На 31 август 1829 г., по предложение на майор Антон Филип Фрайхер фон Брайдбах-Бюрсхайм, 141 жители на Висбаден основават "Асоциация за естествена история в херцогство Насау", която получава сегашното си име след присъединяването на Насау към Прусия през 1866 г.

Целта на сдружението е била "... да събуди интерес към природата и нейното изучаване, да направи последното възможно и да го популяризира чрез организирани колекции от всички природни царства и да придаде на естествената история възможно най-голяма значимост за практическия живот". Учредяването се е състояло на първия етаж на Erbprinzenpalais (днес седалище на Индустриално-търговската камара на Висбаден) на Вилхелмщрасе. По същото време тук е създаден и Природонаучният музей (сега Природонаучни колекции в Музея на Висбаден), като първоначалните му фондове включват колекцията от птици на барон фон Брайдбах-Бюрсхайм, колекцията от минерали и скали на барон Карл vom und zum Stein и колекцията от пеперуди и насекоми на Йохан Исаак Фрайхер фон Гернинг.

През 1838 г. Йохан Карл Якоб Томае въвежда научните и популярните лекции, които се организират и до днес. През 40-те години на XIX в. настъпва първият разцвет на сдружението, което по това време има повече от 500 редовни членове и голям брой член-кореспонденти и почетни членове. От 1844 г. асоциацията издава Jahrbuch des Nassauischen Vereins für Naturkunde, от който до момента са публикувани 133 тома. В него са публикувани много важни научни трудове, посветени на геологията и биологията на региона, както и съдържанието на НСЗ. Всички публикации на сдружението вече са достъпни в цифров вид на CD, а от 2010 г. първата страница на всяка специализирана статия в годишника може да се види и на началната страница на сдружението. От 1866 г. в асоциацията членуват и жени.

По това време председатели са геологът Карл Лудвиг Фридолин фон Сандбергер, химикът Карл Ремигиус Фрезениус, ентомологът Карл Лудвиг Конрад Киршбаум, геологът и експерт по прилепите Карл Кох и отологът и експерт по пеперудите Арнолд Андреас Фридрих Пагенщехер. Те са последвани от химика Хайнрих Фрезениус и геолога Август Лепла. След смъртта на последния гимназиалният учител и по-късно главен учител Фридрих Хайнек поема ръководството на сдружението, което той ръководи до 1960 г., с прекъсване от 1938 до 1945 г.

През 1915 г. сдружението и неговата природонаучна колекция се преместват в северното крило на новата музейна сграда, построена от град Висбаден, който е собственик на музея от 1900 г. Хайнек вижда основната задача на изложбените колекции в обучението на посетителите. В това му помагат геологът Макс Галаде, кураторът на зоологията Кристиан Фетцер и таксидермистът Йозеф Бургер.

По време на националсоциалистическата епоха Хайнек подава оставка като председател през 193 г. и негов наследник става Карл Фил, директор на Природонаучния музей от 1938 г. Съдбата на членовете на сдружението, които са били преследвани от нацистите като евреи и е трябвало да напуснат сдружението до 1938 г., е описана в Годишник 128/2007.

Първото общо събрание след войната се провежда на 15 април 1946 г. Хайнек е преизбран за председател. Лекциите са възобновени през зимата на 1946/47 г., а първите екскурзии са организирани през 1947 г. Природонаучната колекция е възстановена с големи трудности. Фриц Нойбаур, който работи в музея от 1948 г. и е ръководител на природонаучната колекция от 1951 г., оказва важна помощ. До края на 1956 г. броят на членовете нараства до над 400.

През 1960 г. геологът Карл Франц Михелс поема председателството на сдружението. При неговите наследници, геолозите Ханс Йоахим Липерт и Ернст Паули, броят на членовете постоянно намалява, въпреки амбициозната програма от събития. Едва при техния наследник от 1996 г., геолога Ханс-Юрген Андерле, броят на членовете отново нараства до над 330. Това се дължи на отварянето на сдружението към външния свят и не на последно място на медийно ефективните усилия на сдружението за запазване на природонаучната колекция, чието съществуване е временно застрашено от изместването на фокуса на работата на музея към модерното изкуство.

Сдружението вече три пъти е удостоявано със златния градски плакет на столицата на провинция Висбаден: през 1952 г. след завършването на новата инсталация на изложбената колекция, през 1979 г. по повод 150-годишнината от създаването му и през 2004 г. по време на честванията на 175-годишнината в Курхаус.