L'associazione nacque dal desiderio di creare un forum per lo studio delle antichità romane e tedesche nel Ducato di Nassau, istituito nel 1806 come Stato vassallo di Napoleone. Allo stesso tempo, si voleva dare al nuovo Stato una base storica per la sua legittimazione. Tra i promotori vi erano il sacerdote Johann Christian Reinhard Luja, originario di Wiesbaden, e il consigliere di corte Christian Friedrich Habel, di Wiesbaden-Schierstein. Insieme allo studioso e collezionista d'arte di Francoforte Johann Isaak von Gerning, Habel elaborò una bozza di statuto dell'associazione. Il progetto, intitolato "Leggi fondamentali della Società di Antichità del Ducato di Nassau", è datato 2 novembre 1812 e può essere considerato il documento di fondazione della società. Esse ricevettero l'approvazione del sovrano nell'aprile dell'anno successivo.

Tuttavia, la sconfitta di Napoleone, ulteriori spostamenti di confine e la riorganizzazione di Nassau come parte della Confederazione Tedesca portarono a una lunga interruzione, il che significa che il processo di fondazione fu completato solo nove anni dopo. Gli statuti furono nuovamente rivisti e approvati dal Duca nella forma modificata il 30 agosto 1820. La costituzione formale avvenne il 5 dicembre 1821.

Inizialmente, le attività dell'associazione si concentravano principalmente sugli scavi archeologici e sulla conservazione di oggetti di valore storico e culturale. I manufatti furono riuniti nell'ex Erbprinzenpalais di Wilhelmstraße e costituirono la base della Collezione di antichità di Nassau. Negli anni Quaranta del XIX secolo, l'attenzione si spostò sempre più sull'analisi delle fonti archivistiche, per cui da quel momento in poi lo studio della storia regionale medievale e moderna divenne sempre più importante. L'associazione iniziò a pubblicare gli Annali di Nassau nel 1827.

La seconda metà del XIX secolo è caratterizzata da una crescente differenziazione organizzativa. Nel 1851 furono istituite le sezioni per lo studio delle antichità romane, per lo studio dei sigilli e per i monumenti medievali. Nel 1861 fu aggiunta una sezione di storia regionale. Allo stesso tempo, il museo si distacca sempre più dall'autogestione dell'associazione. Nel 1858, la gestione del museo fu trasferita a un curatore stipendiato dallo Stato. Nel 1897, in seguito alla formazione della sezione precedente, fu istituita la Commissione storica di Nassau, tuttora attiva. Poco dopo la fine del secolo, l'associazione perse anche la responsabilità diretta per la conservazione dei monumenti storici, che nel 1902 divenne di competenza dell'associazione comunale del distretto amministrativo di Wiesbaden. In termini di personale, questo periodo fu caratterizzato principalmente dal professore di grammatica Johann Heinrich Karl Rossel e dal curatore Karl August von Cohausen. A volte, politici di spicco come il leader dei liberali di Nassau Karl Joseph Wilhelm Braun (1861-67) e il ministro rivoluzionario Jakob Ludwig Philipp August Franz Hergenhahn (1872-1874) agirono come direttori dell'associazione.

Dopo la riduzione delle sue funzioni semi-governative, nel XX secolo l'associazione si concentrò sempre più sul lavoro di base. Seguendo una tendenza generale dell'epoca, diede la priorità alla coltivazione dell'idea di storia locale. Oltre ai Nassauische Annalen, i Nassauische Heimatblätter (giornali di storia locale di Nassau) divennero la controparte popolare. Il crescente interesse per il folklore e la fondazione di gruppi locali vanno nella stessa direzione. Tuttavia, la ricerca storica regionale rimase un campo di attività centrale. Gli statuti del 1921, appena redatti, dichiaravano espressamente il sostegno alla ricerca scientifica sul passato come scopo dell'associazione. L'associazione organizzava conferenze fin dagli anni Cinquanta del XIX secolo e, a partire dagli anni Ottanta del XIX secolo, organizzava sempre più spesso escursioni. Ora, per la prima volta, anche queste attività vengono citate in forma sistematica come mezzo di lavoro pratico dell'associazione.

L'associazione evitò rigorosamente di schierarsi politicamente. Dopo l'ascesa al potere dei nazionalsocialisti, non fu possibile evitare alcune concessioni formali. Ad esempio, gli statuti dovettero essere modificati per includere il passaggio che l'associazione perseguiva le sue ricerche "su base nazionale". Almeno quattro membri della NSDAP o di organizzazioni affini dovevano ora far parte del consiglio direttivo. Tuttavia, sia le conferenze che le pubblicazioni potevano essere tenute senza propaganda nazionalsocialista.

L'associazione non ebbe quindi difficoltà a proseguire le sue attività oltre il crollo del 1945. Il direttore del museo Ferdinand Kutsch, che era succeduto all'archivista privato Paul Wagner come presidente dal 1932, convocò la prima riunione del consiglio direttivo già nel novembre 1945. L'8 giugno 1946 l'associazione ottenne dal governo militare la necessaria licenza per le sue attività pubbliche. La divisione del territorio dell'associazione in due zone di occupazione e poi negli Stati dell'Assia e della Renania-Palatinato causò problemi. Tuttavia, questa è stata anche una particolare fonte di motivazione. In quanto custode della ricerca storica regionale nelle ex aree di Nassau, l'associazione si sforza di mantenere il suo lavoro oltre i confini. A tutt'oggi esistono associazioni distaccate sia in Assia che in Renania-Palatinato.

Il 20 maggio 2012, l'associazione ha celebrato il suo 200° anniversario con una cerimonia nella sala Christian Zais del Kurhaus di Wiesbaden. L'associazione principale conta attualmente 950 membri, mentre le associazioni distaccate sono circa 500. Il 124° volume dei Nassauische Annalen sarà pubblicato nel 2013.