В средние века и в начале нового времени удаление сточных вод было частным делом. Из частных владений сточные воды отводились в ручьи по простым канавам, каналам и трубам; фекалии собирались в ямы, вывозились фермерами или так называемыми компаниями по экспорту удобрений и разбрасывались по полям в качестве удобрения. К 1800 году в городе уже было около 1500 метров кирпичных канализационных труб, но лишь немногие из них были крытыми, и их приходилось регулярно чистить. Около 1820 года в районе Вармер-Дамм под тротуаром был построен двойной канал, выложенный камнями из карьера. По мере роста населения увеличивались и неприятные запахи; дополнительной проблемой было тепло термальной воды, которое способствовало появлению запахов. В 1863 году поступило прошение от английских гостей курорта, которые хотели, чтобы Зальцбах, главный коллектор сточных вод, был перекрыт аркой, так как он был особенно загрязнен. Однако к этому времени уже были предприняты большие усилия по улучшению канализационной системы. Открытые ручьи были перекрыты с 1859 года; мастер-строитель Александр Фах к концу 1860-х годов создал 37 километров новых канализационных труб, а первые бетонные трубы были проложены около 1868 года. Однако не хватало стандартизированных современных методов строительства, промывочного и вентиляционного оборудования. Кроме того, каналы имели слишком малый уклон. Все большее внимание привлекал Зальцбах, впадавший в Рейн ниже Бибриха. Вспышки тифа уже случались в 1815 и 1839 годах. В 1881-84 годах эпидемии тифа были даже ежегодными - со значительными негативными последствиями для курортной индустрии. Последняя эпидемия тифа, унесшая 59 жизней, послужила толчком к кардинальной перестройке канализационной системы Висбадена.

В 1885 году муниципальный совет принял решение улучшить эти антисанитарные условия, построить канализацию и очистные сооружения, а также ввести водопроводные шкафы. Инженер Йозеф Брикс по заказу города разработал однотрубную систему, также известную как комбинированная канализация, которая подавала бытовые сточные воды от домов и предприятий и дождевую воду вместе в одну канализацию на очистные сооружения для очистки, что отчасти объяснялось топографическим положением Висбадена. Преимуществами по сравнению с популярными сегодня системами разделения были, с одной стороны, экономия средств за счет отказа от второй канализационной системы и, с другой стороны, необходимость очистки канализации во время сильных дождей. Однако серьезным недостатком является то, что при засорении канализационной сети из-за сильных дождей частицы грязи из сточных вод попадают в ближайший водоток (ручей), а затем в Рейн. Канализационная система была одним из крупнейших строительных проектов в городе; к 1908 году строительство 122 км канализационных труб и очистных сооружений в Шпельцмюле (1885) обошлось примерно в 110 миллионов RM. В 1900-03 годах были построены впускные канализационные трубы, в основном яйцевидной формы, с клинкерной кирпичной кладкой, ведущие к каналу Зальцбах. Сам Зальцбах был проложен в подземном канале из железных труб, по которому очищенные сточные воды поступали в Рейн в 100 метрах от берега в русле реки.

Канализационная система Висбадена и сегодня функционирует в основном как объединенная канализационная система. Только в некоторых районах восточных пригородов, которые были включены в состав города в 1977 году, например в Брекенхайме, район застройки "Пфингсборн" канализируется по отдельной системе. Из шести восточных пригородов Брекенхайм, Норденштадт и Делькенхайм отводят свои сточные воды не в Висбаден, а на очистные сооружения во Флерсхайме. Общая протяженность канализационной системы Висбадена составляет около 819 км, из которых около 77 км доступны с диаметром 120 см. Приблизительно 84 км доступны при диаметре от 80 до 120 см. Канализационная система включает в себя около 22 000 люков, около 27 000 уличных колодцев, около 2 200 км труб для подключения частных домов, 58 переливных сооружений для дождевой воды и 30 резервуаров для сбора дождевой воды. Доля чистой дождевой канализации в общественной канализационной сети составляет 3 %. Кроме того, существует несколько километров так называемых термальных канализаций, некоторые из которых являются доступными и в которых проложены трубопроводы бывших и нынешних банных заведений.