Las colecciones de historia natural del Museo de Wiesbaden fueron fundadas en 1829 como museo independiente de historia natural por la "Verein für Naturkunde im Herzogthum Nassau" (posteriormente Nassauischer Verein für Naturkunde) y es uno de los museos cívicos de historia natural más antiguos. Las salas del Erbprinzenpalais se utilizaron hasta 1915. Después se trasladó a lo que hoy es el Landesmuseum, en la Friedrich-Ebert-Allee.

La colección de insectos de Johann Christian Gerning fue una de las adquisiciones más importantes de los primeros años. Por iniciativa de Goethe(Goethe en Wiesbaden), fue donada al museo por el hijo de Gerning, Johann Isaak von Gerning. Contiene colecciones de la científica naturalista y artista Maria Sibylla Merian. Ya en sus inicios, las donaciones y adquisiciones trascendieron las fronteras de Nassau. El conde Brune de Mons (La Habana) y Ernst Albert Fritze (Yakarta), por ejemplo, enviaron a Wiesbaden numerosos animales exóticos, entre ellos tigres de Java y rinocerontes de Sumatra. Friedrich Albert Pompejus von Arnoldi, Anton Vigener y Carl Ludwig Kirschbaum, en particular, crearon las colecciones locales. Arnold Pagenstecher publicó las primeras descripciones científicas de mariposas exóticas. También fue uno de los muchos voluntarios que apoyaron al museo durante muchos años.

El primer geólogo estatal Carl Koch legó al museo su colección geológico-paleontológica. Realizó los primeros estudios geológicos y cartografió Nassau. Gracias a sus estudios, Wiesbaden recibió un suministro de agua seguro. El geólogo August Leppla también se dedicó a las colecciones geológicas y mineralógicas del museo a partir de 1915. Las colecciones paleontológicas siguen conteniendo principalmente hallazgos del Devónico, Terciario y Pleistoceno (arenas de Mosbach), es decir, de la cuenca del Maguncia y del Taunus. Entre los paleontólogos más importantes figuran los hermanos Guido Sandberger y Fridolin von Sandberger, que resumieron por primera vez la historia geológica de la región.

Las primeras exposiciones se centraron en la sistemática. No fue hasta el siglo XX cuando se abordaron la ecología y la evolución. Gracias a un acuario, los habitantes de Wiesbaden también tuvieron un intenso contacto con el museo y las exposiciones especiales complementaron el programa regular. En el siglo XXI, también hay que tener en cuenta el creciente interés por el arte. Se han retomado intersecciones temáticas como el color y la forma. Desde 2013, las colecciones se presentan en la exposición de nuevo diseño "Estética de la naturaleza".

Con más de un millón de objetos, el museo cuenta ahora con un importante acervo de conocimientos científicos sobre temas relacionados con la sistemática, la biodiversidad, la ecología y la geografía. Además de geología, botánica y zoología, también están representadas las colecciones etnológicas. La biblioteca especializada, con miles de libros, está a disposición de los científicos y del público en general. También se utilizan nuevos medios para impartir conocimientos.