Основата на музея във Висбаден се състои от колекциите на Йохан Исаак Фрайхер фон Гернинг, които по предложение на Йохан Волфганг фон Гьоте са придобити от херцогство Насау и първоначално са достъпни за обществеността в Erbprinzenpalais. Създадени са три музея, чиито спонсори са Асоциацията за древности и исторически изследвания в Насау, Асоциацията за естествена история в Насау и Асоциацията за изкуство в Насау. През 1900 г. те стават общинска собственост и от 1920 г. са представени в нова музейна сграда, проектирана от архитект Теодор Фишер.

В проекта на сградата на Фишер половината от картинната галерия е предназначена за временни изложби. През 20-те и началото на 30-те години на ХХ век Nassauischer Kunstverein развива там оживена изложбена програма. С помощта на гражданите на Висбаден са направени и важни допълнения към колекцията в областта на класическия модернизъм. Сред тях са многобройни картини, предоставени на постоянен заем от визбаденския колекционер Хайнрих Кирххоф.

След завземането на властта от нацистите през 1933 г. всички картини от направленията експресионизъм и конструктивизъм първоначално са взети на съхранение, а през 1937 г. са прехвърлени в централния център за съхранение на колекцията в Потсдам. Кирххоф трябва да върне постоянните си заеми. Херман Фос е директор на музея в периода 1935-1945 г. Под негово ръководство са придобити над 200 творби, сред които и барокови картини от висок калибър. От 1943 г. Фос е и специален представител на музея на фюрера в Линц. В момента се проучва юридическият произход на придобивките му.

След края на войната музеят се превръща в Централен събирателен пункт на американците във Висбаден. След като временно съхраняваните тук художествени съкровища, включително Нефертити, са върнати на собствениците им, през 50-те и 60-те години на ХХ век започва етап на реорганизация на музея във Висбаден с най-икономични средства. Именно през този период тогавашният директор на музея Клеменс Вайлер започва да изгражда най-важната колекция на музея - творбите на Алексей фон Явленски. През последните 25 години тя се разширява по отношение на качеството и подбора на творбите, за да се превърне в най-важната колекция на този художник в света. Отделът "Класически модернизъм" получава допълнителна тежест благодарение на 30 картини и рисунки от най-висок клас от наследството на Хана Беккерс vom Rath, които Verein zur Förderung der Bildenden Kunst във Висбаден придобива през 1987 г. и предоставя на музея във Висбаден за постоянно ползване. Музеят е специализиран и в областта на конструктивното изкуство. Тук особено внимание заслужават наследството на художника Фридрих Вордемберг-Гилдеварт (1899-1962 г.), което е прехвърлено през 1997 г., и колекцията от творби на руснака Едуард Щайнберг, която от 2013 г. се намира в Музея Висбаден. През 1962 г. музеят във Висбаден става отправна точка на движението "Флуксус".

След прехвърлянето на собствеността на Музея Висбаден на провинция Хесен през 1973 г. първоначално независимите три музея се превръщат в три музейни отдела в организационно отношение. Във връзка с плановете за създаване на градски музей, през пролетта на 2010 г. колекцията от антики в Насау е върната в общинска собственост. Днешните два музейни отдела - Художествената и Природонаучната колекция- разполагат с над 7000^{кв. м} изложбена площ.

През 2007 г. Музеят във Висбаден е отличен от германската секция на Международната асоциация на художествените критици (AICA) като "Музей на годината" за изложбената си дейност и за работата си в областта на модерното изкуство. Музеят дължи тази чест на изострянето на профила на колекцията си с акцент върху Явленски и неговото обкръжение, конструктивизма в контекста на Фридрих Вордемберг-Гилдеварт и т.нар. тих авангард от 60-те години на ХХ век.

След приключването на цялостния ремонт на двете крила на сградата през май 2013 г. са открити отново старите майстори в южното крило и постоянната експозиция на природонаучните колекции, оВисбаден. След като временно съхраняваните тук художествени съкровища, включително Нефертити, са върнати на собствениците им, през 50-те и 60-те години на ХХ век започва етап на реорганизация на музея във Висбаден с най-икономични средства. Именно през този период тогавашният директор на музея Клеменс Вайлер започва да изгражда най-важната колекция на музея - творбите на Алексей фон Явленски. През последните 25 години тя се разширява по отношение на качеството и подбора на творбите, за да се превърне в най-важната колекция на този художник в света. Отделът "Класически модернизъм" получава допълнителна тежест благодарение на 30 картини и рисунки от най-висок клас от наследството на Хана Беккерс vom Rath, които Verein zur Förderung der Bildenden Kunst във Висбаден придобива през 1987 г. и предоставя на музея във Висбаден за постоянно ползване. Музеят е специализиран и в областта на конструктивното изкуство. Тук особено внимание заслужават наследството на художника Фридрих Вордемберг-Гилдеварт (1899-1962 г.), което е прехвърлено през 1997 г., и колекцията от творби на руснака Едуард Щайнберг, която от 2013 г. се намира в Музея Висбаден. През 1962 г. музеят във Висбаден става отправна точка на движението "Флуксус".

След прехвърлянето на собствеността на Музея Висбаден на провинция Хесен през 1973 г. първоначално независимите три музея се превръщат в три музейни отдела в организационно отношение. Във връзка с плановете за създаване на градски музей, през пролетта на 2010 г. колекцията от антики в Насау е върната в общинска собственост. Днешните два музейни отдела - Художествената и Природонаучната колекция- разполагат с над 7000^{кв. м} изложбена площ.

През 2007 г. Музеят във Висбаден е отличен от германската секция на Международната асоциация на художествените критици (AICA) като "Музей на годината" за изложбената си дейност и за работата си в областта на модерното изкуство. Музеят дължи тази чест на изострянето на профила на колекцията си с акцент върху Явленски и неговото обкръжение, конструктивизма в контекста на Фридрих Вордемберг-Гилдеварт и т.нар. тих авангард от 60-те години на ХХ век.

След приключването на цялостния ремонт на двете крила на сградата през май 2013 г. са открити отново старите майстори в южното крило и постоянната експозиция на природонаучните колекции, озаглавена "Естетика на природата", в северното крило на музея.