La asociación surgió del deseo de crear un foro para el estudio de las antigüedades romanas y germánicas en el Ducado de Nassau, establecido en 1806 como estado vasallo napoleónico. Al mismo tiempo, había que dotar al nuevo estado de una base histórica que lo legitimara. Entre los iniciadores se encontraban el sacerdote nacido en Wiesbaden Johann Christian Reinhard Luja y el consejero de cámara de la corte Christian Friedrich Habel, de Wiesbaden-Schierstein. Junto con el erudito y coleccionista de arte de Fráncfort Johann Isaak von Gerning, Habel redactó un borrador de los estatutos de la asociación. Llevaban por título "Leyes básicas de la Sociedad de Antigüedades del Ducado de Nassau", estaban fechados el 2 de noviembre de 1812 y pueden considerarse el documento fundacional de la sociedad. Recibieron la aprobación del soberano en abril del año siguiente.

Sin embargo, la derrota de Napoleón, nuevos desplazamientos fronterizos y la reorganización de Nassau como parte de la Confederación Alemana provocaron una larga interrupción, por lo que el proceso de fundación no se completó hasta nueve años más tarde. Los estatutos fueron revisados de nuevo y aprobados por el duque en su forma enmendada el 30 de agosto de 1820. La constitución formal tuvo lugar el 5 de diciembre de 1821.

Al principio, las actividades de la asociación se centraron principalmente en las excavaciones arqueológicas y la conservación de objetos de valor cultural e histórico. Los objetos se reunieron en el antiguo Erbprinzenpalais de la calle Wilhelmstraße y constituyeron la base de la Colección de Antigüedades de Nassau. En la década de 1840, el interés se fue desplazando cada vez más hacia el análisis de las fuentes archivísticas, de modo que, a partir de entonces, el estudio de la historia regional medieval y moderna cobró cada vez más importancia. La asociación comenzó a publicar los Anales de Nassau en 1827.

La segunda mitad del siglo XIX se caracteriza por una creciente diferenciación organizativa. En 1851 se crearon secciones para el estudio de las antigüedades romanas, para el estudio de los sellos y para los monumentos medievales. En 1861 se añadió una sección de historia regional. Al mismo tiempo, el museo se fue desvinculando cada vez más de la autogestión de la asociación. En 1858, la gestión del museo se transfirió a un conservador remunerado por el Estado. En 1897, tras la formación de la sección anterior, se creó la Comisión Histórica de Nassau, que sigue activa en la actualidad. Poco después del cambio de siglo, la asociación perdió también su responsabilidad directa en la conservación de los monumentos históricos, que en 1902 pasó a ser responsabilidad de la asociación municipal del distrito administrativo de Wiesbaden. En cuanto al personal, este periodo se caracterizó principalmente por el profesor de gramática Johann Heinrich Karl Rossel y el conservador Karl August von Cohausen. En ocasiones, destacados políticos como el líder de los liberales de Nassau Karl Joseph Wilhelm Braun (1861-67) y el ministro revolucionario Jakob Ludwig Philipp August Franz Hergenhahn (1872-1874) actuaron como directores de la asociación.

Tras la reducción de sus funciones semigubernamentales, la asociación se centró cada vez más en el trabajo de base en el siglo XX. Recogiendo una tendencia general de la época, ahora daba prioridad al cultivo de la idea de la historia local. Además de los Nassauische Annalen, las Nassauische Heimatblätter (revistas de historia local de Nassau) se convirtieron en la contrapartida popular. El creciente interés por el folclore y la fundación de grupos locales apuntan en la misma dirección. Sin embargo, la investigación histórica regional siguió siendo un campo de actividad central. Los recién redactados estatutos de 1921 declaraban expresamente el apoyo a la investigación científica del pasado como uno de los fines de la asociación. La asociación organizaba conferencias desde la década de 1850 y cada vez más excursiones desde la década de 1880. Ahora, por primera vez, estas actividades también se mencionan de forma sistemática como medio de trabajo práctico de la asociación.

La asociación evitaba estrictamente tomar partido político. Tras la llegada de los nacionalsocialistas al poder, no se pudieron evitar algunas concesiones formales. Por ejemplo, hubo que modificar los estatutos para incluir la mención de que la asociación realizaba sus investigaciones "sobre una base nacional". Al menos cuatro miembros del NSDAP u organizaciones afines debían formar parte de la junta directiva. Sin embargo, tanto las conferencias como las publicaciones podían celebrarse libres de propaganda nacionalsocialista.

Por tanto, la asociación no tuvo dificultades para proseguir sus actividades después del colapso de 1945. El director del museo, Ferdinand Kutsch, que desde 1932 había sucedido en la presidencia al archivero privado Paul Wagner, convocó ya en noviembre de 1945 la primera reunión de la junta directiva. El 8 de junio de 1946, la asociación obtuvo del gobierno militar la licencia necesaria para sus actividades públicas. La división del territorio de la asociación en dos zonas de ocupación y luego en los estados de Hesse y Renania-Palatinado causó problemas. Sin embargo, también fue una fuente particular de motivación. Como depositaria de la investigación histórica regional en las antiguas zonas de Nassau, la asociación se esfuerza por mantener su labor más allá de las fronteras. Hasta la fecha, existen asociaciones filiales tanto en Hesse como en Renania-Palatinado.

El 20 de mayo de 2012, la asociación celebró su 200 aniversario con una ceremonia en la sala Christian Zais de la Kurhaus de Wiesbaden. En la actualidad, la asociación principal cuenta con 950 miembros, y las asociaciones filiales, con unos 500. En 2013 se publicará el 124.º volumen de los Nassauische Annalen.