Коллекции естественной истории Висбаденского музея были основаны в 1829 году как независимый музей естественной истории "Верейном по естественной истории в герцогстве Нассау" (позднее - Нассауйский верейн по естественной истории) и являются одним из старейших гражданских музеев естественной истории. Комнаты в Эрбпринценпале использовались до 1915 года. Затем музей переехал в помещение, где сейчас находится Ландесмузеум на Фридрих-Эберт-аллее.

Коллекция насекомых Иоганна Кристиана Гернинга стала одним из самых важных приобретений первых лет существования музея. По инициативе Гете(Гете в Висбадене) она была передана музею сыном Гернинга, Иоганном Исааком фон Гернингом. Здесь хранятся коллекции естествоиспытателя и художницы Марии Сибиллы Мериан. Уже на начальном этапе пожертвования и приобретения выходили за пределы Нассау. Граф Брюн де Монс (Гавана) и Эрнст Альберт Фрице (Джакарта), например, отправили в Висбаден множество экзотических животных, в том числе яванских тигров и суматранских носорогов. Фридрих Альберт Помпеюс фон Арнольди, Антон Вигенер и Карл Людвиг Киршбаум, в частности, пополняли местные коллекции. Арнольд Пагенштехер опубликовал первые научные описания экзотических бабочек. Он также был одним из многих волонтеров, которые поддерживали музей на протяжении многих лет.

Первый государственный геолог Карл Кох оставил музею свою геолого-палеонтологическую коллекцию. Он провел первые геологические исследования и составил карту Нассау. Благодаря его исследованиям Висбаден получил надежное водоснабжение. Геолог Август Леппла с 1915 года также посвятил себя геологическим и минералогическим коллекциям музея. Палеонтологические коллекции по-прежнему содержат в основном находки из девонского, третичного и плейстоценового периодов (пески Мосбаха), то есть из бассейна Майнца и Таунуса. К числу важных палеонтологов относятся братья Гвидо Сандбергер и Фридолин фон Сандбергер, которые впервые обобщили геологическую историю региона.

Первые выставки были посвящены систематике. Только в XX веке были рассмотрены вопросы экологии и эволюции. Благодаря аквариуму жители Висбадена также имели интенсивный контакт с музеем, а специальные выставки дополняли обычную программу. В XXI веке необходимо также учитывать растущий интерес к искусству. Были взяты на вооружение такие тематические пересечения, как цвет и форма. С 2013 года коллекции представлены в новой экспозиции под названием "Эстетика природы".

Музей располагает более чем миллионом предметов, а также важным хранилищем научных знаний по систематике, биоразнообразию, экологии и географии. Помимо геологии, ботаники и зоологии, здесь также представлены этнологические коллекции. Специализированная библиотека с тысячами книг доступна для ученых и широкой общественности. Для передачи знаний также используются новые средства массовой информации.