L'association est née du désir de créer un forum pour l'étude des antiquités romaines et allemandes dans le duché de Nassau, créé en 1806 en tant qu'État vassal de Napoléon. En même temps, il s'agissait d'aider le jeune État à trouver une base de légitimation historique. Le pasteur Johann Christian Reinhard Luja, né à Wiesbaden, et le conseiller de la cour Christian Friedrich Habel, de Wiesbaden-Schierstein, comptent parmi les initiateurs de ce projet. En collaboration avec l'érudit et collectionneur d'art de Francfort Johann Isaak von Gerning, Habel élabora un projet de statuts pour l'association. Ils portaient le titre de "Grundgesetze der Alterthums-Gesellschaft für das Herzogthum Nassau", étaient datés du 2 novembre 1812 et peuvent être considérés comme l'acte fondateur de l'association. En avril de l'année suivante, elles reçurent le plaidoyer du souverain.

La défaite de Napoléon, d'autres changements de frontières et la reconstruction de Nassau au sein de la Confédération allemande entraînèrent cependant une longue interruption, de sorte que le processus de fondation ne fut achevé que neuf ans plus tard. Les statuts furent à nouveau remaniés et approuvés sous leur forme modifiée par le duc le 30 août 1820. La constitution formelle eut lieu le 5 décembre 1821.

Au début, l'activité de l'association se concentrait principalement sur les fouilles archéologiques et la sauvegarde d'objets de grande valeur culturelle et historique. Les objets découverts ont été rassemblés dans l'ancien palais du prince héritier de la Wilhelmstraße et constituent la base de la collection des antiquités de Nassau. Dans les années 1840, l'exploitation des sources archivistiques prit de plus en plus d'importance, si bien qu'à partir de ce moment-là, l'étude de l'histoire médiévale et moderne du pays prit de plus en plus de place. Depuis 1827, l'association publie les Nassauische Annalen.

La deuxième moitié du 19ème siècle est caractérisée par une différenciation organisationnelle croissante. En 1851, des sections pour l'étude des antiquités romaines, pour la sigillographie et pour les monuments du Moyen Age furent créées. En 1861, une section d'histoire nationale fut ajoutée. Parallèlement, le musée se détacha de plus en plus de l'autogestion de l'association. En 1858, la direction du musée fut confiée à un conservateur rémunéré par l'État. En 1897, la Commission historique de Nassau, toujours en activité aujourd'hui, se constitua dans le prolongement de l'ancienne section. Peu après le tournant du siècle, l'association perdit également sa compétence directe en matière de conservation des monuments historiques, qui passa en 1902 dans le domaine d'activité de l'association communale du district administratif de Wiesbaden. Cette période a été principalement marquée par le professeur de lycée Johann Heinrich Karl Rossel et le conservateur Karl August von Cohausen. D'éminents politiciens comme le leader des libéraux de Nassau Karl Joseph Wilhelm Braun (1861-67) et le ministre de la Révolution Jakob Ludwig Philipp August Franz Hergenhahn (1872-1874) ont parfois fait office de directeurs de l'association.

Après la suppression de ses fonctions semi-étatiques, l'association s'est davantage tournée vers le travail de masse au 20e siècle. Reprenant un courant général de l'époque, elle accorda désormais une place de choix à l'entretien de l'idée de patrie. A côté des Nassauische Annalen, les Nassauische Heimatblätter sont devenus le pendant populaire. L'intérêt croissant pour l'ethnologie et la création de groupes locaux vont dans le même sens. La recherche en histoire régionale resta cependant un domaine d'activité central. La nouvelle version des statuts de 1921 déclarait expressément le soutien de l'étude scientifique du passé comme objectif de l'association. Depuis les années 1850, l'association organisait déjà des conférences et, depuis les années 1880, de plus en plus d'excursions. Pour la première fois, ces activités sont mentionnées de manière systématique comme moyen de travail pratique de l'association.

L'association a strictement évité de prendre parti politiquement. Après l'arrivée au pouvoir des nationaux-socialistes, quelques concessions de nature formelle ont été inévitables. Ainsi, les statuts ont dû être complétés par un passage stipulant que l'association effectuait ses recherches "sur une base nationale". De même, le comité directeur devait désormais compter au moins quatre membres du NSDAP ou d'organisations apparentées. Les conférences et les publications pouvaient toutefois être exemptes de propagande nationale-socialiste.

L'association n'eut donc aucune difficulté à poursuivre ses activités au-delà de l'effondrement de 1945. Dès novembre 1945, le directeur du musée Ferdinand Kutsch, qui succédait depuis 1932 au conseiller secret Paul Wagner en tant que président, convoqua la première réunion du comité directeur. Le 8 juin 1946, l'association obtint la licence du gouvernement militaire nécessaire à ses activités publiques. La division du territoire de l'association en deux zones d'occupation, puis en deux Länder, la Hesse et la Rhénanie-Palatinat, posa des problèmes. Mais c'est justement de là qu'est née une motivation particulière. En tant qu'administrateur de la recherche en histoire régionale dans les anciennes régions de Nassau, l'association s'efforce de maintenir son travail au-delà des frontières. Jusqu'à aujourd'hui, il existe des associations affiliées du côté de la Hesse et de la Rhénanie-Palatinat.

Le 20 mai 2012, l'association a fêté son 200e anniversaire lors d'une cérémonie dans la salle Christian Zais du Kurhaus de Wiesbaden. L'association principale compte actuellement 950 membres, les associations affiliées environ 500. Le 124e volume des Annales de Nassau paraîtra en 2013.