Одной из главных целей национал-социализма было создание "истинного национального сообщества". Для этого все независимые институты и ассоциации должны были быть либо приведены в соответствие, либо распущены. В то время как католическая церковь была "умиротворена" заключением конкордата в июле 1933 года, протестантская церковь должна была быть приведена в соответствие.

За достижение этой цели в Берлине отвечали два юриста из Висбадена: статс-секретарь прусского министерства культуры Вильгельм Штукарт и бывший судья окружного суда Висбадена Август Йегер. Поначалу оба добились успеха. При личной поддержке Гитлера им удалось захватить власть в большинстве протестантских региональных церквей. В ходе общенациональных "церковных выборов" 22 июля 1933 года большинство церковных советов и синодов заполнили национал-социалисты и "немецкие христиане", сторонники церковной партии НСДАП.

Поскольку нацистское государство в то время было чрезвычайно дружелюбно к церкви, сопротивления почти не было. Синоды приняли "арийский параграф" из рейхзакона о восстановлении профессиональной гражданской службы от 7 апреля 1933 года, согласно которому к священнослужению допускались только "чисто арийские" пасторы - без еврейских родителей или бабушек и дедушек. Только один пастор, Карл Амборн (1890-1952) из Браубаха, возражал против этого решения на "Браунер ландскирхентаг" Евангелической церкви в Нассау 12 сентября 1933 года в Висбадене, но 60 пасторов уже подписали накануне в Берлине клятву "Пфаррнотбунд". В нем они обещали защищать церковь от внешнего влияния и отстаивать своих собратьев, пострадавших от синодальных постановлений.

В последующие годы Пфаррнотбунд превратился в костяк церковной оппозиции; его лидером стал пастор Мартин Нимёллер. В течение нескольких недель в организацию вступили несколько тысяч пасторов, в том числе несколько пасторов в Висбадене. В отличие от этого, объединения немецких христиан в Нассау к концу 1933 года полностью распались. Этому способствовало и то, что региональный церковный съезд под председательством Августа Егера недостойным образом отстранил от должности регионального епископа Нассау Августа Кортхойера.

Важнейшим решением регионального церковного съезда стало объединение Евангелической церкви Нассау с двумя региональными церквями Гессен-Дармштадта и Франкфурта-на-Майне. Гессен-Кассель в последний момент отменил объединение. В новой региональной церкви, получившей название Нассау-Гессен, Гессен-Дармштадт претендовал на ведущее положение. На первом совместном синоде был предложен гессенский прелат Вильгельм Диль (1871-1944), а также 36-летний пастор Висбаденской Маркткирхе Эрнст Людвиг Дитрих. Это имя вызвало яростный протест во всех трех региональных церквях. Тем не менее, 8 февраля 1934 года Дитрих был назначен рейхсканцлером Людвигом Мюллером епископом Нассау-Гессенским. Он исполнял свои обязанности с помощью запретов и наказаний и пользовался большой поддержкой Берлина и регионального партийного руководства.

В первой половине 1934 года церковная оппозиция значительно усилилась. После конфессионального синода в Бармене (29-31 мая 1934 года) повсеместно, в том числе и в Нассау-Гессене, возникли конфессиональные общины, в которых объединялись не только противоборствующие пасторы, но и прихожане и целые общины. На конфессиональном синоде в Далеме в октябре 1934 года оппозиция наконец официально заявила о своем неповиновении незаконному церковному режиму и призвала общины подчиниться вместо этого конфессиональному синоду. В Нассау-Гессене также большое количество пасторов и общин заявили о своем неприятии рейха и государственных церковных властей. Был основан региональный братский совет, который действовал как региональное чрезвычайное церковное руководство для исповедующих общин. Церковная политика нацистского правительства потерпела крах.

Гитлер отменил торжественный прием региональных епископов и церемонию приведения к присяге рейхсканцлера; Август Егер, главный герой "Глейхсхалтунга", был освобожден от всех своих должностей. Попытка объединить региональные церкви в единую рейхсцерковь на официальном уровне принесла свои плоды, например, в Нассау-Гессене, но протестантская церковь распалась на части. О том, в какой степени правительство Рейха было затронуто этой проблемой, свидетельствует "Висбаденская речь", произнесенная рейхсминистром внутренних дел Вильгельмом Фриком (1877-1946) 7 декабря 1934 года, в которой он заявил, что в церковной оппозиции собираются "антигосударственные и предательские элементы", и назвал споры "пасторскими разборками".

Вместе с другими Штукарт представил свою концепцию будущей церковной политики. Гитлер назначил его статс-секретарем в рейхсминистерстве внутренних дел. Согласно предложению Штукарта, рейхсправительство должно было воздержаться от реализации принципа фюрера в церкви, но церковная администрация должна была подвергнуться большему контролю. Было создано новое министерство по делам церкви под руководством Ханнса Керрля (1887-1941). Он создал Рейхсцерковный комитет с более или менее нейтральными деятелями, а также региональные церковные комитеты в "разрушенных церквях", в число которых входил и Нассау-Гессен. Епископ Дитрих был вынужден отказаться от своих полномочий; он сохранил только свой титул. Региональный церковный комитет попытался смягчить некоторые карательные меры времен Дитриха. Эта вторая фаза споров принесла лишь внешнее умиротворение. Исповедующая церковь не признавала распоряжений церковных комитетов, назначенных государством.

Третья фаза конфликта началась в Нассау-Гессе в середине 1937 года с министерского распоряжения: прежний глава регионального церковного управления, президент Пауль Киппер, был назначен единоличным главой региональной церкви. Бывший судья окружного суда Висбадена Киппер возглавил церковное управление в Дармштадте в 1934 году и адаптировался к нацистской системе.

Однако, поскольку национал-социализм в это время стал явно враждебным по отношению к церквям и христианству, конфликты продолжались. Даже во время войны государственные репрессии против церкви не ослабевали. Пасторов, в том числе священнослужителей из Нассау, отправляли в концентрационные лагеря. В церквях запрещалось преподавание религии, церковные общины лишались детских садов, в больницах запрещалось совершать крещение, пасторам разрешалось посещать больных в больницах только по их просьбе. Однако самой радикальной мерой в 1939 году стала сегрегация "расово еврейских христиан" не только из общин, но и из протестантской церкви в целом. Президент Киппер подписал соответствующее обращение. Ландесбрудеррат выразил решительный протест, но безуспешно.

С января 1939 года различные церковные группы объединились в "Организацию объединения Нассау-Гессен". Лидерами организации стали Фридрих Мюллер (1879-1947) из Дармштадта как представитель "Центра", недавно образовавшейся группы неопределившихся, пастор Карл Вейдт от Исповедующей церкви и епископ Дитрих как представитель "Региональных церквей", как называла себя группа под его руководством. Дитрих публично дистанцировался от своего прежнего пути и выразил сожаление по поводу всех мер, от которых сильно пострадали его коллеги-служители. Однако даже объединительная организация не смогла направить нацистский курс церковных властей в другое русло.

Борьба вокруг вопроса о том, какое влияние должно оказывать государство на жизнь церквей, привела к своеобразному сопротивлению государственной политике, чего многие из тех, кто был вовлечен в нее, изначально не хотели. Это привело к тому, что после краха западные союзники признали Исповедующую церковь группой сопротивления, хотя на самом деле она не хотела ею быть.