Les membres fondateurs de la Fondation Martin Niemöller, créée le 15 janvier 1977, étaient le sociologue Eugen Kogon et le théologien Heinz Kloppenburg. Martin Niemöller avait volontiers donné son accord pour que l'association, qui considère comme sa mission d'œuvrer pour la compréhension, la détente et la paix, porte son nom. Les événements marquants de l'histoire de l'association au cours des premières années furent les entretiens de paix à Moscou en 1982, le colloque "Un monde ou aucun" en 1986 et le grand congrès pour la paix en 1988. En 1991, le bureau déménagea de Cologne à Wiesbaden.

Aujourd'hui, la fondation Martin Niemöller se concentre sur l'organisation de manifestations et de conférences dans la région de Wiesbaden et du Rhin-Main. Une coopération régulière existe par exemple pour la série de manifestations "27 janvier - se souvenir et commémorer" et avec la paroisse protestante de Bergkirchen, où la fondation a actuellement son siège. D'autres partenaires de coopération sont, entre autres, le musée actif Spiegelgasse pour l'histoire juive allemande, la Société de coopération judéo-chrétienne et le décanat protestant de Wiesbaden.

Avec le projet "Peremoha", la fondation Martin Niemöller soutient l'un des nombreux villages d'Ukraine brûlés par des soldats allemands pendant la Seconde Guerre mondiale. La fondation Martin Niemöller décerne le prix Julius Rumpf à des individus ou des groupes qui s'engagent pour la tolérance et la non-violence. Le prix a été fondé par le couple Dr. Günther et Ingrid Rumpf et doit rappeler le pasteur de Marktkirchen Julius Rumpf. L'objectif central est également d'évoquer le souvenir de la personnalité et de l'œuvre de Martin Niemöller. C'est pourquoi l'association collabore depuis des années avec l'école Martin Niemöller de Wiesbaden.

Les présidents de la Martin-Niemöller-Stiftung ont été Heinz Kloppenburg (1980-86), Eugen Kogon (1986-90), Walter Jens (1990-95), Martin Stöhr (1995-2010), Michael Karg (depuis 2010).