كان العضوان المؤسسان لمؤسسة مارتن نيمولر، التي تأسست في 15 يناير 1977، هما عالم الاجتماع يوجين كوجون وعالم اللاهوت هاينز كلوبنبرج. كان مارتن نيمولر سعيدًا بموافقته على تسمية الجمعية التي ترى أن مهمتها هي تعزيز التفاهم والانفراج والسلام، باسمه. كانت الأحداث البارزة في تاريخ الجمعية في السنوات الأولى من تاريخها هي محادثات السلام في موسكو في عام 1982، وندوة "عالم واحد أو لا شيء" في عام 1986 ومؤتمر السلام الكبير في عام 1988. في عام 1991، انتقل المكتب من كولونيا إلى فيسبادن

تركز مؤسسة مارتين نيمولر اليوم على تنظيم الفعاليات والمؤتمرات في منطقة فيسبادن ومنطقة الراين-ماين. ويوجد تعاون منتظم، على سبيل المثال، في سلسلة الفعاليات "27 يناير - إحياء الذكرى وإحياء الذكرى" ومع أبرشية بيرجكيرش البروتستانتية، حيث يوجد مقر المؤسسة حاليًا. ومن بين شركاء التعاون الآخرين متحف شبيغلغاسيه النشط للتاريخ الألماني اليهودي، وجمعية التعاون المسيحي اليهودي، والعمادة البروتستانتية في فيسبادن.

من خلال مشروع "بيريموها"، تدعم مؤسسة مارتن نيمولر إحدى القرى العديدة في أوكرانيا التي أحرقها الجنود الألمان خلال الحرب العالمية الثانية. تمنح مؤسسة مارتن نيمولر جائزة يوليوس رامف للأفراد أو الجماعات الملتزمين بالتسامح واللاعنف. وقد تبرع بالجائزة الدكتور غونتر وإنغريد رامف وهي تهدف إلى تخليد ذكرى قس ماركتكيرشن يوليوس رامف. ومن الشواغل الرئيسية للجمعية أيضًا استحضار ذكرى شخصية مارتن نيمولر وأعمال حياته. ولهذا السبب، تعمل الجمعية مع مدرسة مارتن نيمولر في فيسبادن منذ سنوات عديدة.

وكان رؤساء مؤسسة مارتن نيمولر هم هاينز كلوبنبرغ (1980-86)، ويوجين كوغون (1986-90)، وفالتر ينس (1990-1995)، ومارتن شتور (1995-2010)، ومايكل كارج (منذ عام 2010).