Природничі колекції Вісбаденського музею були засновані у 1829 році як незалежний природничий музей "Verein für Naturkunde im Herzogthum Nassau" (пізніше Нассауська спілка природознавства) і є одним з найстаріших громадських природничих музеїв. Приміщення в палаці Ербпрінцен використовувалися до 1915 року. Потім він переїхав до нинішнього Ландесмузею на алеї Фрідріха-Еберта.

Колекція комах Йоганна Крістіана Гернінга була одним з найважливіших надбань перших років існування музею. З ініціативи Гете(Гете у Вісбадені) її передав музею син Гернінга, Йоганн Ісаак фон Гернінг. Він містить колекції природознавця та художниці Марії Сибілли Меріан. Вже на початку існування музею пожертви та придбання виходили за межі Нассау. Граф Брюн де Монс (Гавана) та Ернст Альберт Фрітце (Джакарта), наприклад, надіслали до Вісбадена численних екзотичних тварин, зокрема яванських тигрів та суматранських носорогів. Фрідріх Альберт Помпеюс фон Арнольді, Антон Віґенер та Карл Людвіґ Кіршбаум, зокрема, поповнили місцеві колекції. Арнольд Пагенштехер опублікував перші наукові описи екзотичних метеликів. Він також був одним з багатьох волонтерів, які підтримували музей протягом багатьох років.

Перший державний геолог Карл Кох залишив музею свою геолого-палеонтологічну колекцію. Він провів перші геологічні дослідження та склав карту Нассау. Завдяки його дослідженням Вісбаден отримав надійне водопостачання. Геолог Август Леппла також присвятив себе геологічним та мінералогічним колекціям музею з 1915 року. Палеонтологічні колекції досі містять переважно знахідки з девону, третинного періоду та плейстоцену (мосбахські піски), тобто Майнцького басейну і Таунусу. Серед видатних палеонтологів - брати Гвідо та Фрідолін фон Сандберґери, які вперше узагальнили геологічну історію регіону.

Перші виставки були зосереджені на систематиці. Лише у 20-му столітті звернули увагу на екологію та еволюцію. Завдяки акваріуму мешканці Вісбадена також інтенсивно контактували з музеєм, а спеціальні виставки доповнювали регулярну програму. У 21 столітті слід також враховувати зростаючий інтерес до мистецтва. Були розглянуті такі тематичні перетини, як колір і форма. З 2013 року колекції представлені в новій експозиції під назвою "Естетика природи".

З більш ніж одним мільйоном артефактів музей тепер має важливе сховище наукових знань з таких тем, як систематика, біорізноманіття, екологія та географія. Окрім геології, ботаніки та зоології, представлені також етнологічні колекції. Спеціалізована бібліотека з тисячами книг доступна для науковців та широкої громадськості. Нові медіа також використовуються для поширення знань.