I membri fondatori della Fondazione Martin Niemöller, istituita il 15 gennaio 1977, sono stati il sociologo Eugen Kogon e il teologo Heinz Kloppenburg. Martin Niemöller fu felice di dare il suo consenso affinché l'associazione, che ha il compito di promuovere la comprensione, la distensione e la pace, prendesse il suo nome. Nei primi anni di vita dell'associazione si sono distinti i colloqui di pace a Mosca nel 1982, il colloquio "Un solo mondo o nessuno" nel 1986 e il grande congresso sulla pace nel 1988. Nel 1991 la sede si è trasferita da Colonia a Wiesbaden.

Oggi la Fondazione Martin Niemöller si concentra sull'organizzazione di eventi e conferenze nell'area di Wiesbaden e nella regione del Reno-Meno. Esiste una collaborazione regolare, ad esempio, nella serie di eventi "27 gennaio - Ricordare e commemorare" e con la parrocchia protestante Bergkirche, dove la fondazione ha attualmente sede. Altri partner di cooperazione sono il Museo attivo della Spiegelgasse per la storia ebraica tedesca, la Società per la cooperazione cristiano-ebraica e il Decanato protestante di Wiesbaden.

Con il progetto "Peremoha", la Fondazione Martin Niemöller sostiene uno dei tanti villaggi ucraini bruciati dai soldati tedeschi durante la Seconda guerra mondiale. La Fondazione Martin Niemöller assegna il Premio Julius Rumpf a persone o gruppi che si impegnano per la tolleranza e la non violenza. Il premio è stato donato dai dottori Günther e Ingrid Rumpf e intende commemorare il pastore della chiesa del mercato Julius Rumpf. È anche una preoccupazione centrale dell'associazione evocare il ricordo della personalità e dell'opera di Martin Niemöller. Per questo motivo, l'associazione collabora da molti anni con la Scuola Martin Niemöller di Wiesbaden.

I presidenti della Fondazione Martin Niemöller sono stati Heinz Kloppenburg (1980-86), Eugen Kogon (1986-90), Walter Jens (1990-95), Martin Stöhr (1995-2010) e Michael Karg (dal 2010).