Основою Вісбаденського музею стали колекції Йоганна Ісаака Фрайхерра фон Гернінга, які за пропозицією Йоганна Вольфганга фон Гете були придбані герцогством Нассау і спочатку були доступні для публіки в Ербпринценпаласі. Було створено три музеї, спонсорами яких стали Асоціація старожитностей та історичних досліджень Нассау, Асоціація природознавства Нассау та Мистецька асоціація Нассау. У 1900 році вони стали муніципальною власністю і з 1920 року були розміщені в новій будівлі музею, спроектованій архітектором Теодором Фішером.

За проектом Фішера, половина картинної галереї була призначена для тимчасових виставок. У 1920-х і на початку 1930-х років Нассауський художній союз розробив тут жваву виставкову програму. Важливі поповнення колекції в галузі класичного модернізму також були зроблені за допомогою вісбаденців. Серед них - численні картини, передані на постійне користування вісбаденським колекціонером Генріхом Кірхгофом.

Після захоплення влади нацистами у 1933 році всі картини експресіонізму та конструктивізму спочатку були забрані на зберігання, а потім у 1937 році перевезені до центрального сховища колекцій у Потсдамі. Кірхгоффу довелося повернути свої постійні позики. Герман Фосс був директором музею у 1935-45 роках. Під його керівництвом було придбано понад 200 творів, серед яких висококласні барокові картини. З 1943 року Фосс також був спеціальним представником Музею фюрера в Лінці. Легальне походження його придбань наразі з'ясовується.

Після закінчення війни музей став Центральним збірним пунктом американців у Вісбадені. Після того, як мистецькі скарби, що тимчасово зберігалися тут, включно з "Нефертіті", були повернуті власникам, у 1950-1960-х роках розпочався етап реорганізації Вісбаденського музею з використанням найекономніших засобів. Саме в цей період тодішній директор музею Клеменс Вайлер почав створювати те, що зараз є найважливішою колекцією музею - роботи Олексія фон Явленського. За останні 25 років вона розширилася з точки зору якості та підбору творів, щоб стати найважливішою у світі колекцією цього художника. Відділу класичного модернізму додали ваги 30 картин і малюнків найвищого ґатунку з маєтку Ганни Беккерс фон Рат, які Товариство сприяння розвитку образотворчого мистецтва у Вісбадені придбало у 1987 році і передало в постійне користування Вісбаденському музею. Музей також спеціалізується на конструктивному мистецтві. Особливої уваги заслуговує садиба художника Фрідріха Вордемберге-Гільдеварта (1899-1962), передана у 1997 році, та колекція робіт росіянина Едуарда Штейнберга, яка перебуває у Вісбаденському музеї з 2013 року. У 1962 році Вісбаденський музей став відправною точкою руху "Флюксус".

Після переходу права власності на Музей Вісбадена до землі Гессен у 1973 році, спочатку незалежні три музеї організаційно стали трьома музейними відділами. У зв'язку з планами створення міського музею, навесні 2010 року колекція старожитностей Нассау була повернута до муніципальної власності. Сьогодні два музейні відділи - художня та природнича колекції- мають у своєму розпорядженні понад 7 000^{квадратних метрів} виставкових площ.

У 2007 році Вісбаденський музей був визнаний німецьким відділенням Міжнародної асоціації мистецтвознавців (AICA) "Музеєм року" за свою виставкову діяльність та роботу в галузі сучасного мистецтва. Цією нагородою музей завдячує загостренню профілю своєї колекції з акцентом на Явленському та його оточенні, конструктивізмі в контексті Фрідріха Вордемберге-Гільдеварта і так званому мовчазному авангарді, починаючи з 1960-х років.

Після завершення комплексної реконструкції двох крил будівлі, у травні 2013 року в південному крилі музею знову відкрилася виставка старих майстрів, а в північному крилі - посту Вісбадені. Після того, як мистецькі скарби, що тимчасово зберігалися тут, включно з "Нефертіті", були повернуті власникам, у 1950-1960-х роках розпочався етап реорганізації Вісбаденського музею з використанням найекономніших засобів. Саме в цей період тодішній директор музею Клеменс Вайлер почав створювати те, що зараз є найважливішою колекцією музею - роботи Олексія фон Явленського. За останні 25 років вона розширилася з точки зору якості та підбору творів, щоб стати найважливішою у світі колекцією цього художника. Відділу класичного модернізму додали ваги 30 картин і малюнків найвищого ґатунку з маєтку Ганни Беккерс фон Рат, які Товариство сприяння розвитку образотворчого мистецтва у Вісбадені придбало у 1987 році і передало в постійне користування Вісбаденському музею. Музей також спеціалізується на конструктивному мистецтві. Особливої уваги заслуговує садиба художника Фрідріха Вордемберге-Гільдеварта (1899-1962), передана у 1997 році, та колекція робіт росіянина Едуарда Штейнберга, яка перебуває у Вісбаденському музеї з 2013 року. У 1962 році Вісбаденський музей став відправною точкою руху "Флюксус".

Після переходу права власності на Музей Вісбадена до землі Гессен у 1973 році, спочатку незалежні три музеї організаційно стали трьома музейними відділами. У зв'язку з планами створення міського музею, навесні 2010 року колекція старожитностей Нассау була повернута до муніципальної власності. Сьогодні два музейні відділи - художня та природнича колекції- мають у своєму розпорядженні понад 7 000^{квадратних метрів} виставкових площ.

У 2007 році Вісбаденський музей був визнаний німецьким відділенням Міжнародної асоціації мистецтвознавців (AICA) "Музеєм року" за свою виставкову діяльність та роботу в галузі сучасного мистецтва. Цією нагородою музей завдячує загостренню профілю своєї колекції з акцентом на Явленському та його оточенні, конструктивізмі в контексті Фрідріха Вордемберге-Гільдеварта і так званому мовчазному авангарді, починаючи з 1960-х років.

Після завершення комплексної реконструкції двох крил будівлі, у травні 2013 року в південному крилі музею знову відкрилася виставка старих майстрів, а в північному крилі - постійна виставка природничих колекцій під назвою "Естетика природи".