În Evul Mediu și la începutul epocii moderne, eliminarea apelor reziduale era o sarcină privată. De la proprietățile private, apele reziduale erau canalizate în râuri pentru a fi eliminate prin intermediul unor șanțuri, canale și conducte simple; fecalele erau colectate în gropi, preluate de fermieri sau de așa-numitele companii exportatoare de îngrășăminte și împrăștiate pe câmpuri ca îngrășământ. În jurul anului 1800, existau deja aproximativ 1 500 de metri de canalizare construită din cărămidă, însă doar foarte puține dintre acestea erau acoperite și trebuiau curățate în mod regulat. În jurul anului 1820, în zona Warmer Damm a fost construit un canal dublu cu pietre de carieră sub pavaj. Pe măsură ce populația creștea, creșteau și deranjamentele cauzate de mirosurile neplăcute; o problemă suplimentară era căldura apei termale, care favoriza dezvoltarea mirosurilor. În 1863, a fost primită o petiție din partea oaspeților termali englezi care doreau ca Salzbach, principalul colector al apelor reziduale, să fie arcuit, deoarece era deosebit de poluat. Cu toate acestea, până în acel moment se făcuseră deja eforturi mari pentru îmbunătățirea sistemului de canalizare. Râurile deschise fuseseră arcuite încă din 1859; până la sfârșitul anilor 1860, constructorul Alexander Fach crease 37 de kilometri de canalizări noi, iar primele conducte de beton au fost instalate în jurul anului 1868. Cu toate acestea, lipseau metodele moderne standardizate de construcție, precum și echipamentele de spălare și ventilație. Canalele aveau, de asemenea, o pantă prea mică. Salzbach, care își vărsa apele în Rin sub Biebrich, a devenit din ce în ce mai important. Epidemii de tifos au avut loc deja în 1815 și 1839. În 1881-84, au existat chiar epidemii anuale de tifos - cu consecințe negative considerabile pentru industria balneară. Ultima epidemie de febră tifoidă, care a făcut 59 de victime, a dat în cele din urmă impulsul pentru o reproiectare fundamentală a sistemului de canalizare din Wiesbaden.

În 1885, consiliul municipal a decis să îmbunătățească aceste condiții neigienice, să construiască canalizări și stații de tratare a apelor uzate și să introducă cămine de apă. Inginerul însărcinat de municipalitate, Joseph Brix, a proiectat un sistem cu o singură țeavă, cunoscut și sub numele de sistem de canalizare combinată, care trimitea apele uzate menajere provenite de la gospodării și întreprinderi și apa de ploaie împreună în aceleași canalizări către stațiile de epurare pentru purificare, în parte datorită poziției topografice a orașului Wiesbaden. Avantajele față de sistemele de separare favorizate în prezent erau, pe de o parte, economiile de costuri datorate eliminării unui al doilea sistem de canalizare și, pe de altă parte, faptul că canalizările trebuiau curățate în timpul precipitațiilor abundente. Cu toate acestea, dezavantajul major este că, atunci când rețeaua de canalizare se blochează din cauza precipitațiilor abundente, particulele de murdărie din apele reziduale sunt evacuate în cel mai apropiat curs de apă receptor (pârâu) și apoi în Rin. Rețeaua de canalizare a fost unul dintre cele mai mari proiecte de construcție din oraș; până în 1908, construcția a 122 km de canalizare și a unei stații de epurare a apelor uzate la Spelzmühle (1885) a costat aproximativ 110 milioane RM. În perioada 1900-2003 au fost construite canalizările de intrare, majoritatea în formă de ou, cu zidărie din cărămidă de clincher până la canalul Salzbach. Salzbach însuși a fost amenajat într-un canal subteran din țevi de fier, care a canalizat apele uzate tratate în Rin, la 100 de metri de mal, în albia râului.

Sistemul de canalizare din Wiesbaden funcționează și astăzi în mare parte ca un sistem de canalizare combinată. Doar în unele zone din suburbiile estice care au fost încorporate în 1977, cum ar fi Breckenheim, zona de dezvoltare "Pfingstborn" a fost canalizată cu ajutorul unui sistem separat. Dintre cele șase suburbii estice, Breckenheim, Nordenstadt și Delkenheim nu își elimină apele reziduale în Wiesbaden, ci la stația de epurare din Flörsheim. Sistemul de canalizare din Wiesbaden are o lungime totală de aproximativ 819 km, din care aproximativ 77 sunt accesibili cu un diametru de 120 cm. Aproximativ 84 km sunt accesibili cu diametre cuprinse între 80 și 120 cm. Sistemul de canalizare include aprox. 22.000 de guri de vizitare, aprox. 27.000 de prize stradale, aprox. 2.200 km de conducte de racordare la case particulare, 58 de structuri de deversare a apelor pluviale și 30 de bazine de retenție a apelor pluviale. Proporția canalizărilor de ape pluviale pure în rețeaua publică de canalizare este de 3%. În plus, există câțiva kilometri de așa-numite canalizări termale, dintre care unele sunt accesibile și în care sunt instalate conductele de alimentare ale fostelor și actualelor stabilimente balneare.