Założycielami Fundacji Martina Niemöllera, która powstała 15 stycznia 1977 r., byli socjolog Eugen Kogon i teolog Heinz Kloppenburg. Martin Niemöller wyraził zgodę na nazwanie jego imieniem stowarzyszenia, którego zadaniem jest promowanie porozumienia, odprężenia i pokoju. Ważnymi wydarzeniami w historii stowarzyszenia we wczesnych latach były rozmowy pokojowe w Moskwie w 1982 r., kolokwium "One World or None" w 1986 r. oraz wielki kongres pokojowy w 1988 r. W 1991 r. biuro przeniosło się z Kolonii do Wiesbaden

Obecnie Fundacja Martina Niemöllera koncentruje się na organizacji wydarzeń i konferencji w Wiesbaden i regionie Ren-Men. Regularna współpraca ma miejsce na przykład w ramach serii wydarzeń "27 stycznia - Pamięć i Upamiętnienie" oraz z protestancką parafią Bergkirche, gdzie fundacja ma obecnie swoją siedzibę. Inni partnerzy współpracy to Aktywne Muzeum Historii Niemiecko-Żydowskiej Spiegelgasse, Towarzystwo Współpracy Chrześcijańsko-Żydowskiej i dekanat protestancki w Wiesbaden.

Poprzez projekt "Peremoha" Fundacja Martina Niemöllera wspiera jedną z wielu wiosek w Ukrainie spalonych przez niemieckich żołnierzy podczas II wojny światowej. Fundacja Martina Niemöllera przyznaje Nagrodę Juliusa Rumpfa osobom lub grupom, które angażują się na rzecz tolerancji i niestosowania przemocy. Nagroda została ufundowana przez dr Günthera i Ingrid Rumpf i ma na celu upamiętnienie pastora kościoła targowego Juliusa Rumpfa. Główną troską stowarzyszenia jest również przywołanie pamięci o osobowości i dziele życia Martina Niemöllera. Z tego powodu stowarzyszenie od wielu lat współpracuje ze szkołą Martina Niemöllera w Wiesbaden.

Przewodniczącymi Fundacji Martina Niemöllera byli Heinz Kloppenburg (1980-86), Eugen Kogon (1986-90), Walter Jens (1990-95), Martin Stöhr (1995-2010) i Michael Karg (od 2010).