construit dans le port de Schierstein pour un montant de 3,5 millions d'euros.