Една от основните цели на националсоциализма е да създаде "истинска национална общност". За тази цел всички независими институции и сдружения трябваше или да бъдат приведени в съответствие, или да бъдат разпуснати. Докато Католическата църква беше "успокоена" чрез сключването на конкордат през юли 1933 г., Протестантската църква трябваше да бъде приведена в съответствие.

Двама юристи от Висбаден са отговорни за преследването на тази цел в Берлин: държавният секретар в пруското Министерство на културата Вилхелм Щукарт и бившият съдия от окръжния съд във Висбаден Аугуст Йегер. И двамата първоначално постигат успех. С личната подкрепа на Хитлер те успяват да завземат властта в повечето протестантски регионални църкви. На общонационалните "църковни избори" на 22 юли 1933 г. мнозинството от църковните съвети и синоди са попълнени с националсоциалисти и "германски християни", поддръжници на църковната партия NSDAP.

Тъй като по това време нацистката държава е изключително благосклонна към църквата, почти не е имало съпротива. Това се променя едва когато синодите приемат "арийския параграф" от Райхзакона за възстановяване на професионалната държавна служба от 7 април 1933 г., според който само "чисто арийски" пастори - без родители или баби и дядовци евреи - имат право да служат в църквата. Само един пастор, Карл Амборн (1890-1952) от Браубах, възразява срещу това решение на "Brauner Landeskirchentag" на Евангелската църква в Насау на 12 септември 1933 г. във Висбаден, но 60 пастори вече са подписали обещанието на "Pfarrernotbund" ден по-рано в Берлин. В него те обещават да защитават църквата от външно влияние и да се застъпват за своите колеги свещенослужители, засегнати от синодалните решения.

През следващите години "Pfarrernotbund" се превръща в гръбнака на църковната опозиция; негов лидер е пастор Мартин Ниймьолер. В рамките на няколко седмици към организацията се присъединяват няколко хиляди пастори, включително и някои пастори във Висбаден. За разлика от тях сдруженията на германските християни в Насау са напълно разпуснати до края на 1933 г. За това допринася и фактът, че регионалният църковен конгрес под председателството на Аугуст Йегер е принудил по недостоен начин регионалния епископ на Насау Аугуст Кортхойер да напусне поста си.

Най-важното решение на регионалния църковен конгрес беше обединението на Евангелската църква в Насау с двете регионални църкви в Хесен-Дармщат и Франкфурт на Майн. Хесен-Касел отмени обединението в последния момент. В новата регионална църква, която получава името Насау-Хесен, Хесен-Дармщат претендира за ръководен пост. На първия съвместен синод е предложен хесенският прелат Вилхелм Дил (1871-1944), както и 36-годишният пастор на Маркткирхе във Висбаден Ернст Лудвиг Дитрих. Това име предизвиква ожесточени протести и в трите регионални църкви. Въпреки това на 8 февруари 1934 г. Дитрих е назначен за епископ на Насау-Хесе от райх-епископа Лудвиг Мюлер. Той упражнява длъжността си със забрани и наказания и е силно подкрепян в управлението си от Берлин и регионалното партийно ръководство.

През първата половина на 1934 г. църковната опозиция се е разраснала значително. След конфесионалния синод в Бармен (29-31 май 1934 г.) навсякъде, включително и в Насау-Хесе, са възникнали конфесионални общности, в които са се обединили не само противопоставящите се пастори, но и енориаши и цели общини. На конфесионалния синод в Далем през октомври 1934 г. опозицията най-накрая официално заявява неподчинението си на незаконния църковен режим и призовава общините да се подчинят вместо нея на конфесионалния синод. В Насау-Хесе също голям брой пастори и конгрегации декларират своето отхвърляне на райхското и държавното църковно управление. Основан е регионален братски съвет, който действа като регионално извънредно църковно ръководство за изповядващите се общини. Църковната политика на нацисткото правителство се провали.

Хитлер отменя грандиозно обявения прием на регионалните епископи и тържественото полагане на клетва от райх-епископа; Аугуст Йегер, главният герой на Глейхщалтунг, е освободен от всички свои длъжности. Опитът да се принудят регионалните църкви да се включат в единна Райхцърква е проработил за някои от тях, като например в Насау Хесен, на официално ниво, но протестантската църква се е разпаднала. Степента, до която е засегнато правителството на Райха, се вижда от "висбаденската реч", произнесена от министъра на вътрешните работи на Райха Вилхелм Фрик (1877-1946 г.) на 7 декември 1934 г., в която той твърди, че в църковната опозиция се събират "антидържавни и предателски елементи", и обявява споровете за "кавга на пасторите".

Заедно с други, Щукарт представя своята концепция за бъдеща църковна политика. Хитлер го назначава за държавен секретар в Министерството на вътрешните работи на Райха. Според предложението на Щукарт правителството на Райха трябваше да се въздържа от прилагане на фюрерския принцип в църквата, но църковната администрация трябваше да бъде подложена на по-голям контрол. Създадено е ново Министерство по църковните въпроси под ръководството на Ханс Керъл (1887-1941). Той създава Райхцърковен комитет с повече или по-малко неутрални личности, както и регионални църковни комитети в "разрушените църкви", сред които е и Насау-Хесе. Епископ Дитрих е принуден да се откаже от правомощията си; той запазва само титлата си. Регионалният църковен комитет се опитва да смекчи някои от наказателните мерки от времето на Дитрих. Тази втора фаза на споровете донася само външно успокоение. Изповядващата църква не признава заповедите на църковните комитети, назначени от държавата.

Третата фаза на конфликта започва в Насау-Хесе в средата на 1937 г. с министерска заповед: предишният ръководител на регионалното църковно ведомство, президентът Паул Кипер, е назначен за едноличен ръководител на регионалната църква. Бившият съдия от окръжния съд във Висбаден Кипер е станал ръководител на църковната администрация в Дармщат през 1934 г. и се е адаптирал към нацистката система.

Въпреки това, тъй като по това време националсоциализмът става разпознаваемо враждебен към църквите и християнството, конфликтите продължават. Дори по време на войната държавните репресии срещу църквата по никакъв начин не намаляват. Пастори, включително духовници от Насау, са изпращани в концентрационни лагери. В църквите е отказано религиозно обучение; църковните общини са лишени от детските си градини; кръщенета вече не е позволено да се извършват в болниците; пасторите имат право да посещават болните в болниците само ако са помолени за това. Най-радикалната мярка през 1939 г. обаче е сегрегацията на "християните от еврейски произход" не само от църковните общини, но и от протестантската църква като цяло. Президентът Кипър е подписал съответния призив. Ландесбрюдерратът протестираше яростно - без успех.

От януари 1939 г. различните църковни групи се бяха обединили в "Организацията за обединение на Насау-Хесен". Ръководители са Фридрих Мюлер (1879-1947) от Дармщат като представител на "Центъра", новосформирана група на нерешителните, пастор Карл Вейдт за Изповядващата църква и епископ Дитрих като представител на "Регионалните църкви", както се нарича групата под негово ръководство. Дитрих публично се дистанцира от предишния си път и съжалява за всички мерки, които са засегнали тежко неговите съслужители. Дори организацията за обединение обаче не успя да насочи нацисткия курс на църковните власти в друга посока.

Борбата по въпроса за това какво влияние трябва да има държавата върху живота на църквите бе довела до един вид съпротива срещу държавната политика, която много от участващите тук първоначално не желаеха. Това доведе до това, че западните съюзници признаха Изповедалната църква за съпротивителна група след краха, въпреки че тя всъщност не е искала да бъде такава.