Засновниками Фонду Мартіна Німьоллера, який був заснований 15 січня 1977 року, були соціолог Євген Когон і теолог Гайнц Клоппенбург. Мартін Німьоллер з радістю дав згоду на те, щоб асоціація, яка бачить своїм завданням сприяння порозумінню, розрядці та миру, була названа його ім'ям. Видатними подіями в історії асоціації в перші роки були мирні переговори в Москві в 1982 році, колоквіум "Один світ або нічого" в 1986 році і великий мирний конгрес в 1988 році. У 1991 році офіс переїхав з Кельна до Вісбадена.

Сьогодні Фонд Мартіна Німьоллера зосереджується на організації заходів та конференцій у Вісбадені та регіоні Рейн-Майн. Регулярна співпраця існує, наприклад, у рамках серії заходів "27 січня - пам'ятаємо і вшановуємо" та з протестантською парафією Бергкірхе, де зараз базується Фонд. Серед інших партнерів - Активний музей німецько-єврейської історії на Шпігельгассе, Товариство християнсько-єврейської співпраці та протестантський деканат у Вісбадені.

Проектом "Перемога" Фонд Мартіна Німьоллера підтримує одне з багатьох сіл в Україні, спалених німецькими солдатами під час Другої світової війни. Фонд Мартіна Німьоллера присуджує Премію імені Юліуса Румпфа окремим особам або групам, які віддані ідеї толерантності та ненасильства. Премія була заснована доктором Гюнтером та Інгрід Румпфом і призначена для вшанування пам'яті пастора ринкової церкви Юліуса Румпфа. Також центральним завданням асоціації є вшанування пам'яті про особистість і життєвий шлях Мартіна Німьоллера. З цієї причини асоціація вже багато років співпрацює зі школою Мартіна Німьоллера у Вісбадені.

Головами Фонду Мартіна Німьоллера були Гайнц Клоппенбург (1980-86), Євген Когон (1986-90), Вальтер Йенс (1990-95), Мартін Штер (1995-2010) та Міхаель Карґ (з 2010).