Uno degli obiettivi principali del nazionalsocialismo era quello di creare "una vera comunità nazionale". A tal fine, tutte le istituzioni e le associazioni indipendenti dovevano essere allineate o sciolte. Mentre la Chiesa cattolica era stata "pacificata" con la conclusione di un concordato nel luglio 1933, la Chiesa protestante doveva essere allineata.

Due avvocati di Wiesbaden furono incaricati di perseguire questo obiettivo a Berlino: il Segretario di Stato del Ministero prussiano della Cultura, Wilhelm Stuckart, e l'ex giudice del tribunale distrettuale di Wiesbaden August Jäger. Entrambi ebbero inizialmente successo. Con il sostegno personale di Hitler, riuscirono a prendere il potere nella maggior parte delle chiese regionali protestanti. In una "elezione ecclesiastica" a livello nazionale, il 22 luglio 1933, la maggioranza dei consigli ecclesiastici e dei sinodi fu occupata da nazionalsocialisti e "cristiani tedeschi", i partiti ecclesiastici sostenitori del NSDAP.

Poiché all'epoca lo Stato nazista era estremamente favorevole alla Chiesa, non ci fu quasi alcuna resistenza. La situazione cambiò solo quando i sinodi approvarono il "paragrafo ariano" della Legge del Reich sul ripristino del servizio civile professionale del 7 aprile 1933, secondo il quale solo i pastori "puramente ariani" - senza genitori o nonni ebrei - potevano officiare in chiesa. Solo un pastore, Karl Amborn (1890-1952) di Braubach, si oppose a questa decisione durante il "Brauner Landeskirchentag" della Chiesa evangelica di Nassau, il 12 settembre 1933 a Wiesbaden, ma 60 pastori avevano già firmato la promessa del "Pfarrernotbund" il giorno prima a Berlino. In essa promettevano di proteggere la Chiesa da influenze esterne e di sostenere i loro colleghi ministri colpiti dalle risoluzioni sinodali.

Negli anni successivi, il Pfarrernotbund divenne la spina dorsale dell'opposizione della Chiesa; il suo leader era il pastore Martin Niemöller. Nel giro di poche settimane, diverse migliaia di pastori aderirono all'organizzazione, compresi alcuni pastori di Wiesbaden. Al contrario, le associazioni di cristiani tedeschi a Nassau si erano completamente sciolte alla fine del 1933. A ciò contribuì anche il fatto che il congresso ecclesiastico regionale, presieduto da August Jäger, aveva costretto il vescovo regionale di Nassau August Kortheuer a lasciare il suo incarico in modo indegno.

La decisione più importante del congresso ecclesiastico regionale fu l'unificazione della Chiesa evangelica di Nassau con le due chiese regionali di Assia-Darmstadt e Francoforte sul Meno. L'Assia-Kassel annullò l'unificazione all'ultimo momento. Nella nuova Chiesa regionale, che prese il nome di Nassau-Hessen, l'Assia-Darmstadt rivendicò la carica principale. Al primo sinodo congiunto, furono proposti il prelato dell'Assia Wilhelm Diehl (1871-1944) e il 36enne parroco della Marktkirche di Wiesbaden, Ernst Ludwig Dietrich. Questo nome suscitò aspre proteste in tutte e tre le Chiese regionali. Tuttavia, Dietrich fu nominato vescovo di Nassau-Hesse dal vescovo del Reich Ludwig Müller l'8 febbraio 1934. Esercitò la sua carica con divieti e punizioni e fu fortemente sostenuto nella sua amministrazione da Berlino e dalla leadership regionale del partito.

Nella prima metà del 1934, l'opposizione ecclesiastica era cresciuta notevolmente. Dopo il sinodo confessionale di Barmen (29-31 maggio 1934), erano sorte ovunque, anche a Nassau-Hesse, comunità confessionali in cui erano riuniti non solo i pastori avversari, ma anche parrocchiani e intere congregazioni. Al sinodo confessionale di Dahlem dell'ottobre 1934, l'opposizione dichiarò infine ufficialmente la propria disobbedienza al regime ecclesiastico illegale e invitò le congregazioni a sottomettersi invece al sinodo confessionale. Anche a Nassau-Hesse un gran numero di pastori e di congregazioni dichiarò il proprio rifiuto del governo del Reich e della Chiesa di Stato. Fu fondato un consiglio regionale della fratellanza, che fungeva da guida regionale di emergenza per le congregazioni confessanti. La politica ecclesiastica del governo nazista era fallita.

Hitler annullò l'annunciato ricevimento dei vescovi regionali e la cerimonia di giuramento del vescovo del Reich; August Jäger, il principale protagonista della Gleichschaltung, fu sollevato da tutti i suoi incarichi. Il tentativo di costringere le chiese regionali in una Chiesa del Reich unificata aveva funzionato per alcuni, come nell'Assia di Nassau, a livello ufficiale, ma la Chiesa protestante si era spaccata. La misura in cui il governo del Reich ne fu colpito fu dimostrata dal "Discorso di Wiesbaden" tenuto dal Ministro degli Interni del Reich Wilhelm Frick (1877-1946) il 7 dicembre 1934, in cui affermò che "elementi antistatali e traditori" si stavano radunando nell'opposizione ecclesiastica e denunciò le dispute come un "bisticcio di pastori".

Insieme ad altri, Stuckart presentò il suo concetto per una futura politica ecclesiastica. Hitler lo nominò Segretario di Stato del Ministero degli Interni del Reich. Secondo la proposta di Stuckart, il governo del Reich doveva astenersi dall'applicare il principio del Führer nella Chiesa, ma l'amministrazione ecclesiastica doveva essere soggetta a un maggiore controllo. Fu creato un nuovo Ministero per gli Affari ecclesiastici sotto la guida di Hanns Kerrl (1887-1941). Egli istituì un Comitato ecclesiastico del Reich con personalità più o meno neutrali e comitati ecclesiastici regionali nelle "chiese distrutte", tra cui Nassau-Hesse. Il vescovo Dietrich fu costretto a rinunciare ai suoi poteri; mantenne solo il titolo. Il comitato ecclesiastico regionale cercò di mitigare alcune delle misure punitive dell'epoca di Dietrich. Questa seconda fase delle dispute portò solo una pacificazione esteriore. La Chiesa confessante non riconosceva gli ordini dei comitati ecclesiastici nominati dallo Stato.

La terza fase del conflitto iniziò a Nassau-Hesse a metà del 1937 con un'ordinanza ministeriale: il precedente capo dell'ufficio ecclesiastico regionale, il presidente Paul Kipper, fu nominato unico capo della chiesa regionale. L'ex giudice del tribunale distrettuale di Wiesbaden, Kipper, era diventato capo dell'amministrazione ecclesiastica di Darmstadt nel 1934 e si era adattato al sistema nazista.

Tuttavia, poiché in quel periodo il nazionalsocialismo divenne chiaramente ostile alle chiese e al cristianesimo, i conflitti continuarono. Anche durante la guerra, la repressione statale contro la Chiesa non diminuì affatto. I pastori, compresi quelli di Nassau, furono inviati nei campi di concentramento. Alle chiese fu negata l'istruzione religiosa; le congregazioni ecclesiastiche furono private dei loro asili; i battesimi non poterono più essere celebrati negli ospedali; ai pastori fu permesso di visitare i malati negli ospedali solo su richiesta. Tuttavia, la misura più radicale del 1939 fu la segregazione dei "cristiani razzialmente ebrei" non solo dalle congregazioni, ma dalla Chiesa protestante in generale. Il presidente Kipper aveva co-firmato il relativo appello. Il Landesbruderrat protestò con veemenza, ma senza successo.

Dal gennaio 1939, i vari gruppi ecclesiastici si erano fusi per formare l'"Organizzazione per l'unificazione del Nassau-Hessen". I leader erano Friedrich Müller (1879-1947) di Darmstadt come rappresentante del "Centro", un gruppo di indecisi che si era appena formato, il pastore Karl Veidt per la Chiesa confessante e il vescovo Dietrich come rappresentante delle "Chiese regionali", come il gruppo si chiamava sotto la sua guida. Dietrich aveva preso pubblicamente le distanze dal suo percorso precedente e si rammaricava di tutte le misure che avevano colpito duramente i suoi colleghi ministri. Tuttavia, nemmeno l'organizzazione per l'unificazione fu in grado di indirizzare il corso nazista delle autorità ecclesiastiche in una direzione diversa.

La lotta sulla questione dell'influenza che lo Stato doveva avere sulla vita delle Chiese aveva portato a una sorta di resistenza alla politica statale, che molti dei partecipanti non avevano inizialmente voluto. Questo portò gli Alleati occidentali a riconoscere la Chiesa confessante come gruppo di resistenza dopo il crollo, anche se in realtà non aveva voluto esserlo.