Uno de los principales objetivos del nacionalsocialismo era crear "una verdadera comunidad nacional". Para ello, todas las instituciones y asociaciones independientes debían alinearse o disolverse. Mientras que la Iglesia Católica había sido "pacificada" mediante la firma de un concordato en julio de 1933, la Iglesia Protestante debía ser alineada.

Dos abogados de Wiesbaden se encargaron de perseguir este objetivo en Berlín: el Secretario de Estado del Ministerio de Cultura prusiano, Wilhelm Stuckart, y el antiguo juez del Tribunal de Distrito de Wiesbaden August Jäger. Ambos tuvieron éxito al principio. Con el apoyo personal de Hitler, consiguieron hacerse con el poder en la mayoría de las iglesias regionales protestantes. En unas "elecciones eclesiásticas" celebradas en todo el país el 22 de julio de 1933, la mayoría de los consejos y sínodos eclesiásticos se llenaron de nacionalsocialistas y "cristianos alemanes", los partidarios eclesiásticos del NSDAP.

Como el Estado nazi era muy favorable a la Iglesia, apenas hubo resistencia. Esto sólo cambió cuando los sínodos aprobaron el "párrafo ario" de la Ley del Reich sobre la Restauración de la Función Pública Profesional, de 7 de abril de 1933, según el cual sólo los pastores "puramente arios" -sin ningún progenitor o abuelo judío- podían oficiar en la iglesia. Sólo un pastor, Karl Amborn (1890-1952) de Braubach, se opuso a esta decisión en el "Brauner Landeskirchentag" de la Iglesia Evangélica de Nassau el 12 de septiembre de 1933 en Wiesbaden, pero 60 pastores ya habían firmado el compromiso de la "Pfarrernotbund" el día anterior en Berlín. Prometieron proteger a la Iglesia de influencias externas y defender a los ministros afectados por las resoluciones sinodales.

En los años siguientes, la Pfarrernotbund se convirtió en la columna vertebral de la oposición eclesiástica; su líder era el pastor Martin Niemöller. En pocas semanas, varios miles de pastores se unieron a la organización, entre ellos algunos de Wiesbaden. En cambio, las asociaciones de cristianos alemanes de Nassau se habían disuelto por completo a finales de 1933. A ello contribuyó también el hecho de que el congreso eclesiástico regional bajo la presidencia de August Jäger había forzado indignamente la destitución del obispo regional de Nassau August Kortheuer.

La decisión más importante del congreso eclesiástico regional fue la unificación de la Iglesia Evangélica de Nassau con las dos iglesias regionales de Hesse-Darmstadt y Fráncfort del Meno. Hesse-Kassel canceló la unificación en el último momento. En la nueva iglesia regional, que recibió el nombre de Nassau-Hessen, Hesse-Darmstadt reclamó el cargo principal. En el primer sínodo conjunto se propuso al prelado de Hesse Wilhelm Diehl (1871-1944) y al párroco de 36 años de la Marktkirche de Wiesbaden, Ernst Ludwig Dietrich. Este nombre desencadenó feroces protestas en las tres iglesias regionales. No obstante, Dietrich fue nombrado obispo de Nassau-Hesse por el obispo del Reich Ludwig Müller el 8 de febrero de 1934. Ejerció su cargo con prohibiciones y castigos y fue fuertemente apoyado en su gestión por Berlín y la dirección regional del partido.

En la primera mitad de 1934, la oposición eclesiástica había crecido considerablemente. Desde el sínodo confesional de Barmen (29-31 de mayo de 1934) habían surgido comunidades confesionales por todas partes, también en Nassau-Hesse, en las que no sólo se unían los párrocos opositores, sino también feligreses y congregaciones enteras. En el sínodo confesional celebrado en Dahlem en octubre de 1934, la oposición declaró por fin oficialmente su desobediencia al régimen eclesiástico ilegal y pidió a las congregaciones que se sometieran en su lugar al sínodo confesional. También en Nassau-Hesse un gran número de pastores y congregaciones declararon su rechazo al gobierno eclesiástico del Reich y del Estado. Se fundó un consejo regional de hermandad, que actuó como dirección eclesiástica regional de emergencia para las congregaciones confesionales. La política eclesiástica del gobierno nazi había fracasado.

Hitler canceló la grandiosa recepción de los obispos regionales y la ceremonia de toma de posesión del obispo del Reich; August Jäger, el principal protagonista de la Gleichschaltung, fue relevado de todos sus cargos. El intento de forzar a las iglesias regionales a formar una Iglesia del Reich unificada había funcionado para algunas, como en Nassau Hesse, a nivel oficial, pero la Iglesia protestante se había roto en pedazos. El "Discurso de Wiesbaden" pronunciado por el ministro del Interior del Reich, Wilhelm Frick (1877-1946), el 7 de diciembre de 1934, demostró hasta qué punto el gobierno del Reich estaba afectado. En él afirmaba que en la oposición eclesiástica se estaban reuniendo "elementos antiestatales y traidores" y tachaba las disputas de "trifulca de pastores".

Junto con otros, Stuckart presentó su concepto para una futura política eclesiástica. Hitler le nombró Secretario de Estado en el Ministerio del Interior del Reich. Según la propuesta de Stuckart, el gobierno del Reich debía abstenerse de aplicar el principio del Führer en la Iglesia, pero la administración eclesiástica debía estar sujeta a un mayor control. Se creó un nuevo Ministerio de Asuntos Eclesiásticos bajo la dirección de Hanns Kerrl (1887-1941). Estableció un Comité Eclesiástico del Reich con personalidades más o menos neutrales, así como comités eclesiásticos regionales en las "iglesias destruidas", entre las que se encontraba Nassau-Hesse. El obispo Dietrich fue obligado a renunciar a sus poderes; sólo conservó su título. El comité eclesiástico regional intentó mitigar algunas de las medidas punitivas de la época de Dietrich. Esta segunda fase de las disputas sólo trajo una pacificación exterior. La Iglesia Confesante no reconoció las órdenes de los comités eclesiásticos nombrados por el Estado.

La tercera fase del conflicto comenzó en Nassau-Hesse a mediados de 1937 con una orden ministerial: el anterior jefe de la oficina eclesiástica regional, el presidente Paul Kipper, fue nombrado jefe único de la iglesia regional. Kipper, antiguo juez del tribunal de distrito de Wiesbaden, se había convertido en 1934 en jefe de la administración eclesiástica de Darmstadt y se había adaptado al sistema nazi.

Sin embargo, como el nacionalsocialismo se volvió reconocidamente hostil a las iglesias y al cristianismo durante esta época, los conflictos continuaron. Incluso durante la guerra, la represión estatal contra la Iglesia no disminuyó en absoluto. Los pastores, incluidos los clérigos de Nassau, fueron enviados a campos de concentración. Se negó la enseñanza religiosa a las iglesias; se privó a las congregaciones eclesiásticas de sus jardines de infancia; ya no se permitía celebrar bautizos en los hospitales; los pastores sólo podían visitar a los enfermos en los hospitales si se lo pedían. Sin embargo, la medida más radical en 1939 fue la segregación de los "cristianos racialmente judíos" no sólo de las congregaciones, sino de la iglesia protestante en general. El presidente Kipper había suscrito el correspondiente llamamiento. El Landesbruderrat protestó vehementemente - sin éxito.

Desde enero de 1939, los distintos grupos eclesiásticos se habían fusionado para formar la "Organización para la Unificación de Nassau-Hessen". Los líderes eran Friedrich Müller (1879-1947) de Darmstadt como representante del "Centro", un grupo de indecisos que acababa de formarse, el pastor Karl Veidt por la Iglesia Confesante y el obispo Dietrich como representante de las "Iglesias Regionales", como se autodenominaba el grupo bajo su liderazgo. Dietrich se había distanciado públicamente de su trayectoria anterior y lamentaba todas las medidas que habían afectado gravemente a sus compañeros de ministerio. Sin embargo, ni siquiera la organización para la unificación pudo encauzar en otra dirección el rumbo nazi de las autoridades eclesiásticas.

La lucha en torno a la cuestión de qué influencia debía tener el Estado en la vida de las iglesias había dado lugar a una especie de resistencia a la política estatal, que muchos de los implicados no habían deseado en un principio. Esto llevó a que los aliados occidentales reconocieran a la Iglesia Confesante como grupo de resistencia tras el colapso, aunque en realidad no hubiera querido serlo.