Jednym z głównych celów narodowego socjalizmu było stworzenie "prawdziwej wspólnoty narodowej". W tym celu wszystkie niezależne instytucje i stowarzyszenia miały zostać podporządkowane lub rozwiązane. Podczas gdy Kościół katolicki został "spacyfikowany" przez zawarcie konkordatu w lipcu 1933 r., Kościół protestancki miał zostać podporządkowany.

Dwóch prawników z Wiesbaden było odpowiedzialnych za realizację tego celu w Berlinie: sekretarz stanu w pruskim Ministerstwie Kultury Wilhelm Stuckart i były sędzia Sądu Okręgowego w Wiesbaden August Jäger. Obaj początkowo odnieśli sukces. Przy osobistym wsparciu Hitlera udało im się przejąć władzę w większości protestanckich kościołów regionalnych. W ogólnokrajowych "wyborach kościelnych" 22 lipca 1933 r. większość rad kościelnych i synodów została obsadzona narodowymi socjalistami i "niemieckimi chrześcijanami", zwolennikami partii kościelnej NSDAP.

Ponieważ państwo nazistowskie było w tym czasie niezwykle przyjazne Kościołowi, nie było prawie żadnego oporu. Zmieniło się to dopiero, gdy synody uchwaliły "paragraf aryjski" z ustawy Rzeszy o przywróceniu zawodowej służby cywilnej z 7 kwietnia 1933 r., zgodnie z którym tylko "czysto aryjscy" pastorzy - bez żydowskiego rodzica lub dziadka - mogli sprawować urząd w kościele. Tylko jeden pastor, Karl Amborn (1890-1952) z Braubach, sprzeciwił się tej decyzji na "Brauner Landeskirchentag" Kościoła Ewangelickiego w Nassau 12 września 1933 r. w Wiesbaden, ale 60 pastorów podpisało już dzień wcześniej w Berlinie zobowiązanie "Pfarrernotbund". Obiecali w nim chronić Kościół przed wpływami z zewnątrz i bronić swoich kolegów pastorów dotkniętych uchwałami synodalnymi.

W następnych latach Pfarrernotbund stał się kręgosłupem kościelnej opozycji; jego przywódcą był pastor Martin Niemöller. W ciągu kilku tygodni do organizacji dołączyło kilka tysięcy pastorów, w tym kilku pastorów z Wiesbaden. Natomiast stowarzyszenia niemieckich chrześcijan w Nassau zostały całkowicie rozwiązane do końca 1933 roku. Przyczynił się do tego również fakt, że regionalny kongres kościelny pod przewodnictwem Augusta Jägera zmusił regionalnego biskupa Nassau Augusta Kortheuera do opuszczenia urzędu w niegodny sposób.

Najważniejszą decyzją regionalnego kongresu kościelnego było zjednoczenie Ewangelickiego Kościoła Nassau z dwoma regionalnymi kościołami Hesji-Darmstadt i Frankfurtu nad Menem. Hesja-Kassel odwołała zjednoczenie w ostatniej chwili. W nowym kościele regionalnym, który otrzymał nazwę Nassau-Hessen, Hesja-Darmstadt objęła wiodący urząd. Na pierwszym wspólnym synodzie zaproponowano heskiego prałata Wilhelma Diehla (1871-1944), podobnie jak 36-letniego pastora Wiesbaden Marktkirche, Ernsta Ludwiga Dietricha. Nazwisko to wywołało ostre protesty we wszystkich trzech kościołach regionalnych. Mimo to Dietrich został mianowany biskupem Nassau-Hesse przez biskupa Rzeszy Ludwiga Müllera 8 lutego 1934 roku. Sprawował swój urząd z zakazami i karami i był silnie wspierany w swojej administracji przez Berlin i regionalne kierownictwo partii.

W pierwszej połowie 1934 r. opozycja kościelna znacznie wzrosła. Od synodu konfesyjnego w Barmen (29-31 maja 1934 r.) wszędzie, także w Nassau-Hesse, powstawały wspólnoty konfesyjne, w których jednoczyli się nie tylko przeciwni sobie pastorzy, ale także parafianie i całe zbory. Na synodzie konfesyjnym w Dahlem w październiku 1934 r. opozycja ostatecznie oficjalnie zadeklarowała nieposłuszeństwo wobec bezprawnego reżimu kościelnego i wezwała kongregacje do podporządkowania się synodowi konfesyjnemu. Również w Nassau-Hesse duża liczba pastorów i zborów zadeklarowała odrzucenie Rzeszy i państwowych rządów kościelnych. Utworzono regionalną radę bractwa, która działała jako regionalne nadzwyczajne kierownictwo kościelne dla wyznających kongregacji. Polityka kościelna nazistowskiego rządu zawiodła.

Hitler odwołał hucznie zapowiadane przyjęcie biskupów regionalnych i uroczyste zaprzysiężenie biskupa Rzeszy; August Jäger, główny bohater Gleichschaltung, został zwolniony ze wszystkich swoich urzędów. Próba zjednoczenia kościołów regionalnych w jeden Kościół Rzeszy udała się niektórym, na przykład w Nassau Hesse, na poziomie oficjalnym, ale Kościół protestancki rozpadł się. Stopień, w jakim wpłynęło to na rząd Rzeszy, pokazało "przemówienie z Wiesbaden" wygłoszone przez ministra spraw wewnętrznych Rzeszy Wilhelma Fricka (1877-1946) 7 grudnia 1934 r., w którym stwierdził, że "antypaństwowe i zdradzieckie elementy" gromadzą się w opozycji kościelnej i potępił spory jako "kłótnie pastorów".

Wraz z innymi, Stuckart przedstawił swoją koncepcję przyszłej polityki kościelnej. Hitler mianował go sekretarzem stanu w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych Rzeszy. Zgodnie z propozycją Stuckarta, rząd Rzeszy miał powstrzymać się od wdrażania zasady Führera w kościele, ale administracja kościelna miała podlegać większej kontroli. Utworzono nowe Ministerstwo Spraw Kościelnych pod kierownictwem Hannsa Kerrla (1887-1941). Powołał on Komitet Kościelny Rzeszy z mniej lub bardziej neutralnymi osobistościami, a także regionalne komitety kościelne w "zniszczonych kościołach", w tym w Nassau-Hesse. Biskup Dietrich został zmuszony do zrzeczenia się swoich uprawnień; zachował jedynie swój tytuł. Regionalny komitet kościelny próbował złagodzić niektóre środki karne z czasów Dietricha. Ta druga faza sporów przyniosła jedynie zewnętrzną pacyfikację. Kościół Wyznający nie uznawał zarządzeń komisji kościelnych powołanych przez państwo.

Trzecia faza konfliktu rozpoczęła się w Nassau-Hesse w połowie 1937 r. rozporządzeniem ministerialnym: dotychczasowy szef regionalnego urzędu kościelnego, prezydent Paul Kipper, został mianowany jedynym zwierzchnikiem kościoła regionalnego. Były sędzia sądu okręgowego w Wiesbaden, Kipper, został szefem administracji kościelnej w Darmstadt w 1934 roku i dostosował się do systemu nazistowskiego.

Ponieważ jednak w tym czasie narodowy socjalizm stał się wyraźnie wrogi Kościołom i chrześcijaństwu, konflikty trwały nadal. Nawet podczas wojny represje państwowe wobec Kościoła w żaden sposób nie ustały. Pastorzy, w tym duchowni z Nassau, byli wysyłani do obozów koncentracyjnych. Kościołom odmówiono nauczania religii; kongregacje kościelne zostały pozbawione przedszkoli; chrzty nie mogły być już przeprowadzane w szpitalach; pastorzy mogli odwiedzać chorych w szpitalach tylko wtedy, gdy zostali o to poproszeni. Jednak najbardziej radykalnym środkiem w 1939 r. była segregacja "rasowo żydowskich chrześcijan" nie tylko z kongregacji, ale z kościoła protestanckiego w ogóle. Prezydent Kipper podpisał odpowiedni apel. Landesbruderrat gwałtownie zaprotestował - bez powodzenia.

Od stycznia 1939 r. różne grupy kościelne połączyły się, tworząc "Organizację Zjednoczeniową Nassau-Hessen". Przywódcami byli Friedrich Müller (1879-1947) z Darmstadt jako przedstawiciel "Centrum", nowo powstałej grupy niezdecydowanych, pastor Karl Veidt z ramienia Kościoła Wyznającego i biskup Dietrich jako przedstawiciel "Kościołów Regionalnych", jak nazywała się grupa pod jego przywództwem. Dietrich publicznie zdystansował się od swojej wcześniejszej drogi i żałował wszystkich środków, które poważnie dotknęły jego kolegów duchownych. Jednak nawet organizacja zjednoczeniowa nie była w stanie skierować nazistowskiego kursu władz kościelnych w innym kierunku.

Walka o to, jaki wpływ powinno mieć państwo na życie kościołów, doprowadziła do pewnego rodzaju oporu wobec polityki państwa, czego wielu z zaangażowanych w nią osób początkowo nie chciało. Doprowadziło to do tego, że zachodni alianci uznali Kościół Wyznający za grupę oporu po upadku, mimo że tak naprawdę nie chciał nią być.