Tradiția transportului maritim în Wiesbaden și în zona înconjurătoare datează din cele mai vechi timpuri. Râul bogat în pește era folosit pentru aprovizionarea cu alimente, iar feriboturile circulau între cele două maluri ale Rinului. Până în secolul al XIX-lea, transportul supraregional era îngreunat de condițiile actuale, de numeroasele posturi vamale și de punctele de stivuire, care obligau la reîncărcare. Călătoria în urcare în secțiunea muntoasă putea fi gestionată doar cu o trăsură trasă de cai, cu ajutorul locuitorilor din zonă. Ocupația franceză a dus la abolirea taxelor vamale în jurul anului 1800; Legea privind navigația pe Rin din 1831 a abolit, de asemenea, drepturile de stivuire, permițând schimbul în mare parte fără probleme de mărfuri peste Rin chiar înainte de înființarea Uniunii vamale germane.

O schimbare tehnică și economică majoră a început în 1816, când primele nave cu aburi din Anglia au traversat Rinul spre Köln și Koblenz. Au fost înființate primele companii pentru servicii regulate și transport de pasageri. În 1831, debarcaderul Biebrich a fost declarat port al Rinului cu depozitare gratuită a mărfurilor și a rămas un port de escală pentru transportul de mărfuri și pasageri. Dezvoltarea modernă a transportului de mărfuri a început cu introducerea transportului cu remorchere în jurul anului 1830 și cu lucrările de extindere din jurul Binger Loch, care au îmbunătățit pasajul. La sfârșitul acestui deceniu, au apărut semne ale unei deplasări a fluxurilor de trafic către malul drept al Rinului, ceea ce a dus la așa-numita farsă a băiatului cu ceață din Mainz în 1841.

După înființarea Imperiului German în 1871, au fost ridicate și alte restricții, iar transportul de pasageri și de mărfuri a crescut de la an la an. Conform statisticilor Camerei de Comerț din Wiesbaden, numărul total de pasageri transportați în portul Biebrich de pe Rin a crescut de la 137 258 (1874) la 161 762 (1881). Numărul de mărfuri transportate a crescut, de asemenea, cu un sfert în aceeași perioadă. În 1883, au fost înregistrate în total 11 440 de vapoare și 1 540 de veliere. Totuși, acestea din urmă nu mai erau utilizate din 1905. În același timp, raftingul și-a pierdut importanța la sfârșitul secolului al XIX-lea, după un boom temporar în anii 1870. La 1 mai 1827, serviciile regulate de transport de pasageri și de marfă expres între Mainz și Köln au fost lansate de compania de vapoare Prusia-Rhenania. Deoarece inițial existau doar debarcadere la Köln, Bonn, Koblenz și Mainz, pasagerii din celelalte stații trebuiau să fie aduși la nave de către barcagii care foloseau barje. Primul debarcader din Biebrich a fost construit în 1832 de către Compania de vapoare din Köln. 1867 a fost anul înființării actualei Köln-Düsseldorfer-Dampfschifffahrtsgesellschaft. În 1927, prima navă de pasageri motorizată a fost adăugată la flotă. Din 1950, concurentul olandez a oferit călătorii de la Amsterdam la Wiesbaden în hotelurile sale plutitoare. Astăzi, flota are douăsprezece nave mai mari care navighează pe Rin, Main și Moselle pe tot parcursul anului.

Oficiul pentru Căi Navigabile și Navigație din Bingen operează o filială pentru a proteja navigația în secțiunea Wiesbaden, pe care trec 66 000 de nave care transportă aproximativ 60 de milioane de tone de mărfuri în fiecare an. În octombrie 2009, biroul s-a mutat într-o nouă clădire de birouri în portul Schierstein, care a costat 3,5 milioane EUR.