Zbiory historii naturalnej Muzeum w Wiesbaden zostały założone w 1829 r. jako niezależne muzeum historii naturalnej przez "Verein für Naturkunde im Herzogthum Nassau" (później Nassauischer Verein für Naturkunde) i jest jednym z najstarszych obywatelskich muzeów historii naturalnej. Pomieszczenia w Erbprinzenpalais były używane do 1915 roku. Następnie muzeum przeniosło się do obecnego Landesmuseum przy Friedrich-Ebert-Allee.

Kolekcja owadów Johanna Christiana Gerninga była jednym z najważniejszych nabytków we wczesnych latach działalności. Z inicjatywy Goethego(Goethe w Wiesbaden) została ona przekazana muzeum przez syna Gerninga, Johanna Isaaka von Gerninga. Zawiera zbiory przyrodniczki i artystki Marii Sibylli Merian. Już na początku darowizny i nabytki wykraczały poza granice Nassau. Na przykład hrabia Brune de Mons (Hawana) i Ernst Albert Fritze (Dżakarta) wysłali do Wiesbaden wiele egzotycznych zwierząt, w tym tygrysy jawajskie i nosorożce sumatrzańskie. Friedrich Albert Pompejus von Arnoldi, Anton Vigener i Carl Ludwig Kirschbaum w szczególności budowali lokalne kolekcje. Arnold Pagenstecher opublikował pierwsze naukowe opisy egzotycznych motyli. Był on również jednym z wielu wolontariuszy, którzy przez wiele lat wspierali muzeum.

Pierwszy państwowy geolog Carl Koch pozostawił muzeum swoją kolekcję geologiczno-paleontologiczną. Przeprowadził on pierwsze badania geologiczne i sporządził mapę Nassau. Dzięki jego badaniom Wiesbaden otrzymało bezpieczne zaopatrzenie w wodę. Geolog August Leppla również poświęcił się kolekcjom geologicznym i mineralogicznym muzeum od 1915 roku. Zbiory paleontologiczne nadal zawierają głównie znaleziska z dewonu, trzeciorzędu i plejstocenu (piaski Mosbach), tj. dorzecza Moguncji i Taunusu. Do ważnych paleontologów należą bracia Guido Sandberger i Fridolin von Sandberger, którzy po raz pierwszy podsumowali historię geologiczną regionu.

Początkowe wystawy koncentrowały się na systematyce. Dopiero w XX wieku zajęto się ekologią i ewolucją. Dzięki akwarium mieszkańcy Wiesbaden mieli również intensywny kontakt z muzeum, a wystawy specjalne uzupełniały regularny program. W XXI wieku należy również wziąć pod uwagę rosnące zainteresowanie sztuką. Podjęto tematyczne przecięcia, takie jak kolor i forma. Od 2013 roku zbiory prezentowane są na nowo zaprojektowanej wystawie zatytułowanej "Estetyka natury".

Z ponad milionem artefaktów, muzeum posiada obecnie ważny zasób wiedzy naukowej na tematy takie jak systematyka, bioróżnorodność, ekologia i geografia. Oprócz geologii, botaniki i zoologii reprezentowane są również kolekcje etnologiczne. Specjalistyczna biblioteka z tysiącami książek jest dostępna dla naukowców i ogółu społeczeństwa. Nowe media są również wykorzystywane do przekazywania wiedzy.