Природонаучните колекции на музея във Висбаден са основани през 1829 г. като независим природонаучен музей от "Verein für Naturkunde im Herzogthum Nassau" (по-късно Nassauischer Verein für Naturkunde) и е един от най-старите граждански природонаучни музеи. Стаите в Erbprinzenpalais са използвани до 1915 г. След това музеят се премества в сградата, която сега се намира в Ландсмузея на улица "Фридрих Еберт".

Колекцията от насекоми на Йохан Кристиан Гернинг е една от най-важните придобивки през първите години. По инициатива на Гьоте(Гьоте във Висбаден) тя е предоставена на музея от сина на Гернинг, Йохан Исаак фон Гернинг. Тя съдържа колекции от естествоизпитателя и художника Мария Сибила Мериан. Още в началото даренията и придобивките надхвърлят границите на Насау. Граф Брун дьо Монс (Хавана) и Ернст Алберт Фрице (Джакарта) например изпращат във Висбаден множество екзотични животни, включително явански тигри и суматрански носорози. Фридрих Алберт Помпейус фон Арнолди, Антон Вигенер и Карл Лудвиг Киршбаум по-специално създават местни колекции. Арнолд Пагенщехер публикува първите научни описания на екзотични пеперуди. Той е и един от многото доброволци, които подпомагат музея в продължение на много години.

Първият държавен геолог Карл Кох завещава на музея своята геолого-палеонтологична колекция. Той извършва първите геоложки проучвания и картографира Насау. Благодарение на неговите проучвания Висбаден получава сигурно водоснабдяване. От 1915 г. геологът Август Лепла също се посвещава на геоложките и минералогичните колекции на музея. Палеонтологичните колекции все още съдържат предимно находки от девона, терциера и плейстоцена (пясъците на Мосбах), т.е. от басейна на Майнц и Таунус. Сред важните палеонтолози са братята Гуидо Сандбергер и Фридолин фон Сандбергер, които за първи път обобщават геоложката история на региона.

Първоначалните изложби са фокусирани върху систематиката. Едва през 20. век се обръща внимание на екологията и еволюцията. Благодарение на аквариума жителите на Висбаден също имат интензивен контакт с музея и специалните изложби допълват редовната програма. През 21. век трябва да се вземе предвид и нарастващият интерес към изкуството. Бяха разгледани тематични пресечни точки като цвят и форма. От 2013 г. колекциите са представени в новосъздадената изложба, озаглавена "Естетика на природата".

Със своите над един милион предмета музеят вече разполага с важен запас от научни знания по теми, свързани със систематиката, биоразнообразието, екологията и географията. В допълнение към геологията, ботаниката и зоологията са представени и етноложки колекции. Специализираната библиотека с хиляди книги е на разположение на учените и широката общественост. За предаване на знания се използват и нови медии.