W średniowieczu i wczesnych czasach nowożytnych usuwanie ścieków było zadaniem prywatnym. Z prywatnych posesji ścieki były odprowadzane do strumieni za pomocą prostych rowów, kanałów i rur; fekalia były zbierane w dołach, zabierane przez rolników lub tak zwane firmy eksportujące nawozy i rozrzucane na polach jako nawóz. Około 1800 r. istniało już około 1500 metrów murowanych kanałów ściekowych, ale tylko nieliczne z nich były przykryte i musiały być regularnie czyszczone. Około 1820 r. pod chodnikiem w dzielnicy Warmer Damm zbudowano bliźniaczy kanał z kamieniołomów. Wraz ze wzrostem liczby ludności rosły uciążliwości związane z nieprzyjemnymi zapachami; dodatkowym problemem była wysoka temperatura wody termalnej, która sprzyjała powstawaniu nieprzyjemnych zapachów. W 1863 r. otrzymano petycję od angielskich gości uzdrowiska, którzy chcieli, aby Salzbach, główny kolektor ścieków, został zakryty łukiem, ponieważ był szczególnie zanieczyszczony. W tym czasie poczyniono już jednak wielkie wysiłki w celu poprawy systemu kanalizacyjnego. Od 1859 r. otwarte strumienie były przecinane łukiem; mistrz budowlany Alexander Fach stworzył 37 kilometrów nowych kanałów do końca lat 60-tych XIX wieku, a pierwsze betonowe rury zostały ułożone około 1868 roku. Brakowało jednak znormalizowanych nowoczesnych metod budowy, sprzętu do spłukiwania i wentylacji. Kanały miały również zbyt małe nachylenie. Salzbach, który odprowadzał wodę do Renu poniżej Biebrich, stawał się coraz bardziej zagrożony. Ogniska tyfusu wystąpiły już w 1815 i 1839 roku. W latach 1881-84 dochodziło nawet do corocznych epidemii tyfusu - ze znacznymi negatywnymi konsekwencjami dla przemysłu uzdrowiskowego. Ostatnia epidemia tyfusu, która pochłonęła 59 ofiar śmiertelnych, stała się impulsem do gruntownej przebudowy systemu kanalizacyjnego Wiesbaden.

W 1885 r. rada miejska postanowiła poprawić te niehigieniczne warunki, budując kanalizację i oczyszczalnie ścieków oraz wprowadzając szafki na wodę. Inżynier Joseph Brix, na zlecenie miasta, zaprojektował system jednorurowy, znany również jako system kanalizacji ogólnospławnej, który doprowadzał ścieki bytowe z gospodarstw domowych i przedsiębiorstw oraz wodę deszczową razem w tych samych kanałach do oczyszczalni w celu oczyszczenia, częściowo ze względu na topograficzne położenie Wiesbaden. Zaletą tego rozwiązania w porównaniu z preferowanymi obecnie systemami separacji były z jednej strony oszczędności wynikające z eliminacji drugiego systemu kanalizacyjnego, a z drugiej strony fakt, że kanały musiały być czyszczone podczas intensywnych opadów deszczu. Poważną wadą jest jednak to, że gdy sieć kanalizacyjna zapycha się z powodu silnych opadów deszczu, cząsteczki brudu ze ścieków są odprowadzane do najbliższego odbiornika (strumienia), a następnie do Renu. System kanalizacyjny był jednym z największych projektów budowlanych w mieście; do 1908 r. budowa 122 km kanałów i oczyszczalni ścieków w Spelzmühle (1885) kosztowała około 110 milionów RM. W latach 1900-03 zbudowano kanały wlotowe, głównie w kształcie jajka, z cegły klinkierowej do kanału Salzbach. Sam kanał Salzbach został ułożony w podziemnym żelaznym kanale rurowym, który odprowadzał oczyszczone ścieki do Renu, 100 metrów od brzegu w korycie rzeki.

System kanalizacyjny Wiesbaden do dziś funkcjonuje w dużej mierze jako system kanalizacji ogólnospławnej. Tylko na niektórych obszarach wschodnich przedmieść, które zostały włączone w 1977 r., takich jak Breckenheim, obszar rozwoju "Pfingstborn" został skanalizowany przy użyciu oddzielnego systemu. Spośród sześciu wschodnich przedmieść, Breckenheim, Nordenstadt i Delkenheim nie odprowadzają ścieków do Wiesbaden, ale do oczyszczalni ścieków we Flörsheim. System kanalizacyjny Wiesbaden ma łączną długość ok. 819 km, z czego ok. 77 km jest dostępnych o średnicy 120 cm. Około 84 km jest dostępnych dla średnic od 80 do 120 cm. System kanalizacyjny obejmuje ok. 22 000 studzienek, ok. 27 000 wpustów ulicznych, ok. 2 200 km przyłączy do domów prywatnych, 58 przelewów deszczowych i 30 zbiorników retencyjnych. Udział czystej kanalizacji deszczowej w publicznej sieci kanalizacyjnej wynosi 3%. Ponadto istnieje kilka kilometrów tak zwanych kanałów termalnych, z których niektóre są dostępne i w których zainstalowane są linie zasilające byłe i obecne zakłady kąpielowe.