Nel Medioevo e nella prima età moderna, lo smaltimento delle acque reflue era un compito privato. Dalle proprietà private, le acque reflue venivano convogliate nei corsi d'acqua per essere smaltite attraverso semplici fossi, canali e tubature; gli escrementi venivano raccolti in fosse, portati via dai contadini o dalle cosiddette società di esportazione di fertilizzanti e sparsi sui campi come concime. Intorno al 1800 esistevano già circa 1.500 metri di fognature in mattoni, ma solo pochissime erano coperte e dovevano essere pulite regolarmente. Intorno al 1820 fu costruito un canale gemello con pietre di cava sotto il marciapiede nella zona di Warmer Damm. Con l'aumento della popolazione, aumentò anche il fastidio causato dagli odori sgradevoli; un ulteriore problema era rappresentato dal calore dell'acqua termale, che favoriva lo sviluppo degli odori. Nel 1863 fu presentata una petizione da parte degli ospiti inglesi delle terme, che chiedevano che il Salzbach, il principale collettore delle acque reflue, fosse inarcato perché particolarmente inquinato. A quel punto, tuttavia, erano già stati compiuti grandi sforzi per migliorare il sistema fognario. I corsi d'acqua aperti erano stati chiusi ad arco fin dal 1859; il capomastro Alexander Fach aveva creato 37 chilometri di nuove fognature entro la fine degli anni Sessanta dell'Ottocento e i primi tubi in cemento furono posati intorno al 1868. Tuttavia, mancavano metodi di costruzione moderni e standardizzati, nonché attrezzature per lo spurgo e la ventilazione. Inoltre, i canali avevano una pendenza troppo bassa. Il Salzbach, che scaricava le sue acque nel Reno sotto Biebrich, divenne sempre più importante. Le epidemie di tifo si erano già verificate nel 1815 e nel 1839. Nel 1881-84 si verificarono addirittura epidemie annuali di tifo, con notevoli conseguenze negative per l'industria termale. L'ultima epidemia di tifo, che causò 59 vittime, diede infine l'impulso per una riprogettazione fondamentale del sistema fognario di Wiesbaden.

Nel 1885, il consiglio comunale decise di migliorare queste condizioni antigieniche, costruendo fognature e impianti di depurazione e introducendo i gabinetti d'acqua. L'ingegnere incaricato dalla città, Joseph Brix, progettò un sistema a tubo unico, noto anche come sistema di fognatura combinata, che convogliava le acque reflue domestiche e commerciali e le acque piovane insieme nelle stesse fognature verso gli impianti di trattamento per la depurazione, anche a causa della posizione topografica di Wiesbaden. I vantaggi rispetto ai sistemi di separazione oggi preferiti erano, da un lato, il risparmio sui costi dovuto all'eliminazione di una seconda rete fognaria e, dall'altro, il fatto che le fogne dovevano essere pulite durante le forti piogge. Il grave svantaggio, tuttavia, è che quando la rete fognaria si intasa a causa di forti piogge, le particelle di sporco delle acque reflue vengono scaricate nel più vicino corso d'acqua ricevente (torrente) e quindi nel Reno. La rete fognaria è stata uno dei più grandi progetti edilizi della città; nel 1908, la costruzione di 122 km di fognature e di un impianto di trattamento delle acque reflue presso la Spelzmühle (1885) era costata circa 110 milioni di RM. Nel 1900-03 furono costruite le fognature di ingresso, per lo più a forma di uovo, con mattoni di clinker al canale Salzbach. Il Salzbach stesso fu posato in un canale sotterraneo di tubi di ferro, che convogliava le acque reflue trattate nel Reno, a 100 metri dalla riva nel letto del fiume.

Il sistema fognario di Wiesbaden funziona ancora oggi in gran parte come un sistema di fognatura combinata. Solo in alcune aree dei sobborghi orientali incorporati nel 1977, come Breckenheim, l'area di sviluppo "Pfingstborn" è stata fognata con un sistema separato. Dei sei sobborghi orientali, Breckenheim, Nordenstadt e Delkenheim non smaltiscono le loro acque reflue a Wiesbaden, ma all'impianto di depurazione di Flörsheim. La rete fognaria di Wiesbaden ha una lunghezza totale di circa 819 km, di cui circa 77 sono accessibili con un diametro di 120 cm. Circa 84 km sono accessibili con diametri compresi tra 80 e 120 cm. La rete fognaria comprende circa 22.000 chiusini, circa 27.000 prese stradali, circa 2.200 km di tubazioni di collegamento alle abitazioni private, 58 strutture di sfioro delle acque piovane e 30 bacini di ritenzione delle acque piovane. La percentuale di fognature di acqua piovana pura nella rete fognaria pubblica è del 3%. Inoltre, esistono diversi chilometri di cosiddette fognature termali, alcune delle quali sono accessibili e in cui sono installate le linee di alimentazione degli stabilimenti balneari precedenti e attuali.