Martin Niemöller Vakfı, 15 Ocak 1977'de sosyolog Eugen Kogon ve ilahiyatçı Heinz Kloppenburg tarafından kurulmuştur. Martin Niemöller, anlayış, uzlaşma ve barışı teşvik etmeyi kendine görev edinen derneğe kendi adının verilmesini memnuniyetle kabul etti. Derneğin tarihindeki ilk yıllarda öne çıkan etkinlikler 1982'de Moskova'daki barış görüşmeleri, 1986'daki "Tek Dünya ya da Hiç" kolokyumu ve 1988'deki büyük barış kongresiydi. 1991'de ofis Köln'den Wiesbaden'e taşındı

Martin Niemöller Vakfı bugün Wiesbaden ve Rhine-Main bölgesinde etkinlikler ve konferanslar düzenlemeye odaklanmıştır. Örneğin "27 Ocak - Hatırlama ve Anma" etkinlik serisinde ve vakfın şu anda bulunduğu Protestan Bergkirche cemaati ile düzenli işbirliği mevcuttur. Diğer işbirliği ortakları arasında Alman-Yahudi Tarihi Aktif Müzesi Spiegelgasse, Hıristiyan-Yahudi İşbirliği Derneği ve Wiesbaden'deki Protestan Dekanlığı yer almaktadır.

Martin Niemöller Vakfı, "Peremoha" projesi ile Ukrayna'da İkinci Dünya Savaşı sırasında Alman askerleri tarafından yakılan çok sayıda köyden birini destekliyor. Martin Niemöller Vakfı, Julius Rumpf Ödülü'nü hoşgörü ve şiddetsizliğe kendini adamış kişi ya da gruplara veriyor. Ödül Dr. Günther ve Ingrid Rumpf tarafından bağışlanmış olup pazar kilisesi papazı Julius R umpf'un anısına verilmektedir. Martin Niemöller'in kişiliğinin ve yaşamı boyunca yaptığı çalışmaların anısını yaşatmak da derneğin temel kaygılarından biridir. Bu nedenle dernek uzun yıllardır Wiesbaden'deki Martin Niemöller Okulu ile birlikte çalışmaktadır.

Martin Niemöller Vakfı'nın başkanlığını Heinz Kloppenburg (1980-86), Eugen Kogon (1986-90), Walter Jens (1990-95), Martin Stöhr (1995-2010) ve Michael Karg (2010'dan beri) yürütmektedir.