През Средновековието и ранната модерност изхвърлянето на отпадъчни води е било частна задача. От частните имоти отпадните води са били отвеждани в потоци за изхвърляне чрез обикновени канавки, канали и тръби; фекалиите са били събирани в ями, извозвани от фермерите или от т.нар. фирми за износ на торове и разпръсквани по полетата като тор. Около 1800 г. вече е имало около 1 500 метра канализация, изградена от тухли, но само много малко от тях са били покрити и е трябвало да се почистват редовно. Около 1820 г. в района на Warmer Damm под паважа е изграден канал-близнак с ломен камък. С нарастването на населението се увеличават и неприятните миризми; допълнителен проблем е топлината на термалната вода, която благоприятства развитието на миризми. През 1863 г. е получена петиция от английски гости на курорта, които искат да се направи арка на река Salzbach, главният колектор на отпадните води, тъй като тя е особено замърсена. По това време обаче вече са били положени големи усилия за подобряване на канализационната система. Откритите потоци са преградени през 1859 г.; до края на 60-те години на XIX в. майсторът строител Александър Фах създава 37 км нови канализационни тръби, а първите бетонни тръби са положени около 1868 г. Въпреки това липсват стандартизирани съвременни методи на строителство, промивни и вентилационни съоръжения. Освен това каналите са имали твърде малък наклон. Залцбах, който влива водите си в Рейн под Бибрих, все по-често попада в центъра на вниманието. През 1815 г. и 1839 г. вече е имало епидемии от тиф. През 1881-84 г. се наблюдават дори ежегодни епидемии от тиф - със значителни отрицателни последици за курортната индустрия. Последната епидемия от коремен тиф, която отнема живота на 59 души, най-накрая дава тласък за основно преработване на канализационната система на Висбаден.

През 1885 г. общинският съвет решава да подобри тези нехигиенични условия, да изгради канализация и пречиствателни станции и да въведе водосъбирателни шахти. Инженерът, натоварен от града, Йозеф Брикс, проектира еднотръбна система, известна още като комбинирана канализационна система, която отвежда битовите отпадъчни води от домакинствата и предприятията и дъждовните води заедно в една и съща канализация до пречиствателните станции за пречистване, отчасти поради топографското разположение на Висбаден. Предимствата пред предпочитаните днес системи за разделяне са, от една страна, спестяването на разходи поради премахването на втора канализационна система, а от друга - фактът, че канализацията трябва да се почиства по време на силни валежи. Сериозният недостатък обаче е, че когато канализационната мрежа се задръсти поради обилни валежи, частиците мръсотия от отпадните води се изхвърлят в най-близкия водоприемник (поток) и след това в река Рейн. Канализационната система е един от най-големите строителни проекти в града; до 1908 г. изграждането на 122 км канализация и пречиствателна станция в Шпелцмюле (1885 г.) струва около 110 млн. римски марки. 1900-03 г. се изграждат входните канали, предимно яйцевидни, с клинкерна зидария към канала Залцбах. Самият Залцбах е прокаран в подземен канал от железни тръби, който отвежда пречистените отпадъчни води в Рейн на 100 метра от брега в коритото на реката.

Канализационната система на Висбаден функционира до голяма степен и днес като комбинирана канализационна система. Само в някои райони на източните предградия, които са присъединени през 1977 г., като Брекенхайм, например, зоната на развитие "Пфингстборн" е канализирана с помощта на отделна система. От шестте източни предградия Брекенхайм, Норденщат и Делкенхайм не отвеждат отпадъчните си води във Висбаден, а в пречиствателната станция във Фльорсхайм. Общата дължина на канализационната система на Висбаден е приблизително 819 км, от които приблизително 77 са достъпни с диаметър 120 см. Приблизително 84 км са достъпни с диаметър от 80 до 120 см. Канализационната система включва приблизително 22 000 шахти, приблизително 27 000 улични входове, приблизително 2 200 км тръби за свързване на частни къщи, 58 преливници за дъждовна вода и 30 басейна за задържане на дъждовна вода. Делът на канализацията за чиста дъждовна вода в обществената канализационна мрежа е 3 %. Освен това има няколко километра от т.нар. термални канализации, някои от които са достъпни и в които са положени захранващите линии на бившите и настоящите заведения за къпане.