Unul dintre obiectivele principale ale național-socialismului a fost crearea "unei adevărate comunități naționale". În acest scop, toate instituțiile și asociațiile independente trebuiau fie aliniate, fie dizolvate. În timp ce Biserica Catolică fusese "pacificată" prin încheierea unui concordat în iulie 1933, Biserica Protestantă trebuia să fie adusă în rând.

Doi avocați din Wiesbaden au fost responsabili de urmărirea acestui obiectiv la Berlin: secretarul de stat în cadrul Ministerului Prusiei al Culturii, Wilhelm Stuckart, și fostul judecător al Curții districtuale din Wiesbaden, August Jäger. Amândoi au avut succes inițial. Cu sprijinul personal al lui Hitler, ei au reușit să preia puterea în majoritatea bisericilor regionale protestante. În cadrul unei "alegeri bisericești" desfășurate la nivel național la 22 iulie 1933, majoritatea consiliilor și sinodurilor bisericești au fost ocupate de național-socialiști și "creștini germani", susținători ai partidului bisericesc NSDAP.

Deoarece statul nazist era extrem de prietenos cu bisericile la acea vreme, nu a existat aproape nicio rezistență. Acest lucru s-a schimbat doar atunci când sinoadele au adoptat "paragraful arian" din Legea Reichului privind restaurarea serviciului civil profesional din 7 aprilie 1933, conform căruia numai pastorii "pur arieni" - fără părinți sau bunici evrei - aveau voie să oficieze în biserică. Un singur pastor, Karl Amborn (1890-1952) din Braubach, s-a opus acestei decizii la "Brauner Landeskirchentag" al Bisericii Evanghelice din Nassau din 12 septembrie 1933 de la Wiesbaden, însă 60 de pastori semnaseră deja angajamentul "Pfarrernotbund" cu o zi înainte la Berlin. Prin acest angajament, ei promiteau să protejeze biserica împotriva influențelor externe și să își susțină colegii pastori afectați de rezoluțiile sinodale.

În anii următori, Pfarrernotbund s-a transformat în coloana vertebrală a opoziției bisericești; liderul său a fost pastorul Martin Niemöller. În câteva săptămâni, câteva mii de pastori s-au alăturat organizației, inclusiv unii pastori din Wiesbaden. În schimb, asociațiile creștinilor germani din Nassau s-au desființat complet până la sfârșitul anului 1933. La acest lucru a contribuit și faptul că congresul regional al bisericii, prezidat de August Jäger, l-a forțat pe episcopul regional din Nassau, August Kortheuer, să renunțe la funcție într-un mod nedemn.

Cea mai importantă decizie a congresului bisericesc regional a fost unificarea Bisericii Evanghelice din Nassau cu cele două biserici regionale din Hesse-Darmstadt și Frankfurt pe Main. Hesse-Kassel a anulat unificarea în ultimul moment. În noua biserică regională, care a primit numele de Nassau-Hessen, Hesse-Darmstadt a revendicat funcția de conducere. La primul sinod comun, a fost propus prelatul hessen Wilhelm Diehl (1871-1944), precum și pastorul de 36 de ani al Marktkirche din Wiesbaden, Ernst Ludwig Dietrich. Acest nume a declanșat proteste vehemente în toate cele trei biserici regionale. Cu toate acestea, Dietrich a fost numit episcop de Nassau-Hesse de către episcopul Reichului Ludwig Müller la 8 februarie 1934. El și-a exercitat funcția cu interdicții și pedepse și a fost puternic susținut în administrația sa de Berlin și de conducerea regională a partidului.

În prima jumătate a anului 1934, opoziția bisericească crescuse considerabil. De la sinodul confesional de la Barmen (29-31 mai 1934), apăruseră peste tot, inclusiv în Nassau-Hesse, comunități confesionale în care erau uniți nu numai pastorii care se opuneau, ci și enoriași și congregații întregi. La sinodul confesional de la Dahlem din octombrie 1934, opoziția și-a declarat în sfârșit în mod oficial nesupunerea față de regimul bisericesc ilegal și a cerut congregațiilor să se supună în schimb sinodului confesional. În Nassau-Hesse, de asemenea, un număr mare de pastori și de congregații și-au declarat respingerea Reichului și a guvernelor bisericești de stat. A fost înființat un consiliu frățesc regional, care a acționat ca o conducere bisericească regională de urgență pentru congregațiile mărturisitoare. Politica bisericească a guvernului nazist a eșuat.

Hitler a anulat primirea episcopilor regionali, anunțată cu mare fast, și ceremonia de depunere a jurământului de către episcopul Reichului; August Jäger, principalul protagonist al Gleichschaltung, a fost eliberat din toate funcțiile sale. Încercarea de a forța bisericile regionale să formeze o Biserică unificată a Reichului a funcționat pentru unele, cum ar fi în Nassau Hesse, la nivel oficial, însă Biserica Protestantă s-a destrămat. Măsura în care guvernul Reichului a fost afectat a fost demonstrată de "Discursul de la Wiesbaden" ținut de ministrul de interne al Reichului, Wilhelm Frick (1877-1946), la 7 decembrie 1934, în care acesta susținea că "elemente anti-statale și trădătoare" se adunau în opoziția bisericească și descria disputele ca fiind o "ceartă a pastorilor".

Alături de alții, Stuckart și-a prezentat conceptul pentru o viitoare politică bisericească. Hitler l-a numit secretar de stat în Ministerul de Interne al Reichului. Conform propunerii lui Stuckart, guvernul Reichului urma să se abțină de la punerea în aplicare a principiului Führerului în biserică, dar administrația bisericii urma să fie supusă unui control sporit. Sub conducerea lui Hanns Kerrl (1887-1941), a fost creat un nou minister pentru afaceri bisericești. Acesta a înființat un Comitet bisericesc al Reichului cu personalități mai mult sau mai puțin neutre, precum și comitete bisericești regionale în "bisericile distruse", care includeau Nassau-Hesse. Episcopul Dietrich a fost forțat să renunțe la puterile sale; el și-a păstrat doar titlul. Comitetul bisericesc regional a încercat să atenueze unele dintre măsurile punitive din timpul lui Dietrich. Această a doua fază a disputelor a adus doar o pacificare exterioară. Biserica Mărturisitoare nu recunoștea ordinele comitetelor bisericești numite de stat.

A treia fază a conflictului a început în Nassau-Hesse la mijlocul anului 1937 printr-un ordin ministerial: fostul șef al biroului bisericesc regional, președintele Paul Kipper, a fost numit singurul șef al bisericii regionale. Kipper, fost judecător la tribunalul districtual din Wiesbaden, devenise șeful administrației bisericești din Darmstadt în 1934 și se adaptase la sistemul nazist.

Cu toate acestea, deoarece național-socialismul a devenit recunoscut ca fiind ostil bisericilor și creștinismului în această perioadă, conflictele au continuat. Chiar și în timpul războiului, represiunea statului împotriva bisericii nu a încetat deloc. Pastorii, inclusiv clericii din Nassau, au fost trimiși în lagăre de concentrare. Instruirile religioase au fost refuzate bisericilor; congregațiile bisericești au fost private de grădinițele lor; botezurile nu mai puteau fi efectuate în spitale; pastorii aveau voie să viziteze bolnavii din spitale doar dacă li se cerea acest lucru. Cu toate acestea, cea mai radicală măsură din 1939 a fost segregarea "creștinilor evrei rasiali" nu numai din congregații, ci și din biserica protestantă în general. Președintele Kipper a co-semnat apelul corespunzător. Landesbruderrat a protestat vehement - fără succes.

Din ianuarie 1939, diferitele grupuri bisericești au fuzionat pentru a forma "Organizația de unificare Nassau-Hessen". Liderii erau Friedrich Müller (1879-1947) din Darmstadt ca reprezentant al "Centrului", un grup de nehotărâți care se formase recent, pastorul Karl Veidt pentru Biserica Mărturisitoare și episcopul Dietrich ca reprezentant al "Bisericilor regionale", așa cum se autointitula grupul sub conducerea sa. Dietrich se distanțase public de calea sa anterioară și regreta toate măsurile care îi afectaseră grav pe colegii săi slujitori. Cu toate acestea, nici măcar organizația de unificare nu a reușit să orienteze cursul nazist al autorităților bisericești într-o altă direcție.

Lupta cu privire la problema influenței pe care statul ar trebui să o aibă asupra vieții bisericilor a dus la un fel de rezistență la politica statului, pe care mulți dintre cei implicați aici nu și-o doreau inițial. Acest lucru a condus la recunoașterea de către aliații occidentali a Bisericii Mărturisitoare ca grup de rezistență după prăbușire, chiar dacă aceasta nu a vrut să fie de fapt unul.