У Середньовіччі та на початку Нового часу відведення стічних вод було приватною справою. З приватних володінь стічні води відводилися у струмки для утилізації за допомогою простих канав, каналів і труб; фекалії збиралися в ями, забиралися фермерами або так званими компаніями з експорту добрив і розкидалися на полях як добриво. Близько 1800 року існувало вже близько 1 500 метрів цегляних каналізаційних труб, але лише деякі з них були накриті і потребували регулярного чищення. Близько 1820 року в районі Теплої дамби під бруківкою було прокладено подвійний канал з кар'єрного каміння. Зі зростанням населення зростала і кількість неприємних запахів; додатковою проблемою була висока температура термальної води, яка сприяла розвитку неприємних запахів. У 1863 році від англійських гостей курорту надійшла петиція з проханням перекрити Зальцбах, головний колектор стічних вод, оскільки він був особливо забруднений. На той час, однак, вже було докладено чимало зусиль для покращення каналізаційної системи. Відкриті потоки були перекриті арками з 1859 року; майстер-будівельник Олександр Фах створив 37 кілометрів нової каналізації до кінця 1860-х років, а перші бетонні труби були прокладені близько 1868 року. Однак бракувало стандартизованих сучасних методів будівництва, промивного та вентиляційного обладнання. Канали також мали надто малий ухил. Зальцбах, який зливав свої води в Рейн нижче Бібріха, все частіше потрапляв у фокус уваги. Спалахи висипного тифу вже траплялися у 1815 та 1839 роках. У 1881-84 роках епідемії висипного тифу були навіть щорічними - зі значними негативними наслідками для курортної індустрії. Остання епідемія тифу, яка забрала 59 життів, нарешті стала поштовхом до докорінної перебудови каналізаційної системи Вісбадена.

У 1885 році міська рада вирішила покращити ці антисанітарні умови, побудувати каналізацію та очисні споруди, а також запровадити біотуалети. Інженер Йозеф Брікс на замовлення міста спроектував однотрубну систему, також відому як система змішаного водопостачання, яка подавала побутові стічні води від домогосподарств і підприємств та дощову воду разом в одній каналізації на очисні споруди для очищення, частково завдяки топографічному розташуванню Вісбадена. Перевагами системи роздільного збирання стоків, якій надають перевагу сьогодні, були, з одного боку, економія коштів завдяки усуненню другої каналізаційної системи, а з іншого боку, той факт, що каналізацію потрібно було очищати під час сильних зливових дощів. Серйозним недоліком, однак, є те, що коли каналізаційна мережа переповнюється через сильні дощі, частинки бруду зі стічних вод потрапляють до найближчого водотоку (струмка), а потім у Рейн. Каналізація була одним з найбільших будівельних проектів у місті; до 1908 року будівництво 122 км каналізації та очисних споруд на Шпельцмюле (1885 р.) коштувало близько 110 млн. німецьких марок. 1900-03 рр. було збудовано ввідні каналізаційні колектори, переважно яйцеподібної форми, з клінкерною цеглою, до Зальцбахського каналу. Сам Зальцбах був прокладений у підземному каналі із залізних труб, який спрямовував очищені стічні води в Рейн, за 100 метрів від берега в руслі річки.

Каналізаційна система Вісбадена і сьогодні функціонує переважно як комбінована. Лише в деяких районах східних передмість, які були приєднані до міста в 1977 році, таких як Брекенхайм, район забудови "Пфінґстборн" каналізується за допомогою окремої системи. З шести східних передмість Брекенхайм, Норденштадт і Делькенхайм скидають свої стічні води не до Вісбадена, а на очисні споруди у Фльорсхаймі. Загальна довжина каналізаційної системи Вісбадена становить близько 819 км, з яких приблизно 77 км доступні для проходу через труби діаметром 120 см. Приблизно 84 км доступні для каналізаційних колекторів діаметром від 80 до 120 см. Каналізаційна система включає близько 22 000 каналізаційних колодязів, близько 27 000 вуличних дощоприймачів, близько 2 200 км труб для підключення приватних будинків, 58 споруд для переливу дощової води та 30 резервуарів для утримання дощової води. Частка чистої дощової каналізації в комунальній каналізаційній мережі становить 3%. Крім того, є кілька кілометрів так званої теплової каналізації, деякі з яких є доступними і в яких прокладені лінії постачання колишніх і нинішніх купалень.