Orta Çağ ve erken modern zamanlarda atık su bertarafı özel bir görevdi. Özel mülklerden çıkan atık sular basit hendekler, kanallar ve borular aracılığıyla bertaraf edilmek üzere akarsulara yönlendiriliyordu; dışkılar çukurlarda toplanıyor, çiftçiler ya da gübre ihracat şirketleri tarafından götürülüyor ve gübre olarak tarlalara serpiliyordu. 1800 yılı civarında, yaklaşık 1.500 metre tuğladan inşa edilmiş kanalizasyon vardı, ancak bunların sadece çok azı kapalıydı ve düzenli olarak temizlenmeleri gerekiyordu. 1820 civarında, Warmer Damm bölgesindeki kaldırımın altına taş ocağı taşlarıyla ikiz bir kanal inşa edildi. Nüfus arttıkça hoş olmayan kokuların yarattığı rahatsızlık da arttı; termal suyun ısısı da koku oluşumunu destekleyen ek bir sorundu. 1863 yılında, İngiliz kaplıca misafirlerinden, atık suyun ana toplayıcısı olan Salzbach'ın özellikle kirli olduğu için üzerine bir kemer yapılmasını isteyen bir dilekçe alındı. Ancak o zamana kadar kanalizasyon sistemini iyileştirmek için büyük çabalar sarf edilmişti. Açık derelerin üzeri 1859'dan beri kemerle kapatılmıştı; usta inşaatçı Alexander Fach 1860'ların sonuna kadar 37 kilometrelik yeni kanalizasyon inşa etmiş ve ilk beton borular 1868 civarında döşenmişti. Ancak, standartlaştırılmış modern inşaat yöntemleri, yıkama ve havalandırma ekipmanları yoktu. Kanalların eğimi de çok azdı. Suyunu Biebrich'in altından Ren Nehri'ne boşaltan Salzbach giderek daha fazla odak noktası haline geldi. Tifüs salgınları 1815 ve 1839'da zaten meydana gelmişti. Hatta 1881-84 yıllarında her yıl tifüs salgınları görülmüş ve bu salgınlar kaplıca endüstrisi için önemli olumsuz sonuçlar doğurmuştur. Son tifo salgını 59 kişinin ölümüne yol açarak Wiesbaden'in kanalizasyon sisteminin köklü bir şekilde yeniden tasarlanması için itici güç oldu.

1885 yılında belediye meclisi bu hijyenik olmayan koşulları iyileştirmeye, kanalizasyon ve kanalizasyon arıtma tesisleri inşa etmeye ve su dolapları kullanmaya karar verdi. Şehir tarafından görevlendirilen mühendis Joseph Brix, Wiesbaden'in topoğrafik konumu nedeniyle, evlerden ve işyerlerinden gelen evsel atık suları ve yağmur sularını arıtılmak üzere aynı kanalizasyondan arıtma tesislerine taşıyan ve birleşik kanalizasyon sistemi olarak da bilinen tek borulu bir sistem tasarladı. Günümüzde tercih edilen ayrıştırma sistemlerine göre avantajları, bir yandan ikinci bir kanalizasyon sisteminin ortadan kalkması nedeniyle maliyet tasarrufu sağlaması, diğer yandan da kanalizasyonların yoğun yağışlar sırasında temizlenmek zorunda olmasıydı. Ancak kanalizasyon şebekesi yoğun yağışlar nedeniyle tıkandığında, atık sudaki kir parçacıklarının en yakın alıcı su yoluna (akarsu) ve oradan da Ren Nehri'ne deşarj edilmesi ciddi bir dezavantajdır. Kanalizasyon sistemi şehirdeki en büyük inşaat projelerinden biriydi; 1908 yılına kadar 122 km kanalizasyon ve Spelzmühle'de (1885) bir kanalizasyon arıtma tesisinin inşası yaklaşık 110 milyon RM'ye mal olmuştu. 1900-03 yıllarında Salzbach kanalına klinker tuğla ile çoğunlukla yumurta şeklinde giriş kanalları inşa edildi. Salzbach'ın kendisi, arıtılmış atık suyu nehir yatağındaki kıyıdan 100 metre uzakta Ren Nehri'ne aktaran bir yeraltı demir boru kanalına döşenmiştir.

Wiesbaden'in kanalizasyon sistemi bugün hala büyük ölçüde birleşik kanalizasyon sistemi olarak işlemektedir. Sadece Breckenheim gibi 1977 yılında kurulan doğu banliyölerinin bazı bölgelerinde "Pfingstborn" gelişim alanı ayrı bir sistem kullanılarak kanalize edilmiştir. Altı doğu banliyösünden Breckenheim, Nordenstadt ve Delkenheim atık sularını Wiesbaden'e değil, Flörsheim'daki kanalizasyon arıtma tesisine vermektedir. Wiesbaden'in kanalizasyon sisteminin toplam uzunluğu yaklaşık 819 km olup, bunun yaklaşık 77 km'sine 120 cm çapında erişilebilmektedir. Yaklaşık 84 km'si 80 ila 120 cm çaplarında erişilebilir durumdadır. Kanalizasyon sistemi yaklaşık 22.000 rögar yapısı, yaklaşık 27.000 sokak girişi, yaklaşık 2.200 km özel ev bağlantı borusu, 58 yağmur suyu taşma yapısı ve 30 yağmur suyu tutma havzası içermektedir. Kamu kanalizasyon şebekesindeki saf yağmur suyu kanalizasyonlarının oranı %3'tür. Buna ek olarak, bazıları erişilebilir olan ve eski ve mevcut banyo tesislerinin besleme hatlarının monte edildiği birkaç kilometre uzunluğunda termal kanalizasyon bulunmaktadır.