La tradición de la navegación en Wiesbaden y sus alrededores se remonta a tiempos remotos. El río, rico en pescado, se utilizaba para el abastecimiento de alimentos, y los transbordadores viajaban entre las dos orillas del Rin. Hasta el siglo XIX, el transporte suprarregional se vio dificultado por las condiciones del lugar, los numerosos puestos aduaneros y los puntos de apilamiento, que obligaban a recargar. El trayecto cuesta arriba en el tramo montañoso sólo podía realizarse en coche de caballos con la ayuda de los vecinos. La ocupación francesa condujo a la abolición de los derechos de aduana hacia 1800; la Ley de Navegación del Rin de 1831 suprimió también los derechos de apilamiento, lo que permitió el intercambio de mercancías a través del Rin, en gran medida fluido, incluso antes de la fundación de la Unión Aduanera Alemana.

En 1816 se produjo un gran cambio técnico y económico, cuando los primeros barcos de vapor procedentes de Inglaterra atravesaron el Rin hasta Colonia y Coblenza. Se fundaron las primeras compañías de servicios regulares y transporte de pasajeros. En 1831, el embarcadero de Biebrich fue declarado puerto renano con almacenamiento gratuito de mercancías y siguió siendo escala para el transporte de mercancías y pasajeros. El desarrollo moderno del transporte de mercancías comenzó con la introducción del transporte por remolcador hacia 1830 y las obras de ampliación en torno al lago Binger, que mejoraron el paso. A finales de esta década, hubo indicios de un desplazamiento de los flujos de tráfico hacia la orilla derecha del Rin, lo que dio lugar a la llamada broma del niño de la niebla de Maguncia en 1841.

Tras la fundación del Imperio Alemán en 1871, se levantaron nuevas restricciones y el transporte de pasajeros y mercancías aumentó año tras año. Según las estadísticas de la Cámara de Comercio de Wiesbaden, el número total de pasajeros transportados en el puerto renano de Biebrich pasó de 137.258 (1874) a 161.762 (1881). El número de mercancías transportadas también aumentó una cuarta parte en el mismo periodo. En 1883 estaban registrados un total de 11.440 barcos de vapor y 1.540 veleros. Sin embargo, estos últimos no se utilizaban desde 1905. Al mismo tiempo, el rafting perdió importancia a finales del siglo XIX tras un auge temporal en la década de 1870. El 1 de mayo de 1827, la Compañía Prusiano-Renesa de Vapores puso en marcha servicios regulares de pasajeros y carga urgente entre Maguncia y Colonia. Como al principio sólo había embarcaderos en Colonia, Bonn, Coblenza y Maguncia, los pasajeros de las demás estaciones tenían que ser llevados a los barcos por barqueros que utilizaban barcazas. El primer embarcadero de Biebrich fue construido en 1832 por la Compañía de Vapores de Colonia. En 1867 se fundó la actual Köln-Düsseldorfer-Dampfschifffahrtsgesellschaft. En 1927 se incorporó a la flota el primer buque de pasajeros motorizado. A partir de 1950, el competidor holandés ofreció viajes de Ámsterdam a Wiesbaden en sus hoteles flotantes. En la actualidad, la flota cuenta con doce barcos más grandes que navegan por el Rin, el Meno y el Mosela durante todo el año.

La Oficina de Vías Navegables y Navegación de Bingen gestiona una sucursal para salvaguardar la navegación en el tramo de Wiesbaden, por el que pasan 66.000 barcos que transportan unos 60 millones de toneladas de mercancías al año. La oficina se trasladó a un nuevo edificio de oficinas en el puerto de Schierstein en octubre de 2009, que costó 3,5 millones de euros.