En la Edad Media y principios de la moderna, la eliminación de las aguas residuales era una tarea privada. Desde las propiedades privadas, las aguas residuales se canalizaban hacia los arroyos para su eliminación a través de sencillas zanjas, canales y tuberías; las heces se recogían en fosas, se las llevaban los agricultores o las llamadas empresas exportadoras de fertilizantes y se esparcían por los campos como abono. Hacia 1800 ya existían unos 1.500 metros de alcantarillas construidas con ladrillos, pero sólo muy pocas estaban cubiertas y debían limpiarse con regularidad. Hacia 1820 se construyó un canal gemelo con piedras de cantera bajo el pavimento en la zona de Warmer Damm. A medida que crecía la población, también lo hacían las molestias causadas por los malos olores; un problema adicional era el calor del agua termal, que favorecía el desarrollo de los olores. En 1863, se recibió una petición de los huéspedes ingleses del balneario que deseaban que el Salzbach, el principal colector de las aguas residuales, se arquease por estar especialmente contaminado. Para entonces, sin embargo, ya se habían realizado grandes esfuerzos para mejorar el sistema de alcantarillado. Los arroyos abiertos se habían ido arqueando desde 1859; el maestro de obras Alexander Fach había creado 37 kilómetros de nuevas alcantarillas a finales de la década de 1860, y las primeras tuberías de hormigón se colocaron hacia 1868. Sin embargo, faltaban métodos de construcción modernos normalizados y equipos de descarga y ventilación. Además, los canales tenían muy poca pendiente. El Salzbach, que vertía sus aguas en el Rin por debajo de Biebrich, pasó a primer plano. Ya se habían producido brotes de tifus en 1815 y 1839. En 1881-84 hubo incluso epidemias anuales de tifus, con considerables consecuencias negativas para la industria balnearia. La última epidemia de tifus, que se cobró 59 vidas, supuso finalmente el impulso para un rediseño fundamental del sistema de alcantarillado de Wiesbaden.

En 1885, el consejo municipal decidió mejorar estas condiciones antihigiénicas, construir alcantarillas y depuradoras e introducir inodoros. El ingeniero encargado por la ciudad, Joseph Brix, diseñó un sistema de tubería única, también conocido como alcantarillado combinado, que conducía las aguas residuales domésticas de hogares y empresas y las pluviales juntas por el mismo alcantarillado hasta las depuradoras para su depuración, en parte debido a la situación topográfica de Wiesbaden. Las ventajas con respecto a los sistemas de separación que se utilizan hoy en día eran, por un lado, el ahorro de costes debido a la eliminación de un segundo sistema de alcantarillado y, por otro, el hecho de que las alcantarillas tenían que limpiarse cuando llovía mucho. El grave inconveniente, sin embargo, es que cuando la red de alcantarillado se atasca debido a las fuertes lluvias, las partículas de suciedad de las aguas residuales se vierten en el curso de agua receptor más cercano (arroyo) y luego en el Rin. El sistema de alcantarillado fue uno de los mayores proyectos de construcción de la ciudad; en 1908, la construcción de 122 km de alcantarillas y una planta de tratamiento de aguas residuales en la Spelzmühle (1885) había costado unos 110 millones de RM. 1900-03 vio la construcción de las alcantarillas de entrada, en su mayoría en forma de huevo, con ladrillo clinker hasta el canal Salzbach. El propio Salzbach se tendió en un canal subterráneo de tuberías de hierro, que canalizaba las aguas residuales depuradas hacia el Rin, a 100 metros de la orilla en el lecho del río.

En la actualidad, el alcantarillado de Wiesbaden sigue funcionando en gran medida como un sistema de alcantarillado combinado. Sólo en algunas zonas de los suburbios orientales incorporados en 1977, como Breckenheim, la urbanización "Pfingstborn" se ha alcantarillado mediante un sistema separado. De los seis suburbios orientales, Breckenheim, Nordenstadt y Delkenheim no vierten sus aguas residuales a Wiesbaden, sino a la depuradora de Flörsheim. La red de alcantarillado de Wiesbaden tiene una longitud total de aprox. 819 km, de los cuales aprox. 77 son accesibles con un diámetro de 120 cm. Aproximadamente 84 km son accesibles con diámetros de 80 a 120 cm. El sistema de alcantarillado incluye unas 22.000 estructuras de registro, unas 27.000 tomas de calle, unos 2.200 km de tuberías de conexión a viviendas particulares, 58 estructuras de desbordamiento de aguas pluviales y 30 balsas de retención de aguas pluviales. La proporción de alcantarillado de aguas pluviales puras en la red de alcantarillado público es del 3%. Además, hay varios kilómetros de las llamadas cloacas térmicas, algunas de las cuales son accesibles y en las que están instaladas las líneas de abastecimiento de los antiguos y actuales establecimientos de baño.