تأسست مجموعات التاريخ الطبيعي لمتحف فيسبادن في عام 1829 كمتحف مستقل للتاريخ الطبيعي من قبل "Verein für Naturkunde im Herzogthum Nassau" (فيما بعد Nassauischer Verein für Naturkunde) وهو أحد أقدم متاحف التاريخ الطبيعي المدنية. استُخدمت الغرف في قصر إربرينزنبالايس حتى عام 1915. ثم انتقلت بعد ذلك إلى ما يُعرف الآن بمتحف اللاندسموسيوم في فريدريش إيبرت آلي.

كانت مجموعة الحشرات ليوهان كريستيان جيرننغ واحدة من أهم المقتنيات في السنوات الأولى. فبمبادرة من جوته(جوته في فيسبادن)، تم إهداؤها للمتحف من قبل ابن جيرينغ، يوهان إسحاق فون جيرينغ. وهو يحتوي على مقتنيات عالمة الطبيعة والفنانة ماريا سيبيلا ميريان. وحتى في البداية، تجاوزت التبرعات وعمليات الاستحواذ حدود ناساو. على سبيل المثال، أرسل الكونت برون دي مونس (هافانا) وإرنست ألبرت فريتز (جاكرتا) العديد من الحيوانات الغريبة إلى فيسبادن، بما في ذلك نمور جاوة ووحيد القرن السومطري. قام فريدريش ألبرت بومبيجوس فون أرنولدي وأنطون فيجنر وكارل لودفيج كيرشباوم على وجه الخصوص ببناء المجموعات المحلية. نشر أرنولد باجنستشر أول وصف علمي للفراشات الغريبة. وكان أيضاً أحد المتطوعين العديدين الذين دعموا المتحف على مدار سنوات عديدة.

وقد ترك أول جيولوجي في الولاية كارل كوخ مجموعته الجيولوجية الحفرية للمتحف. وقد قام بأول دراسات جيولوجية ورسم خرائط لناساو. وبفضل دراساته، حصلت فيسبادن على إمدادات مياه آمنة. كما كرس الجيولوجي أوغست ليبلا نفسه لمجموعات المتحف الجيولوجية والمعدنية منذ عام 1915. ولا تزال المجموعات الحفرية تحتوي بشكل رئيسي على مكتشفات من العصر الديفوني والعصر الثالثي والبليستوسيني (رمال موسباخ)، أي حوض ماينز وتاونوس. ومن بين علماء الحفريات المهمين الأخوان غيدو ساندبرغر وفريدولين فون ساندبرغر، اللذان لخصا لأول مرة التاريخ الجيولوجي للمنطقة.

ركزت المعارض الأولية على علم النظاميات. ولم يتم التطرق إلى علم البيئة والتطور حتى القرن العشرين. وبفضل الحوض المائي، كان سكان فيسبادن على اتصال مكثف بالمتحف أيضاً بفضل حوض السمك، كما كانت المعارض الخاصة مكملة للبرنامج المنتظم. وفي القرن الحادي والعشرين، يجب أن يؤخذ الاهتمام المتزايد بالفن في الاعتبار أيضاً. وقد تم تناول التقاطعات الموضوعية مثل اللون والشكل. ومنذ عام 2013، تم تقديم المجموعات الفنية في المعرض المصمم حديثاً بعنوان "جماليات الطبيعة".

ومع وجود أكثر من مليون قطعة، يمتلك المتحف الآن مخزوناً مهماً من المعرفة العلمية حول مواضيع تتعلق بالنظامية والتنوع البيولوجي والبيئة والجغرافيا. وبالإضافة إلى الجيولوجيا وعلم النبات وعلم الحيوان، يتم تمثيل المجموعات الإثنولوجية أيضاً. المكتبة المتخصصة التي تضم آلاف الكتب متاحة للعلماء والجمهور العام. كما تستخدم وسائل الإعلام الجديدة لنقل المعرفة.